Административная реформа
Условием формирования унитарной Японии была ликвидация старого федералистского устройства страны. Его единицей были автономные ханы, которые руководствовались обладателями дайме. В ходе гражданской войны 1868—1869 лет японское правительство конфисковало владения сегуната, которые разделило на префектуры. Однако территории ханов остались вне его прямого контроля. В феврале 1869 года чиновники Кидо Такаёси и Окубо Тосимити предложили Императору переподчинить эти территории новому правительству. На предложение сразу согласились обладатели четырех проправительственных ханов Сацума, Тёсю, Тоса и Хидзэн, которые вернули монарху свои земли вместе с населением. 25 июля 1868 правительство приказало сделать то же самое обладателям других ханов, что было осуществлено без сопротивления. В обмен на земли обладатели становились главами региональных представительств центрального правительства и получали государственную плату. Хотя земли ханов формально перешли к государству, сами ханы отменены не были. Их обладатели сохраняли за собой право собирать налоги и формировать войска на вверенных им землях, и таким образом оставались полу-автономными. Через такую половинчатую политику центра, в регионах нарастало недовольство. С целью окончательно перейти к унитарной форме государственного устройства, 29 августа 1871 Императорское правительство провозгласило ликвидацию ханов по всей Японии и основало вместо них префектуры. Бывших обладателей ханов переселили из регионов в Токио, а на их место назначили зависимых от центра префектурных голов.
Правительственная реформа
Одновременно с административной реформой шли преобразования в структуре правительства. За основу новой исполнительной вертикали была взята структура японского правительства 8 века. С 15 августа 1869 правительство делилось на три палаты: главную, левую и правую. Главная палата выполняла функции кабинета министров. В ее состав входили большой государственный министр, левый и правый министры, и советники. Левая палата была законодательной институцией и совещательным органом при главной палате. В состав правой палаты входили восемь министерств, которые руководствовались министрами и их заместителями.
Военная реформа
Одной из главных задач Императорского правительства было создание новейшей боеспособной армии. После ликвидации ханов их войска, состоявшие из самураев, были переподчинены военному министерству. 10 января 1873, по инициативе Омуры Масудзиро и Ямагаты Аритомо, правительство ввело в стране всеобщую воинскую повинность. Отныне все мужчины, достигшие 20-летнего возраста, были обязаны проходить службу в армии независимо от своего социального происхождения. От службы освобождались главы семей и их наследники, чиновники, студенты, а также лица, которые уплатили откуп в 270 иен. Новейшая армия стала формироваться преимущественно из крестьян.
Одновременно с военной реформой были созданы отдельные от армии подразделения полиции. До 1872 они подчинялись Министерству юстиции, а со следующего года — Министерству внутренних дел. Столичная полиция была организована в отдельное Управление токийской полиции.
Социальные реформы
Для построения национального японского государства Императорское правительство проводило также активную социальную политику. 25 июня 1869 оно образовал два привилегированные сословия — титулованное (кадзоку) и не титулованное (сидзоку) дворянство. В первое входили сами столичные аристократы и обладатели ликвидированных ханов, а во второе — среднее и мелкое самурайство. Благодаря образованию двух сословий правительство пыталось преодолеть извечное противостояние самураев и аристократов, а также ликвидировать социальную дифференциацию и средневековые отношения господина-слуги в самурайской среде. Наряду с этим Императорская власть провозгласила равенство крестьян, ремесленников и купцов, независимо от рода занятий и должностей. Они стали называться «простонародьем» (хэймин). 1871 году правительство приравняло к нему париев, которые подвергались дискриминации в течение периода Эдо. Простонародье обязали иметь фамилии, которые ранее носились исключительно самураями, а титулованной и не титулованной знати позволили межсословные браки. Традиционные ограничения на поездки и смену профессии были отменены. 4 апреля 1871 власти приняли закон о регистрации населения, в следующем году было занесено в посемейные регистрационные книги соответствии с тремя сословных категорий — титулованное и нетитулованное дворянство, и простонародья.
Японское дворянство находилось полностью на государственном обеспечении. Они получали ежегодную пенсию, которая составляла 30 % всего бюджета страны. С целью ослабить государственное бремя, 1873 года правительство издало Закон о возвращении пенсий Императору, который обязывал дворянство отказаться от пенсий в обмен на выплату единовременных премий. Впрочем проблема решена не была, а государственный долг по выплате пенсий постоянно рос, поэтому 1876 власть окончательно отменила практику их выдачи. В связи с этим правовая разница между самураями, которым с того же года запретили носить мечи, и простонародьем исчезла. Чтобы обеспечить свое существование часть привилегированного сословия стала государственными служащими: правительственными клерками, полицейскими и учителями. Многие стали заниматься сельским хозяйством. Однако большая часть подалась в коммерцию и быстро обанкротилась из-за отсутствия купеческих навыков. Для спасения самураев правительство выделяло субсидии и поощряло их осваивать полудикий Хоккайдо. Однако эти меры были недостаточными, что стало причиной будущих беспорядков.
Земельно-налоговая реформа
Главнейшей задачей правительства в построении новейшей Японии было создание надежной финансовой системы. Основным источником государственной казны был земельный налог в виде натуральной дани, которую веками платили японские крестьяне своим хозяевам. После того как были ликвидированы ханы, правительство взяло на себя их долговые обязательства, поэтому пополнять бюджет деньгами было чрезвычайно сложно. Поэтому власть взялась провести земельную и налоговую реформы, с целью стабилизировать японские финансы.
1871 году правительство разрешило создавать новые пахотные участки на нетронутых землях, а на следующий 1872 отменил запрет на продажу земли, признав существование частной собственности. Владельцы недвижимости получили сертификаты на владение землей, в которых указывалась цена участка. Система сертификатов ликвидировала традиционную общинную форму землевладения. 28 июля 1873, на базе этой системы, правительство начало земельно-налоговую реформу, которую завершил в 1880 году. В результате реформы вместо нестабильного урожая критерием налогообложения стала стабильная цена на землю, а владельцы земельных участков превратились в налогоплательщиков. Земельный налог следовало платить деньгами в размере 3 % от стоимости земельного участка. Горные леса и участки, которые использовались членами общины совместно, были огосударствленные как ничейные. Эти преобразования обеспечили стабильное поступление валюты в государственную казну и способствовали развитию товарно-денежных отношений в регионах. Однако, с другой стороны, они вызвали социальную дифференциацию и увеличили налоговое бремя на селе, и, как следствие, стали причиной крестьянских выступлений.