Падение сословия режима Токугава повлекло за собой ряд реформ, целью которых было создать благоприятные политические и экономические условия для развития Японии по западноевропейскому образцу.
Первым серьёзным ударом по феодальному строю и привилегиям самурайства было то, что императорское правительство заставило дайме отказаться от их феодальных прав в управлении кланами. В 1869 г. произошло так называемое добровольное возвращение страны и народа императору - хансэки-хокан. Дайме сначала были оставлены во главе их прежних владений в качестве наследственных губернаторов (тихандзи), но после полного уничтожения деления Японии на княжества князей вовсе отстранили от дел управления. Вместо княжеств было введено новое административно-территориальное деление из 72 кэн (префектур) и 3 фу (столичных округов). Осуществление верховной власти в префектурах стало входить уже в компетенцию правительственных чиновников. В 1878 г в городских и сельских округах было учреждено всесословное самоуправление в виде объединенных собраний, участие в которых определялось высоким имущественным цензом.
В 1872 г. было отменено сложное и строгое сословное деление, принятое в токугавской Японии. Всё население страны (не считая императорской фамилии - кодзоку) стало делиться на три сословия: кадзоку, образовавшееся из представителей придворной (кугэ) и военной знати; сидзоку - бывшего военно-служилого дворянства (букэ) и хэймин - простого народа (крестьян, горожан и т.д.). Все сословия были формально уравнены в правах. Крестьяне и горожане получали право иметь фамилию.
Кроме трёх основных сословий, получили права и японские парии, которые стали именоваться синхэймин, т.е. новый хэймин (или буракумин - жители специальных поселений - бураку). Им также разрешалось иметь фамилию, они стали формально равноправными членами общества.
Параллельно сословно-правовым преобразованиям правительство провело аграрную реформу. Были отменены запреты на продажу и куплю земель, существовавшие с с 1643 года; проведено межевание земель, в ходе которого владельцам стали выдавать особые удостоверения (тикэн) о правах на землю. Благодаря этому значительная масса помещиков, ранее пользовавшихся землей на вассальных от дайме правах, приобрели реальное право собтственности; это же коснулось и мелких самостоятельных крестьян-арендаторов. Вместо традиционных рисовых пайков вводились денежные пенсии самураям в 1876 г., что лишило их значительной части доходов. Был установлен единый поземельный налог, составивший 3% от стоимости земли.
В 1872 г последовала реформа в армии. Вооружённые силы Японии создавались на основе принципа всеобщей воинской повинности с использованием опыта организации ударных отрядов из народа, так называемых нохэй и кихэйтай, воевавших на стороне антисёгунской коалиции. Несмотря на то, что все офицерские посты закреплялись за дворянством, бывшие самураи восприняли создание всесословной армии как прямое ущемление своего привилегированного положения.
По существу создание в Японии регулярной армии, в состав которой входили крестьяне и горожане, и привело к формальному прекращению существования самурайства как особого воинского сословия. Недовольство самурайства, подстрекаемого его реакционной частью, нарастало вследствие неустроенности значительного числа представителей бывшего сословия воинов, капитализации пенсий (замены пожизненных выплат единовременными государственными компенсациями, половина которых приходилась на процентные бумаги, выпущенные правительством), отмены права на ношение мечей и т.д. С 1876 г. оружие разрешалось носить только лицам, служащим в армии, флоте, а также полицейским.
В первые же годы после ликвидации в Японии сёгуната правительство занялось созданием боеспособной армии, организованной по европейскому образцу. Командные должности в императорской армии были закреплены исключительно за самураями, в особенности за представителями кланов Тёсю (в армии) и Сацума (во флоте). Этот привилегированный слой самураев (около 40 тыс.), укрепившись в государственном аппарате (главным образом в армии), оказался тесно связанным с японской монархией в противоположность самурайской оппозиции - тем самураям, которые не смогли приспособиться к новым условиям и оставили прежнее привилегированное положение на стороне антиправительственных группировок.
Многие самураи шли служить также в полицию, причём эту службу они ничуть не считали зазорной. Население, знавшее, что полиция состоит в подавляющем большинстве из самураев, продолжало по традиции относиться к полицейским почти так же, как в дореформенной Японии к правящему сословию воинов. Таким образом, в эпоху Мэйдзи японская полиция являлась как бы "сословной организацией".
Вместе с самураями-офицерами во вновь созданные вооружённые силы были привнесены многие черты, присущие некогда воинам феодальных самурайских дружин. В основном это было наследие идейного характера.
Идеологическая обработка солдат новой армии была основана на морально-этическом кодексе самурайства - бусидо, несколько изменённом в соответствии с духом времени. Если раньше для самурая, по бусидо, прежде всего существовали только интересы даймё и клана, то отныне мораль воина стала "японским национальным духом", который воспитывал любовь к императору и Японии. Солдаты императорской армии эпохи Мэйдзи должны были в соответствии с указом императора от 1884 г. развивать в себе прежде всего "уважение к верности и исполнению долга", а также испытывать полное презрение к смерти. После издания указа было отдано специальное распоряжение, предписывающее читать пункты этого рескрипта вслух перед войсками каждое воскресенье с тем, чтобы солдаты могли его выучить наизусть и руководствоваться им повседневно.
Толчком для ускоренной капитализации экономики стала финансово-денежная реформа. После унификации денежных знаков в 1869 году и упрощения налогов была введена единая общегосударственная монета – иена с десятичным подразделением. До того в стране легально обращалось 1694 вида денежных знаков. В 1872 году был организован государственный банк, а в 1876 г. - первый частный банк купеческого дома Мицуи. Благодаря установленному законами особому государственному протекционизму и почти регулярным бюджетным дотациям финансово-промышленным домам эти дома стали превращаться в крупнейшие корпорации не только экономического, но и политического значения.