Отдельные аратские выступления сливались в единый поток национально-освободительной борьбы монгольского народа против господства китайско-маньчжурских феодалов и компрадоров. Однако политическое пробуждение аратства чрезвычайно затруднялось его разобщенностью в условиях обширной страны с крайне редким населением, безраздельным господством ламаистской идеологии и преклонением перед ламами и «живыми богами». В Монголии не существовало рабочего класса, не были и монгольской буржуазии. Не удивительно, что руководство национальным движением захватили монгольские князья и высшие ламы, присоединившиеся к нему под лозунгами «феодально-теократического национализма».
В июле 1911 г. в Урге тайно от китайских властей собрались крупнейшие светские и духовные феодалы Внешней Монголии во главе с богдо-гэгэном. В совещании участвовали и представители Внутренней Монголии. Учитывая положение в стране и особенно настроения аратства и низших лам, совещание высказалось за провозглашение независимости Монголии. Его участники, надеясь на поддержку России, направили делегацию в Петербург. Монгольская делегация везла подписанное богдо-гэгэном и крупными феодалами письмо русскому царю, предлагавшее признать независимость Монголии и заключить соглашения о торговле, строительстве железных дорог, организации почтовой связи и т. п.
Царское правительство решило принять монгольскую делегацию и, как выразился высокопоставленный царский сановник, «попытаться придать этому делу желательный... характер». Однако, опасаясь международных осложнений, оно не поддержало идею полного отделения Монголии от Китая. Царское правительство ограничилось дипломатическим давлением на Пекин и получением от него официальных заверений в том, что к участникам делегации не будут применены репрессии и во Внешней Монголии не будут проводиться реформы без соглашения с правительством России. В Ургу для «охраны русского консульства» прибыли батальон пехоты и несколько казачьих сотен.
Возникший в Урге вскоре после Учанского восстания комитет князей и высших лам вызвал в город монгольское ополчение и предложил богдыханскому наместнику покинуть пределы Внешней Монголии. 1 декабря 1911 г. было опубликовано обращение к монгольскому народу, гласившее: «Наша Монголия с самого начала своего существования была отдельным государством, а потому согласно древнему праву Монголия объявляет себя независимым государством с новым правительством, с независимой от других властью в вершении своих дел. Ввиду изложенного сим объявляется, что мы, монголы, отныне не подчиняемся маньчжурским и китайским чиновникам, власть которых совершенно уничтожается, и они вследствие этого должны отправиться на родину». 16 декабря на ханский престол вступил богдо-гэгэн, получивший титул «многими возведенного».
Китайский гарнизон Урги не выступил в защиту богдыханского правительства. Вскоре цинские чиновники покинули восточные области Внешней Монголии. Но в западной ее части цинский губернатор, рассчитывавший получить военные подкрепления из Синьцзяна, отказался признать независимость Монголии. Русское правительство потребовало у Пекина не направлять новых войск в Монголию. Между тем город Кобдо — ставка губернатора — был осажден восставшими аратами, которые в начале августа 1912 г. взяли его штурмом. Население города разгромило лавки и склады китайских купцов-ростовщиков и уничтожило долговые документы.
Мощный подъем национального движения охватил и Внутреннюю Монголию. Большинство ее хошунов заявили о присоединении к независимому монгольскому государству, провозглашенному в Урге.
В результате освободительной борьбы монгольского народа, основными движущими силами которой были крепостное аратство и городская беднота, возродилось монгольское государство, были достигнуты важные успехи в борьбе за объединение Внешней и Внутренней Монголии. Однако власть в новом государстве оказалась в руках князей и высших лам. Независимая Монголия стала неограниченной феодально-теократической монархией. В стране сохранились феодально-крепостнические порядки.
Князья и высшие ламы ставили свои узкоклассовые интересы выше национальных интересов страны. Они оказались неспособными укрепить государственную независимость Монголии, международное положение которой было чрезвычайно сложным. Юань Шикай стремился восстановить в Монголии китайский колониальный режим. Обращение правительства богдо-гэгэна к Англии, США, Франции, Японии и другим державам с предложением признать новое государство и установить с ним дипломатические отношения не встретило сочувствия.
Царское правительство по-прежнему воздерживалось от открытой поддержки полного отделения Монголии от Китая, выдвигая идею автономного статуса ее в составе китайской империи. В ноябре 1912 г. в Урге было подписано русско-монгольское соглашение. В нем констатировалось, что «прежние отношения Монголии к Китаю» прекратились, но вопрос о статусе монгольского государства обходился. Это давало возможность царскому правительству применять термин «автономия», а монгольской стороне утверждать, что имеется в виду государственная независимость. Монгольский министр иностранных дел заявил в Петербурге одному из корреспондентов: «Мы понимали, что этим актом признана полная независимость Монголии от Китая, и мы твердо намерены это отстоять».
Россия обязалась оказать монгольскому правительству помощь в формировании собственных вооруженных сил и недопущении китайской колонизации и ввода китайских войск. Приложенный к соглашению протокол создавал широкие возможности для эксплуатации Монголии русскими капиталистами.
Когда Юань Шикай стал готовить из Синьцзяна карательную экспедицию против «взбунтовавшейся» Монголии, в район Кобдо были введены русские войска. Юань Шикаю пришлось отказаться от своих планов. В ноябре 1913 г. была подписана русско-китайская декларация, исходящая из признания автономии Внешней Монголии под сюзеренитетом Китая. Правительство Китая обязывалось не вмешиваться во внутреннее управление автономной Монголии, не посылать войск, не содержать гражданских или военных властей, воздерживаться от всякой колонизации.
Монгольское правительство отказывалось признать китайский сюзеренитет, считая Монголию суверенным, независимым государством. Однако ему пришлось отступить. В мае 1915 г. в Кяхте было подписано тройственное русско-китайско-монгольское соглашение об автономии Внешней Монголии.
Монгольское феодально-теократическое государство, существовавшее в 1911—1915 гг. как независимое, суверенное, оказалось вынужденным согласиться на ограничение своего суверенитета статусом автономии при сохранении широких прав самоуправления. Это способствовало восстановлению позиций китайского торгово-ростовщического капитала и дальнейшему развитию процесса превращения Монголии в сырьевой придаток мирового капиталистического хозяйства. В годы первой мировой войны здесь активизировались Японии и США. Но преобладающее положение занимала царская Россия.
Русский капитал усилил эксплуатацию Монголии. Вместе с тем расширение связей с Россией имело и положительные последствия. Появились первая электростанция и телефонный узел. При помощи русских было открыто несколько новых типографий. Правительство богдо-гэгэна при содействии русских властей и ученых создало «Комитет по исследованию Монголии». При монгольском министерстве иностранных дел была открыта первая светская школа, в которой изучался русский язык. Небольшая группа монгольской молодежи была послана для получения образования в Россию. Расширялось проникновение в Монголию революционно-демократических идей, с которыми передовых монголов знакомили русские рабочие и служащие.