В ноябре 1878 г. английская армия тремя колоннами вторглась в Афганистан. Мужественное сопротивление регулярных войск эмира Шер Али было сломлено превосходящими силами англичан. Они заняли Кандагар, Джелалабад и приближались к афганской столице. Шер Али передал власть своему сыну Якуб-хану и отправился на север в Мазар-и-Шериф, где тяжело заболел. Тем не менее, он еще надеялся на русскую помощь, на обещания посетившего Афганистан в августе 1878 г. посольства генерала Столетова и хотел поехать в Петербург к царю. Но царский министр иностранных дел не дал согласия на эту поездку. В феврале 1879 г. Шер Али скончался. Эмир Якуб-хан, сын и преемник Шер Али, недаром считался другом англичан и еще до вступления на престол пользовался их покровительством. Весной 1879 г. он прекратил сопротивление и заключил в местечке Гайдамак кабальный мир с уполномоченным английской колониальной администрации майором Каваньяри. Так окончился первый этап англо-афганской войны. По условиям Гандамакского договора Афганистан становился вассальным, зависимым от англичан государством. Внешняя политика страны попадала под полный контроль английской колониальной администрации. К английским владениям отходила часть афганской территории с тремя важнейшими горными проходами (Хайбар, Гомал и Волан), соединявшими Индию и Афганистан. Афганскому эмиру назначалась ежегодная субсидия в размере 600 тысяч рупий. Для контроля над деятельностью эмира и расходованием субсидии в Кабул назначался английский резидент со своей вооруженной охраной. Проведенная англичанами телеграфная линия связала афганскую столицу с Индией. Первым английским резидентом был назначен автор Ган-дамакского договора Каваньяри. Он контролировал все дела государства, назначал и смещал чиновников по своему усмотрению, сажал под арест офицеров и солдат кабульского гарнизона. 3 сентября 1879 г. от Каваньяри в адрес вице-короля Индии поступила последняя телеграмма с лаконичным сообщением: «Все в порядке». Затем телеграфная связь с Кабулом оборвалась. Причиной тому было народное восстание, вспыхнувшее в Афганистане. Солдаты и горожане осадили английское представительство, размещавшееся в крепости Бала-Хиссар, и перебили всех англичан. К столице отовсюду подходили ополчения племен и восставшее земледельческое население (в большинстве своем таджикское). Среди повстанческих вождей руководящее место занимали афганец Нур Мухаммед Джин и таджик Мир Вача. Повстанцы требовали от эмира Якуб-хана объявления «священной войны» (джихада). Из крупных афганских городов в руках англичан оставался один Кандагар. Их командованию, которое после заключения Гандамакского мира отвело свои главные силы в Индию, пришлось готовить новое вторжение в Афганистан.
Завершение англо-афганской войны. Распространение власти Абдуррахманана весь Афганистан
11 сентября 1879 г. к Кабулу подошла первая военная часть под командованием генерала Робертса. Еще до того, как он достиг столицы, в его лагерь явился эмир Якуб-хан и попросил английской защиты и покровительства. Эмир отдал приказ гарнизону Кабула сложить оружие, но солдаты отказались его выполнять. Англичанам Якуб-хан тоже не был нужен, они переправили его в Индию. После упорных боев Робертсу удалось взять Кабул, после чего в городе началась резня. Робертс приказал не считать афганцев воюющей стороной и казнить всех пленных. Однако свирепый террор лишь вызвал еще более ожесточенное сопротивление. В декабре 1979 г. 60-тысячное войско повстанцев прорвалось в столицу и осадило англичан в расположенном в ее предместьях укрепленном лагере Шерпуре, а также в нескольких укрепленных городах, которые они удерживали. В Герате повстанческие действия возглавлял Аюб-хан, второй сын эмира Шер Али. Афганская война стоила англичанам крупных потерь, но любые успехи оказывались кратковременными. Колониальные власти, отдавая себе отчет в необходимости эвакуации экспедиционного корпуса, попытались осуществить новый план, который сводился к расчленению Афганистана на ряд мелких и бессильных эмиратов, зависимых от Великобритании. «Мы уйдем, — писал в 1880 г. вице-король Индии Лит-тон, — после того, как страна будет предоставлена небольшим, отдельным местным правительствам, подчиненным нашей власти; уйдем после того, как Кабул перестанет быть столицей Афганистана, и его население будет разоружено, а укрепления разрушены». Что касается Герата, то его предполагалось передать Ирану, но лишь формально, с тем, чтобы фактически он стал подвластен Англии. Однако и этот план осуществить не удалось. Основным препятствием по-прежнему являлось успешное сопротивление афганского народа, а также противодействие России. Российская империя была заинтересована в том, чтобы на протяженной и слабоохраняемой среднеазиатской границе иметь соседом Афганистан, а не своих колониальных соперников англичан. Превращение Афганистана в английскую колонию и плацдарм для новых завоеваний Англии представляло серьезную угрозу среднеазиатским владениям России. В 1880 г. русская дипломатия сорвала заключение подготовленного англичанами договора о передаче Герата Ирану. В начале того же 1880 г. в северном Афганистане появился мятежный племянник покойного эмира Шер Али Абдуррах-ман-хан. Еще в 1869 г. он был одним из вождей междинастической борьбы на стороне противников Шер Али-хана, затем бежал из Афганистана в Среднюю Азию, где в качестве почетного пленника получал содержание (25 тысяч рублей в год) от русского правительства. Теперь при тайном содействии русских властей Абдуррахман «сбежал» в Афганистан. Снабдив беглеца оружием и деньгами, русские власти (в частности, генерал-губернатор Туркестана Кауфман) рассчитывали на то, что если Абдуррахман сумеет утвердиться на афганском троне, то они приобретут в его лице дружественного соседа.
В Афганистане Абдуррахману пришлось встретить множество опасностей, которые он сумел преодолеть, благодаря своей энергии и изобретательности. Под его знамена собирались войска, которые часто переходили к нему от его соперников, а в марте 1880 г. он уже овладел Тальканом и Кундузом. Вскоре его власть была признана во всем Афганистане. Его войско росло, чему немало способствовали призывы к «священной войне» за освобождение от «неверных». Но при этом он вел осторожную и выжидательную политику, старался избегать открытых столкновений и даже вступал в переговоры, рассчитывая использовать англичан для утверждения на престоле. Весной 1880 г. английское командование больше всего опасалось наступления на Кабул армии Абдуррахмана с севера и газнийского ополчения правителя Герата Аюб-хана с юга. Соглашение с Абдуррахманом стало казаться наименьшим из зол: англичанам надо было заканчивать тяжелую, затянувшуюся и явно неудачную войну. Весной 1880 г. англичане признали Абдуррахмана эмиром, передали ему столицу, крупные денежные средства и запасы оружия, назначили субсидию в размере 1800 тысяч рупий в год. Новый эмир обязался соблюдать важнейшие условия Ган-дамакского договора. Правда, по настоянию Абдуррахмана англичане отказались от назначения резидента в Кабул, но вместе с тем эмир пока не протестовал против сохранения английского гарнизона в Кандагаре. Таким образом, к лету 1880 г. Афганистан был раздроблен на три части Абдуррах-ман-хан правил в Кабуле и на севере страны. Аюб-хан сохранял под своей властью Герат. Англичане занимали Кандагар и его область. Такое расчленение Афганистана было в интересах англичан. Они надеялись втравить Аюба и Абдуррахмана в междоусобную войну, чтобы затем Герат и Кабул разделили участь Кандагара. Аюб-хан не признал Абдуррахмана эмиром и продолжал борьбу против англичан. Летом 1880 г. его войска разгромили бригаду регулярных английских войск под Майвандом, неподалеку от Кандагара, а затем осадили этот город. В английских сообщениях этого времени разгром бригады характеризовался не иначе как «катастрофа в Южном Афганистане». Сформированные англичанами афганские войска полностью перешли на сторону Аюба. Тогда против Аюба была переброшена из Кабула армия генерала Робертса, освободившаяся после заключения мира с Абдуррахманом. Несмотря на неблагоприятное соотношение сил, афганцы не уклонились от боя. Они сражались с большим мужеством, однако потерпели поражение и отступили. Сохранив большую часть живой силы, Аюб-хан привел свои полки в Герат. Попытки англичан утвердить свою власть над Кандагаром закончились неудачей. В апреле 1881 г., убедившись в непрочности положения оккупационных войск, англичане вывели их из этого города и передали его Абдуррахману.
К середине 1881 г. все находившиеся в Афганистане войска англичан были выведены в Индию. Вторая англо-афганская война закончилась. Английские власти должны были признать, что все их усилия, направленные на превращение Афганистана в колонию, к цели не привели. Только соглашение с Абдуррахманом дало им возможность более или менее сохранить лицо. Впрочем, завершая урегулирование своих отношений с Абдуррахманом, англичане оказались вынуждены пойти на некоторые уступки, в частности они отказались от контрибуции, наложенной на Кабул за убийство резидента. От англичан эмир получил то, в чем он более всего нуждался для укрепления своей власти в борьбе с Аюб-ханом — деньги и оружие. В июне 1881 г. Аюб-хан предъявил притязания на афганский престол и появился со своим войском в Кандагарской области. В июле он разбил посланные против него правительственные войска и занял Кандагар. Население Кандагара приветствовало его как прославленного борца против англичан. Богословы провозгласили Аюб-хана «гази», а Абдуррахмана обвинили за дружественные отношения с англичанами, призывая к священной войне против него. Абдуррахман действовал со свойственной ему энергией, быстро собрал наличные силы и выступил на Кандагар. Решающее сражение, произошедшее у стен этого города, было очень упорным. В итоге войско Аюба было разбито. Бросив пушки и снаряжение, Аюб-хан с остатками войска бежал в Герат. А вслед затем под нажимом сердаров эмира вынужден был сдать и этот последний свой оплот, после чего эмигрировал в Иран.
Распространив свою власть на Герат и область, Абдуррахман в основном завершил объединение Афганистана в нынешних его границах. В своей внешней политике он стремился обеспечить самостоятельность государства, в том числе используя англо-русские противоречия, и с самого начала своего правления показал себя осторожным и предусмотрительным дипломатом. Он старался избегать поводов для конфликтов с Россией из-за среднеазиатских территорий, что видно, в частности, по его переписке со среднеазиатскими ханами, в которой он постоянно отказывал им в помощи против русских.