Флора лесов Кавказского заповедника содержит много древних кавказских эндемиков, например молочай длиннорогий, дуб грузинский, кирказон Штепа, окопник крупноцветковый, падуб узкоплодный, бересклет гладкокорый и др. К древним видам относится и большинство представителей субальпийского высокотравья Кавказа, в том числе и заповедника: бор Шмидта, купырь Шмальгаузена, борщевик Мантегацци, лигустикум арафё и др. (Гагнидзе, 1974). Эндемичные виды (лилия однобратственная, подснежник кавказский, мак мохнатый, очиток кавказский, смородина Биберштейна и др.) составляют 16% лесной флоры, реликтовые – 17% (папоротники страусник и листовик сколопендровый, пихта Нордмана, ель восточная, бук восточный, дубы Гартвиса и грузинский, граб кавказский, чубушник кавказский, лавровишня лекарственная и др.).
Кавказские эндемики составляют 36,3%, среди них наибольшую группу образуют виды, связанные в своем происхождении с Главным хребтом (остролодочник кубанский, тюльпан Липского, валериана скальная и др.), некоторые виды являются колхидскими эндемиками (трясунка Марковича, девясил великолепный, валериана колхидская и др.). К западнокавказским эндемикам относятся пупавка абагинская, колокольчик Отрана, смолевка альпийская и др.
Флора водных растений высокогорных озер заповедника содержит всего 7 видов; все они бореальные (ряска малая, рдесты альпийский, Берхтольда, гребенчатый и длиннейший, болотник весенний, валлиснерия спиральная). Предел их распространения – высота 2400 м. Общее количество болотных видов – 41. Большая их часть (65,6%) относится к семействам осоковых и ситниковых. Во флорогенетическом отношении эта группа довольно однородна: 85% ее видов имеют бореальный тип ареалов. Некоторые болотные виды – реликты плейстоценового периода (осока топяная, пушица влагалищная, сабельник болотный, вахта трехлистная, горечавка снежная и др.). Наибольшее число болотных растений произрастает на высотах 1900– 2400 м.
Заповедник особо интересен как один из центров произрастания реликтовых растений – представителей доледниковых флор Кавказа. Колхида – крупный рефугиум (убежище) кавказских плиоценовых (верхнетретичных) флор (Колаковский, 1956). Влаго- и теплолюбивые элементы верхнетретичных флор пережили здесь неблагоприятные климатические условия ледниковых и межледниковых эпох. Лесистые склоны гор Колхидского Кавказа наиболее полно сохранили до наших дней верхнетретичное ядро мезофильной флоры (Малеев, 1940).
К числу доледниковых реликтовых видов относятся тис ягодный и самшит колхидский. Район Хостинской тисо-самшитовой рощи находится в зоне влажных субтропиков; леса образованы 65 видами деревьев и кустарников. Наибольшая площадь принадлежит широколиственным лесам, под пологом которых пышно развит подлесок из вечнозеленых колхидских кустарников или ярус самшита (на известняках). Хвойный лес с господством (или участием) тиса занимает около 16%. В лесах обилие лиан (плющи, сассапариль, высокий ломонос вино-градолистный, обвойник греческий, виноград лесной, тамус обыкновенный и др.). На стволах деревьев обычны эпифиты, в частности на самшите – мох некера. Травяной покров в связи с затенением почвы часто не развит.
Флора тисо-самшитовой рощи насчитывает более 200 видов цветковых и высших споровых растений (Альпер, 1960). Среди них преобладают бореальные, значительно участие древних (третичных) и средиземноморских видов. Слабо выражена группа кавказского происхождения; эндемики составляют около 5%; отмечены адвентивные виды.
Флора Кавказского заповедника насчитывает около 3000 видов, из которых не менее половины - сосудистые растения. Преобладающими семействами являются астровые (223 вида), мятликовые (114), розанные (108), бобовые (82) и т.д. Лесная флора включает более 900 видов, часть которых встречается также в горно-луговом поясе. Общее число высокогорных растений превышает 800 видов. Деревья и кустарники составляют 165 видов, в том числе 142 - листопадных, 16 - вечнозеленых лиственных и 7 - хвойных. Для флоры заповедника характерно наличие древних видов и представителей, имеющих ограниченное распространение. Каждое пятое растение заповедника является эндемиком или реликтом. Своеобразие флоре заповедника придают папоротники (около 40 видов), орхидеи (более 30 видов), вечнозеленые и зимнезеленые виды, большое число декоративных растений. Так, из произрастающих на Кавказе 5 видов рододендронов - 3 (понтийский, кавказский и желтый) встречаются в заповеднике. Практически по всему заповеднику единичными деревьями и небольшими группами встречается тис ягодный. Это древнее вечнозеленое хвойное дерево способно доживать до 2-2,5 тыс. лет, и такие патриархи не редкость в Хостинском отделе заповедника. В субтропических лесах Хостинского и Западного отделов, помимо тиса, встречаются многие древние представители флоры: самшит колхидский, падуб колхидский, лептопус колхидский, инжир карийский, зверобой двубратственный и многие другие. Леса заповедника отличаются от северных европейских лесов наличием лиан.
Пример эндемика представляет собой Caragana mollis (DC.) Bess. (Fabaceae) Карагана мягкая (Бобовые)
Кустарник 50-100 см высоты, сильно ветвистый. Молодые побеги густо опушены. Листья мелкие, состоят из двух пар обратнояйцевидных, наверху заострённых, мягкоопушённых листочков. Рахис прочный, заострённый, после опадения листочков вместе с прилистниками превращается в колючку. Цветки жёлтые, 1,5-2 см длины. Чашечка при основании горбатая, мягкоопушённая. Боб продолговатый, густо белоопушённый.
Эвксинский географический тип. Основной ареал вида находится в Причерноморских странах, в том числе и в Западном и Центральном Предкавказье. Растет по сухим и каменистым склонам. Цветет в апреле, созревание плодов в июне.
В горных заповедниках Северного Кавказа встречаются такие эндемики, как цикламен понтийский - Cyclamen ponticum (Alb.) Pobed. и цикламен косский - C. coum Mill. ("Флора СССР", том 18, 1952 год.). Высокое формовое разнообразие вызвало описание ряда видов (Cyclamen abchasicum (Medw.) Kolak.- цикламен абхазский, C. adzharicum Pobed.- цикламен аджарский, C. circassicum Pobed. - цикламен черкесский, C. elegans Mill.- цикламен изящный), являющихся также эндемиками Западного Закавказья. Названный подвид занесен в Красную книгу.
В "Перечень редких, исчезающих и сокращающихся в численности растений флоры Краснодарского края" включены цикламены косский и кавказский. Также цикламент кавказский отнесен к числу охраняемых растений Черноморского побережья Кавказа.
Подснежник Воронова - G. woronowii Losinsk. - 3 категория. Редкий вид, эндемик Западного Закавказья. В РФ встречается в Краснодарском крае на Черноморском побережье от Туапсе до южной границы края, а также в окрестностях Красной Поляны и в Кавказском государственном биосферном заповеднике.
Что касается животного мира, то многие животные заповедника имеют ограниченное распространение (эндемики), либо являются живыми свидетелями прошлых геологических эпох (реликты). Особенно много их среди беспозвоночных животных, а также рыб, амфибий и рептилий. Животный мир заповедника неоднороден по своему происхождению. Здесь встречаются представители средиземноморской, кавказской, колхидской и европейской фаун. Эндемичные и реликтовые виды встречаются во всех высотных поясах гор. В заповеднике проходит западная граница распространения многих высокогорных кавказских и лесных колхидских видов животных