Научно-педагогическая деятельность П.Ф.Лексгафта началась в Петербургской медико-хирургической академии, где после ее окончания он исполнял обязанности ассистента и презектора. Здесь он защитил две диссертации: на степень доктора медицины (1865г) и на степень доктора хирургии (1868г.). После защиты второй диссертации Лесгафт стал заве5довать кафедрой физиологической анатомии в Казанском университете, блестяще читал лекции, организовывал практические занятия и решительно выступал против консерватизма известной части профессуры и администрации.
За резкую критику существующих порядков в статье «Что творится в Казанском университете», опубликованную в одной из петербургских газет, Лесгафт был отстранен от педагогической деятельности. Посвятив себя врачебной деятельности, он обращается к физической культуре. В частном врачебном гимнастическом учреждении доктора А.Г. Берглинда он применяет физкультуру при лечении различных недугов. С 1874 г. Лесгафт начинает работать в Главном управлении военно-учебными заведениями, организует и сам проводит занятия по гимнастике во 2-ой Петербургской военной гимназии. В каникулярное время он выезжает в командировки для изучения подготовки учителей гимнастики в европейских странах. Обобщая личный педагогический опыт и материалы наблюдений, он пишет и публикует работы: «Основы естественной гимнастики» (1874г.), «Об отношении анатомии к физическому воспитанию»(1876г.) и «Приготовление учителей гимнастики в государствах Западной Европы» (1877-1880гг.)
В 1887 г. Лесгафт по собственному желанию организует учебно-гимнастические курсы для подготовки учителей по гимнастике. В 80-е годы Лесгафт создает ряд значительных работ, где показывает единство физического и психического и раскрывает особенности физического развития и воспитания.
С 1886 г. П. Ф. Лесгафт — приват-доцент естественного факультета Петербургского университета. Он начинает курс лекций по анатомии, широко привлекая данные физиологии, психологии, антропологии и других наук. По свидетельствам очевидцев, лекции Лесгафта имели глубокое влияние на студентов, развивали мышление.
12 лет проработал П.Ф. Лесгафт в Петербургском университете и ушел из него, как из Казанского университета, протестуя против произвола и насилия. Это нашло отражение в следующих строках адреса, преподнесенного ему студентами: «…Вся Ваша жизнь и деятельность являются протестом против насилия в какой бы то ни было форме. И чем реже такие люди, тем они дороже. Мы видим в Вас не только нашего учителя, но лучшие идеалы, бескорыстного и благородного общественного деятеля»
Но даже активная педагогическая деятельность в университете не могла отвлечь Лесгафта от главных его устремлений - разработки своей системы физического образования и ее практического внедрения. Особое место среди работ 1887-1888 гг. занимают капитальные труды «Руководство по физическому образованию детей школьного возраста» и «Семейное воспитание ребенка и его значение»
Последующие, 90-е годы характеризуются большой организаторской деятельностью П. Ф. Лесгафта – ученого и педагога. Он создает различные курсы по подготовке руководителей физического воспитания и образования, биологическую лабораторию – научный центр и учебную базу со специальным печатным органом, руководит организацией детских площадок, катков по линии «Общества содействия физическому развитию учащейся молодежи», созданного по его инициативе.
При поддержке общества П.Ф. Лесгафт добился разрешения на открытие Курсов воспитательниц руководительниц физического образования (1896г.)
Научно-педагогическая и общественная деятельность Лесгафта, находившаяся под контролем царской полиции, затруднялась различного рода запрещениями. Так, в донесениях охранников отмечалось, что лекции и беседы Лесгафта «оказывают на слушательниц вредное влияние, вселяя в них революционные убеждения», и что многие слушательницы Лесгафта – «личности неблагонадежные».
Когда лее П. Ф. Лесгафт организовал сбор подписей под протестом по поводу избиения студентов-демонстрантов полицией и жандармерией, последовала его высылка из Петербурга как неблагонадежного (1901 г.). Однако, вернувшись через год из ссылки, Лесгафт продолжал активную общественно-педагогическую деятельность на созданных им Курсах руководительниц физического образования. К чтению лекций привлекались прогрессивные ученые и общественные деятели: В. Л. Комаров, Е. В. Тарле, И. П. Павлов, Н. А. Морозов, А. А. Ухтомский, М. М. Ковалевский.
В документах охранки это получало соответствующую интерпретацию: «Сомнительное направление г. Лесгафта проявляется, между прочим, в том, что г. Лесгафт за последние годы привлекает на свои курсы преподавателей, небезупречных в отношении политической благонадежности». Отмечается, что «ботаник Комаров, удаленный за антиправительственный образ мыслей из разных учебных заведений, нашел себе пристанище на курсах Лесгафта»[1] (1904 г.). Даже временное закрытие Курсов руководительниц физического образования в 1905 г. в связи с участием слушательниц в событиях 9 января не только не изменило общего направления деятельности Лесгафта, но и стимулировало ее расширение. Он принимает решение создать Высшие курсы по наукам биологическим, педагогическим и общественным (открыты 21 декабря 1905 г.). Педагогическое отделение сохраняло направление и содержание Курсов руководительниц физического образования. Свое новое учреждение Лесгафт неофициально называл «Вольной высшей школой».
16 февраля 1906 г. в помещении школы на собрании социал- демократических организаций Московско-Нарвского района с докладом выступал В. И. Ленин «О выборах в Государственную думу» и позднее — по вопросу об итогах IV (объединенного) съезда РСДРП *.
Агенты охранки докладывали: «На курсах Лесгафта 21 октября читались лекции исключительно на тему о возможности добыть свободу в России лишь революционным путем» (1906 г.).
«... являются постоянным местом для противозаконных собраний Курсы Лесгафта при С.-Петербургской Биологической лаборатории, где преступная деятельность революционеров при весьма сочувственном отношении к ней директора лаборатории Лесгафта ведется в широких размерах... произносятся речи с призывом к насильственному низвержению всего ныне существующего строя» (1906 г.)**
«... в ночь с 18 на 19 декабря 1907 г. был произведен обыск на курсах профессора Лесгафта, причем обнаружено до 50 пудов нелегальной литературы, частью уложенной в тюки для отправки, а также один пуд типографского шрифта и валик для печатания»***. Вскоре курсы как один из центров революционной агитации в столице были закрыты (17 июля 1907 г.).
В начале нового века публикуются статьи П. Ф. Лесгафта: «Физическое образование в школах», «К вопросу о физическом образовании в школах» (1902 г.); «Значение школы» (1907 г.) и др. Осуществляется второе издание первой части «Руководства по физическому образованию детей школьного возраста» (1904 г.). В год своей смерти П. Ф. Лесгафт успел опубликовать 2-е издание второй части «Руководства». Скончался П. Ф. Лесгафт 11 декабря 1909 г. в Египте. Похоронен на Литературных мостках Волкова кладбища в Петербурге. Похороны носили характер политической демонстрации против самодержавно-полицейского режима. В них участвовали свыше 5000 человек. На ленте одного из многочисленных венков выделялась надпись: «Ты жил впереди нас: время твоих идеалов еще не пришло».
Мировоззренческие и научные концепции, идеи психофизиологического единства человеческой природы и роли физического образования во всестороннем развитии человека, утверждаемые П. Ф. Лесгафтом, не стоят в стороне от основных тенденций русской педагогики XIX в., отраженных в трудах А. И. Герцена, В. Г. Белинского, Н. А. Добролюбова, Н. Г. Чернышевского. Можно предполагать и влияние на П. Ф. Лесгафта трудов И. М. Сеченова и К. Д. Ушинского. Однако нельзя отказать ему в оригинальности и самобытности построения педагогических положений теории физического образования на основе анатомо-физиологических данных.
Отметим, что и К. Д. Ушинский признавал значение этих научных дисциплин для правильного понимания вопросов физического воспитания. Он писал: «... правила физического воспитания необходимо должны быть выведены из глубокого и обширного знания анатомии, физиологии, патологии, иначе они будут бесцветны, бесполезны...»
П. Ф. Лесгафт блестяще сочетал эти знания психологии и педагогики при глубоком понимании сущности физического воспитания (его теории и методики).
Исследователь трудов Лесгафта профессор Г. Г. Шахвердов, возглавлявший кафедру педагогики Ленинградского института физкультуры им. П. Ф. Лесгафта, справедливо отмечал, что во всех областях научных знаний: в биологии, антропологии, анатомии, физиологии, патологии, психологии, педагогике — он отрицал все мистические, метафизические, идеалистические толкования. Лесгафт стремился везде раскрыть реальные причинно- следственные связи изучаемых явлений и весьма преуспел в этом.
В «Руководстве» мы читаем: «Между умственным и физическим развитием человека существует тесная связь, вполне выясняющаяся при изучении человеческого организма и его отправлений» и «тесная связь, существующая между непосредственными физическими и душевными проявлениями, с одной стороны, и внешним их выражением, с другой, ясно показывает необходимость гармонического и умственного развития в школе».