С первых дней войны в Крыму началась эвакуация населения. Германское командование стремилось использовать полуостров как стратегически важный плацдарм, который позволял контролировать Азова-Черноморский бассейн, и обеспечивал надежное прикрытие всего южного крыла немецких войск. Оно предполагало захватить Крым для создания условий с целью наступления на Кавказ. «Крым должен быть освобожден от всех чужаков и заселен немцами» - говорил А. Гитлер. Полуостров получал название Готенланд (страна готов).
Спустя несколько дней после захвата Симферополя новые хозяева установили в городе «новый порядок», имитирующий городскую жизнь: включился водопровод, дали электричество, заработали магазины, театр, кино, и другие заведения, но только для немцев и румын. Это с одной стороны. С другой — выселения в бараки и поголовный учет жителей для отправки на различные городские работы, за которые люди получали по 100 граммов хлеба в день. Появились биржи труда для отправки на работу в Германию и жесточайшая система налогов для всех жителей от 16 до 60 лет. Был введен комендантский час: за малейшую провинность, например, появление на улице после 18:00 без документов, - репрессии вплоть до расстрела или повешения. На перекрестке улиц Пушкина и Карла Маркса установили репродуктор, откуда громыхали фашистские марши и дважды в день передавали немецкие новости. Здесь устроили комендатуру и румынское гестапо. Царила безработица. У крестьян немцы забирали хлеб, скот, птицу и другие продукты, и отправляли в Германию.
В ноябре 1941 года большая часть Крыма была оккупирована, а в мае — по июль 1942 года после падения Керчи и Севастополя полуостров был оккупирован полностью. Оккупанты стремились быстрее установить в Крыму «новый порядок» и «онемечить его». Одним из мероприятий этих планов было введение новых названий и городов, поселков, улиц. В конце 1941-начале 1942 года была уничтожена большая часть цыган, евреев и крымчаков. С лица земли стирались целые поселки вместе со своими жителями. 4 февраля 1942г. фашистский карательный отряд совместно с предателями из добровольческих отрядов полностью уничтожили поселок Чаир. Такая трагедия постигла жителей греческого села Лаки Бахчисарайского района, обвиненных в активной помощи партизанам. Прибывший туда карательный отряд 24 марта 1942 года расстрелял жителей села, а деревню полностью сожгли.
В 1941-1944гг. в Крыму действовало несколько десятков концентрационных, пересыльных лагерей и тюрьм. Два самых крупных находились в Симферополе. Неподалеку от железнодорожной станции размещался пересыльный лагерь для военнопленных - «картофельный городок», названный так из-за расположения в районе бывшей овощной базы. Военные красноармейцы, находясь в лагере «картофельного городка», были обречены немецкими властями на мучительную гибель и постоянное вымирание от голода, холода, избиения полицейскими и солдатами. Находились военнопленные в подвалах, которые раньше служили для хранения овощей, с открытыми отдушинами для вентиляции подвалов, без потолков, с дырявой крышей, в осеннее время заливаемых дождем, в зимнее время засыпаемых снегом, спали они на голых, сырых земляных холодных полах. Большая часть военнопленных, не имея возможности разместиться в подвалах, находилась во дворе «картофельного городка» в осеннее и зимнее время под открытым небом. В этом лагере умирали ежедневно до 50 человек от истощения, дизентерии, простуды. Медицинской помощи больным не оказывали, а человека, который был не в состоянии подняться на ноги, добивали. Самым кровавым стал лагерь у совхоза «Красный». Нацисты использовали людей как рабочую силу, а тех, кто оставался без работы, заставляли выполнять бессмысленную и изнурительную работу: перетаскивать тяжелые камни и землю с одного места на другое. При изнурительном труде заключенным выдавались в сутки одна буханка хлеба на 6-8 человек и один литр «баланды», состоящей из воды и небольшого количества отрубей и перловки. Сам хлеб был недоброкачественный, покрытый плесенью, и выпекался из проса, кукурузы и травы. Тех, кто совершил малейший проступок, избивали палками и специальной плетью из проволоки и бычьей кожи. Убитых людей закапывали на территории совхоза. Из лагеря систематически вывозились группы по 80-150человек. Их уничтожали в других местах. Совхоз «Красный» был назван лагерем смерти. С советскими солдатами нацисты обращались бесчеловечно — жестокость, убийства и болезни унесли жизни тысяч человек. В Севастополе каждое утро выносили 20-30 пленных и заживо закапывали в ямах и воронках от бомб. Впоследствии при раскопках были найдены 190 таких захоронений. Сотни крымчан и советских солдат стали предметом медицинских опытов, которые проводили немецкие врачи. У пленных красноармейцев силой брали огромные порции крови, чтобы переливать ее раненым немцам. С января 1942 года немцы проводили опыты над местными жителями — вырезали почки, участки с сосудами и мышцами на шее, после чего искалеченных людей убивали. В Крыму местами массовых расстрелов мирных жителей стали Красная Горка в Евпатории, Аджимушкайские каменоломни и Багеровский ров в Керчи. Не щадили немцы стариков, детей и больных.
23 октября 1941г. В Крыму был создан Центральный штаб партизанского движения. На территории полуострова действовало более 60 партизанских отрядов. За годы войны партизаны пустили под откос 80 немецких железнодорожных составов, два бронепоезда, уничтожили до 30тысяч солдат противника и полицаев, подбили 13танков, несколько бронеавтомобилей. Собиралось множество подпольных организаций, среди некоторых: диверсионный отряд Василия Бабия, состоящий из школьников, закончивших 9класс; группа «Сокол», состоявшая из актеров театра, во главе которого стоял художник и преподаватель художественного училища Николай Барышев; молодежная группа Николая Долетова. На железнодорожной станции существовали группы инженера Виктора Ефремова, Ходячего.
30 октября 1941г. началась героическая оборона Севастополя. Значительную часть в срыве наступления немецких войск на Севастополь сыграла Керченско-Феодосийская десантная операция. Эта операция началась 26декабря 1941года высадкой в районе Керчи. К 30декабря 1941г. город Феодосия и прилегающие к нему высоты были очищены от немецко-фашистских войск. Ночью на 31декабря 1941г. ударил сильный мороз, образовавшаяся у берега кромка льда не давала подойти кораблям — это были обычные суда, специальных плавсредств в наличии не было. Люди прыгали в воду с оружием и со всей поклажей и добирались до суши вплавь. На морозе, мокрые до нитки, под огнем противника начинали окапываться. Большинство раненых замерзало. Но удалось захватить плацдармы к северу и к югу от Керчи и на северном побережье полуострова. Ценою 32тысяч убитых, замерзших, пропавших без вести советские войска овладели всем Керченским полуостровом. Советские войска уже стали вести подготовку к будущему наступлению. Но не была создана достаточно надежная оборона, не была толком обеспечена связь между штабом и частями его армии.
Войска находились на открытой, насквозь продуваемой холодными ветрами местности, без горячей пищи, постоянными артобстрелами и налетами немецкой авиации. Вследствие этого 1января 1942года наступление советских войск было остановлено. С целью отвлечь часть сил армии Манштейна от основного Керченско-Феодосийского десанта советское командование спланировало высадку десантов в Судаке и Евпатории. Моряки-десантники, имея лишь легкое оружие и гранаты, вторые сутки вели бой в городе Евпатории. Им помогали, чем могли, многие жители. Участь десантников и жителей Евпатории была трагичной.
Многие раненые солдаты, жители, не успевшие эвакуироваться, спрятались в каменоломнях Аджимушкая в районе Керчи при бомбежках. Люди находились там в нечеловеческих условиях: в сплошной темноте, без воды, а вскоре и без продовольствия. Солдаты под руководством Павла Ягунова и батальонного комиссара И.П.Парахина совершали частые вылазки, нападали на оккупантов, нанося им ощутимые потери. Фашисты, закрыв все выходы из катакомб, нагнетали туда отравляющие газы, хлор, бросали дымовые шашки. Герои Аджимушкая, несмотря на большие трудности и неимоверные страдания, продолжали сражаться. После гибели полковника Ягунова борьбу возглавил командир танкового полка подполковник Г.М.Бурмин. Под его командованием была предпринята отчаянная попытка с боем прорваться к партизанам. Это удалось сделать только небольшой группе бойцов, для большинства этот бой стал последним, часть из них попала в плен. 15 тысяч советских воинов и жителей Керчи на протяжении полугода боровшиеся против врага в Аджимушкайских катакомбах, стоят в одном ряду с героическими защитниками Брестской крепости.