Как писать названия всего-всего-всего
По правилам.
Названия биологических таксонов
Вид и род — курсивом:
Homo sapiens
Felis catus
Bacteroides thetaiotaomicron
Всё, что выше рангом — не курсивом:
семейство Felidae
отряд Carnivora
класс Mammalia
тип Chordata
Названия генов, белков и мутантов
Отдельные правила есть для названий генов и белков E. coli, дрожжей, арабидопсиса, C. elegans, дрозофилы, мышей и человека. Может, и у кого другого есть, но я не интересовался.
E. coli
ген ung
генотип дикого типа ung +
мутантный генотип ung
белок Ung
S. cerevisiae
ген UNG1 у дрожжей название гена всегда заканчивается цифрой
генотип дикого типа UNG1
мутантный генотип ung1
белок Ung1p у дрожжей название белка всегда заканчивается буквой p (protein)
Arabidopsis
ген UNG
генотип дикого типа UNG
мутантный генотип ung
белок UNG
C. elegans
ген ung-1 у C. elegans название всегда заканчивается дефисом и числом
генотип дикого типа ung-1 (+)
мутантный генотип ung-1
белок UNG-1
Drosophila
ген Ung или ung у дрозофил всё сложно, зависит от истории открытия гена
генотип дикого типа ung +
мутантный генотип ung –
белок Ung
Мышь:
ген Ung
генотип дикого типа Ung +
мутантный генотип ung
белок UNG
Человек:
ген UNG
генотип дикого типа UNG
мутантный генотип ung
белок UNG
Если организм другой — гугл в помощь, или в крайнем случае пишите по правилам наиболее близкого организма.
Названия рестриктаз
Названия рестриктаз долгое время писались так: первые три буквы курсивом (они происходят от латинского названия организма, где рестриктаза обнаружена), остальное — нет (оно происходит обычно от названия штамма/изолята, где рестриктаза обнаружена, плюс порядковый номер римскими цифрами):
Xba I (источник — X anthomonas ba drii)
Eco RI (источник — E scherichia co li)
Hin dIII (источник — H aemophilus in fluenzae)
Fau NDI (источник — F lavobacterium a q u atili)
…и т. п.
К этому все хорошо привыкли, но тут в 2003 г. знатные рестриктазные беки собрались и решили (Roberts et al., Nucleic Acids Res. 31: 1805–1812, 2003), что это слишком сложно для нашего цирка, поэтому давайте писать без курсива, XbaI, FauNDI, всё такое. Но до сих пор за курсив никого не бьют. Поэтому можно писать и так, и так. Но правильную капитализацию всё-таки соблюдать надо (не HinDIII, не HINDIII, а HindIII), и пробелов в названиях тоже нет никаких.
Как сокращать названия азотистых оснований, нуклеозидов и нуклеотидов
Азотистые основания, нуклеозиды и нуклеотиды называются тоже не абы как бог на душу положит, а в соответствии с правилами IUPAC 1970 г.
Азотистые основания:
аденин Ade
гуанин Gua
8-оксогуанин 8-oxoGua
тимин Thy
урацил Ura
цитозин Cyt
5-метилцитозин 5-mCyt
Нуклеозиды (азотистое основание + сахар, без фосфата):
Рибо
аденозин Ado, rAdo
гуанозин Guo, rGuo
8-оксогуанозин 8-oxoGuo, 8-oxorGuo
рибозилтимидин Thd, rThd
уридин Urd, rUrd
цитидин Cyd, rCyd
5-метилцитидин 5-mCyd, 5-mrCyd
Дезоксирибо
2′-дезоксиаденозин dAdo
2′-дезоксигуанозин dGuo
2′-дезокси-8-оксогуанозин 8-oxodGuo
тимидин dThd
2′-дезоксиуридин dUrd
2′-дезоксицитидин dCyd
2′-дезокси-5-метилцитидин 5-mdCyd
Нуклеотиды (азотистое основание + сахар + 5′-фосфат):
Рибо
аденозин-5′-фосфат AMP, rAMP
гуанозин-5′-фосфат GMP, rGMP
8-оксогуанозин-5′-фосфат 8-oxoGMP, 8-oxorGMP
риботимидин-5′-фосфат TMP, rTMP
уридин-5′-фосфат UMP, rUMP
цитидин-5′-фосфат CMP, rCMP
5-метилцитидин-5′-фосфат 5-mCMP, 5-mrCMP
Дезоксирибо
2′-дезоксиаденозин-5′-фосфат dAMP
2′-дезоксигуанозин-5′-фосфат dGMP
2′-дезокси-8-оксогуанозин-5′-фосфат 8-oxoGMP
2′-дезокситимидин-5′-фосфат dTMP
2′-дезоксиуридин-5′-фосфат dUMP
2′-дезоксицитидин-5′-фосфат dCMP
2′-дезокси-5-метилцитидин-5′-фосфат 5-mdCMP
Для ди- и трифосфатов всё то же с заменой буковки M на буковку D или T соответственно.
Примечание: олдскульные химики в НГУ иногда учат студентов, что, дескать, Thd и TMP по умолчанию означает дезоксирибо-ряд, а для рибо-ряда нужно добавлять r (rThd, rTMP), потому что тимин-де есть в ДНК, а не в РНК. Я не знаю, откуда это пошло, но это неправильно. В правилах IUPAC (Biochemical Nomenclature and Related Documents, 2nd ed., Portland Press, 1992. Ed. C. Liébecq. [ISBN 1-85578-005-4]) совершенно однозначно указано, что Thd и TMP – это рибо-ряд, а для дезоксирибо-ряда всегда добавляется d-.
Однобуквенные сокращения A, C, G, U, T употребляют только при записи последовательностей. Писать «8-oxoG» не надо, хотя говорить «восемь-оксогэ» в лаборатории для скорости не возбраняется J. Ну и в журналах тоже обычно на это не обращают внимания, поскольку странный мир катится в странное оно, но давайте всё сначала для себя научимся, как правильно, а потом будем эти правила нарушать.
Вообще же при употреблении сокращений нужно включать голову и понимать, о чём именно идёт речь. Если в контексте фразы нам интересно только основание, можно написать 8-oxoGua. Например, когда мы говорим, что [гуанин OR гуанозин OR 2′-дезоксигуанозин OR гуанозин-5′-моно(ди,три)фосфат OR 2′-дезоксигуанозин-5′-моно(ди,три)фосфат] вообще повреждается синглетным кислородом по C8, то нам по смыслу важно наличие основания, которое повреждается, и совершенно фиолетово, что тут могут быть ещё и сахар с фосфатом. Поэтому вполне правильно писать про повреждение основания и использовать сокращения Gua и 8-oxoGua. А вот если мы подчеркиваем, что это пул dGTP, который повреждается, то тогда уж извольте про dGTP/8-oxodGTP и говорить. Если мы рассуждаем про конформацию (син- или анти-) — конформация показывает взаимное расположение основания и сахара, т.е., важно наличие этих двух частей структуры, и говорим мы про нуклеозид, dGuo/8-oxodGuo, а если очень уж хочется при этом сказать «8-оксогуанин» (т.е., основание), то говорить следует не про син/анти -конформацию, а про син/анти - ориентацию. Если же речь идет про bd-элиминирование, нам важно, что это нуклеотид в составе ДНК, имеющий фосфаты и поэтому нужно говорить про dGMP/8-oxodGMP.
Кое-что про форматирование текста
О чёрточках
Не стесняйтесь правильно пользоваться чёрточками в тексте. Чёрточки бывают разные:
- дефис (точнее, то, что на клавиатуре, называется «дефисоминус»)
− минус [Alt+8722] (десятичный код символа) или [2212 Alt+X] (шестнадцатеричный код символа) или меню Вставка→Символ→Набор:Математические операторы (меню для MS Word, в других редакторах путь может быть другим)
– N-тире (N — потому что его ширина в пропорциональных шрифтах времён, когда по Земле бродили динозавры, была равна ширине латинской буквы N) [Alt+0150] или [Alt+8211] или [2013 Alt+X] или меню Вставка→Символ→Набор:Знаки пунктуации
— M-тире (M — потому что его ширина в пропорциональных шрифтах времён, когда по Земле бродили динозавры, была равна ширине латинской буквы M) [Alt+0151] или [Alt+8212] или [2014 Alt+X] или меню Вставка→Символ→Набор:Знаки пунктуации
Важное примечание для тех, кому проще не лезть в меню Вставка→Символ, а быстро набирать юникодные сокращения: вариант [Alt+DecCode] работает только на цифровом блоке клавиатуры (это под правой рукой), который на ноутбуках бывает далеко не всегда. Если вы печатаете на ноутбуке без цифрового блока, используйте вариант [HexCode Alt+X].
Есть ещё такие извращения для эстетов, как, например,
‐ дефис (настоящий) [Alt+8208] или [2010 Alt+X];
‒ цифровое тире [Alt+8210] или [2012 Alt+X];
― горизонтальная линия [Alt+8213] или [2015 Alt+X];
⁃ чёрточный маркер списка [Alt+8259] или [2043 Alt+X]
и еще штук десять других чёрточек, но про них не будем.
Дефис (дефисоминус) используем в словах и только в словах:
· серо-буро-малиновый, Семёнов-Тянь-Шаньский, 8-оксогуанин;
· (ещё в номерах телефонов, но для курсовых, дипломов и диссертаций это неактуально).
Дефис никогда не отделяется пробелами от соседних с ним символов.
Минус используем там, где положено по математике:
· a 2− b 2
· −300 °C
N-тире используем:
– в числовых диапазонах (3–4 килограмма, 20–25 апреля), но не в словесных диапазонах (неправильно март–октябрь, финал Россия–Швеция; правильно март — октябрь, финал Россия — Швеция; следует проводить тонкую грань между словесным диапазоном и словесным выражением количественной неопределённости, так, кролики — это не только ценный мех, но и три-четыре, а не три — четыре килограмма ценного легкоусваиваемого мяса); не отделяется пробелами от соседних с ним символов;
– в оформлении ссылок по ГОСТ как разделитель между полями; отделяется пробелами от соседних с ним символов;
– как маркер списка (буллит), как, собственно, в этом списке; отделяется пробелами от соседних с ним символов по правилам маркеров списка;
– допустимо (но не оптимально) — как заменитель знака минус (см. ниже); отделяется пробелами от соседних с ним символов по правилам знака минус.
Может показаться, что минус и N-тире суть один хрен, и зачем плодить сущности. Чтобы убедиться в неверности этого мнения, достаточно взглянуть на последовательность символов «плюс минус N-тире»:
+−–
Минус в шрифтах всегда выровнен по горизонтальной черте плюса. Это особенно актуально, например, когда вы пишете плюсы и минусы в таблицу или подписываете дорожки под/над гелями, и не хотите видеть пляски типа
++–+–+–
или, хуже того,
++-+-+-
Кроме того, минус не отрывается от следующего за ним знака, что особенно актуально, когда он попадает у вас в конец строчки:
Однажды в студёную зимнюю пору я из лесу вышел и снова зашёл. Был сильный мороз: –20 °C (тут стоит N-тире)
Однажды в студёную зимнюю пору я из лесу вышел и снова зашёл. Был сильный мороз: −20 °C (тут стоит минус)
Ну и наконец, минус чуть более отделён от соседних знаков
−−− три минуса подряд
––– три N-тире подряд
из-за чего a 2− b 2 выглядит привычнее для глаза, чем a 2– b 2 (но см. дальше про пробелы в формулах).
N-тире – самый коварный знак на практике, потому что неправославный MS Word автоматически его ставит везде, где только можно, в том числе и в этом предложении, которое на самом деле должно начинаться так: «N-тире — самый коварный знак…». Поэтому по тексту не стесняйтесь вбивать правильные тире ручками: «N-тире [Alt+0151] самый коварный знак…», а не ставить дефисоминус и полагать, что оно само сделает как надо.
M-тире используем во всех остальных случаях и отделяем пробелами от соседних с ним символов:
Иванъ Ивановичъ — профессоръ въ восьмомъ поколѣніи — былъ необычайно кратокъ:
— А не испить ли намъ алкоголю? — предложилъ онъ.
О пробелах
Не стесняйтесь правильно пользоваться неразрывными пробелами. Они ставятся одновременным нажатием [Ctrl+Shift+пробел] и должны стоять везде, где существует риск разрыва между строчками того, что разрываться не должно: А. С. Пушкин, 2017 г., 3 см, ДНК-полимераза β.
В выражениях типа 2 × 2 = 4, 16 ± 3 ставятся так называемые «тонкие пробелы». Их тоже много разных (в примере выше — [Alt+8202]), поэтому в принципе можно не париться и либо ставить неразрывные, либо не ставить вообще в зависимости от собственных эстетических устремлений.
В двух случаях вопрос о наличии пробела вызывает в причастных типографике кругах холивар не хуже вопроса о том, куда правильно — на Украину или в неё же.
· Ставить ли пробел между цифрой и знаком процента?
· Ставить ли пробел между цифрой и градусами, например, Цельсия?
Не вдаваясь глубоко в объяснения, ответы на эти вопросы, соответственно:
· нет (хотя пробел был по дури прописан в ГОСТ 8.417–2002, но на него забивают даже официальные государственные источники типа ЦБ РФ, ЦИК РФ и Росстата)
· да (неразрывный), но если просто градус — то нет (37 °C, но 37°)
О спецсимволах
Не стесняйтесь правильно пользоваться спецсимволами. Они сейчас легко и просто вставляются через меню Вставка→Символ, ну или для быстроты через юникодные сокращения. Стесняйтесь неправильно пользоваться обычными символами. В частности:
· никогда не обозначайте знак градуса нулём или буквами O в верхнем регистре: 370, 37o, 37O; всегда обозначайте знак градуса спецсимволом ° (меню Вставка→Символ→Набор:Дополнительная латиница-1 или [Alt+0176] или [00B0 Alt+X]): 37°;
· никогда не обозначайте знак штриха в нуклеотидах апострофом или грависом: 2’-дезокси, 2`-дезокси; всегда обозначайте знак штриха спецсимволом ′ (меню Вставка→Символ→Набор:Знаки пунктуации, или [Alt+8242], или [2032 Alt+X]): 2′-дезокси;
· никогда не обозначайте знак умножения буквой X или астериском: 2x2, 2X2, 2*2; всегда обозначайте знак умножения либо (лучше) спецсимволом × (меню Вставка→Символ→Набор: Дополнительная латиница-1, или [Alt+0215], или [00D7 Alt+X]): 2×2, либо (допустимо) спецсимволом · (меню Вставка→Символ→Набор: Дополнительная латиница-1, или [Alt+0183], или [00B7 Alt+X]): 2·2.
Обратите внимание, что при вставке спецсимволов через юникодные сокращения язык ввода должен быть переключен на английский, иначе возможны неожиданности типа 2Ч2 вместо 2×2.
О кириллице и латинице
Не стесняйтесь при написании русских текстов вовремя переключаться на английскую раскладку. Если разница между русской С и латинской C невооруженным глазом не видна, то, например, 300 К (рус.) и 300 K (лат.) вполне различаются. Хотя, казалось бы, зачем это нужно? Затем, что потом вы (или начальник) из вашего диплома будете копипастить кусок в статью, которая пишется на английском, переводить осмысленный текст, оставлять неизменным то, что кажется не требующим перевода… и потом получать после какой-нибудь конверсии в.pdf на сайте журнала, порезавшей восьмой бит в кодировке, или других приседаний, связанных с перегоном текста из одного формата в другой, что-то вроде 300 Ê или даже симпатичных квадратиков. Думаете, это крайне маловероятное стечение обстоятельств? Это вы просто статей и отчётов мало писали. Поэтому не ленитесь, не АРЕХ1 (который превратится в ÀÐÅÕ1), а APEX1.