Быстрое и решительное подавление контрреволюционных мятежей в конце 1917 – начале 1918 года в различных районах страны, в том числе и в Казахстане, еще не означало окончательного разгрома сил контрреволюции. В результате заключения Брестского мира страна получила передышку, но она была непродолжительной. Объединенные силы иностранных государств и внутренней контрреволюции сорвали мирную передышку.
Установление советской власти вызвало вооруженное сопротивление свергнутых политических сил, что и вылилось в гражданскую войну. Главной ударной силой противников советской власти стал мятеж чехословацкого корпуса военнопленных, произошедший в мае 1918 года. Мятежники захватили ряд городов Сибири, Урала, Среднего Поволжья: Новосибирск, Челябинск, Томск, Омск. 31 мая контрреволюционеры захватили Петропавловск, в июне Акмолинск, Атбасар, Кустанай, Павлодар, Семипалатинск. В результате Уральская, Акмолинская, Семипалатинская и большая часть Тургайской области были захвачены белогвардейцами. В этих условиях Декретом ВЦИК от 29 мая 1918 года добровольность комплектования Красной Армии была заменена обязательной воинской повинностью.
Летом 1918 года создавались национальные воинские формирования. Были созданы казахские, мусульманские, дунганские, уйгурские подразделения. В гражданской войне вместе с трудящимися Казахстана принимали участие венгры, чехи, немцы, поляки и другие народы. Осенью 1918 года на территории Букеевской орды был сформирован первый казахский кавалерийский полк. За героизм в борьбе против белогвардейцев полк был награжден Почетным Красным знаменем ВЦИК. Летом 1919 года был организован второй казахский кавалерийский полк. Оба эти полка впоследствии были сведены в конную бригаду.
Летом 1918 года сложная обстановка сложилась в районе Оренбурга, 3 июля он был занят атаманом А. Дутовым, который перерезал Оренбургско-Ташкентскую железную дорогу. Красная армия отступала вдоль железной дороги к Актюбинску. Чтобы преградить продвижение белогвардейцев на юг к Ташкенту, был образован Актюбинский фронт, командующий фронтом был Г.В. Зиновьев. Тогда была организована экспедиция во главе с Чрезвычайным комиссаром степного края А. Джангильдиным. Его экспедиция вышла из Москвы 18 июля 1918 года с грузом обмундирования и вооружения на несколько тысяч человек, и проследовав по Волге, Каспийскому морю, через Мангышлак 11 ноября прибыла в челкар. Актюбинский фронт сыграл важную роль в гражданской войне, так, в октябре 1918 года белогвардейцы начали наступление на Актюбинск с целью прорыва в Среднюю Азию и в южные районы Казахстана, но они были остановлены и отброшены. После того, как в 1919 году были освобождены Оренбург, Уральск, Орск и осенью войска Актюбинского фронта соединились с войсками Восточного фронта, он был упразднен.
Летом и осенью 1918 года активные боевые действия развернулись в Семиреченской области. Белогвардейцы стремились захватить Илийский край, Верный и далее двинуться на юг Казахстана и в Среднюю Азию. Были захвачены Сергиополь, Упджар, Сарканд и другие населенные пункты. С целью не допустить продвижения белогвардейцев на юг, летом 1918 года был образован северный Семиреченский фронт, основные его части располагались в селе Гавриловском (Талдыкорган), командующим фронтам был Л.П. Емелев. Осенью 1918 года Северное Семиречье было захвачено белогвардейцами, но в обширном районе Лепсинского уезда сохранилась советская власть, центром ее стало село Черкасское. Оборона, длившаяся с июня 1918 года по октябрь 1919 года. Специально, чтобы сломить ее из Семипалатинска была переброшена дивизия атамана Б. Анненкова.
Таким образом, большая часть Казахстана в 1918 году была захвачена интервентами и белогвардейцами. Советская власть сохранилась в Сырдарьинской, большей части Семиреченской и южных районах тургайской области, а также на небольшой территории Букеевской Орды.
В ноябре 1918 года части Красной армии Восточного фронта развернули наступление протии войск атамана А. Дутова и уральских белогвардейцев. В январе 1919 года Красная армия освободила Оренбург и Уральск. Но на этом Антанта не успокоилась. Весной 1919 года она предприняла новый поход силами белогвардейских войск Колчака.
Разгром колчаковских войск в Казахстане был возложен на Северную и Южную группы Восточного фронта, которыми командовал М.В. Фрунзе.
В Казахстане в годы гражданской войны широкий размах приняло партизанское движение и народные восстания. Их центрами были Акмолинская и Семипалатинская области, среди них выделяются Кустанайское, Шемонаихинское и другие восстания, а также активные действия партизанских отрядов «Горные орлы», местом дислокации которых были Тарбагатай и Алтай.
Летом 1919 года главные силы армии колчака на восточном фронте потерпели поражение, это создало условия для освобождения Западного, Северного, Восточного Казахстана и Семиречья, к концу года основная территория края была освобождена от белогвардейцев. В марте 1920 года был ликвидирован Северный Семиреченский фронт, последний на территории Казахстана.