По предложению ректора Санкт-Петербургской духовной Академии Филарета (Дроздова), впоследствии известного Митрополита Московского и кавалера, Архимандрит Филарет указом Комиссии духовных училищ от 15 (28) февраля 1814 г. назначен был инспектором Санкт-Петербургской духовной Академии. Служение Филарета в должности инспектора продолжалось всего полгода, но имело для него очень большое значение. В этот период он удостоен был степени доктора богословия (1814 г.). Докторская степень была присвоена владыке Филарету не за научные труды, а по должности и за безукоризненный образ жизни. В этом же году владыка Филарет переведен был в должность инспектора во вновь открывавшуюся Московскую духовную Академию. Это назначение также состоялось по указанию ректора Санкт-Петербургской Академии Филарета (Дроздова).
Прибывший на новое место назначения владыка Филарет занялся благоустройством открывавшейся Академии. 1 (14) октября 1814 года, в День праздника Покрова Пресвятой Богородицы, состоялось торжественное открытие Московской духовной Академии.
Архимандрит Филарет, будучи инспектором, а через год и ректором Академии, проявил себя глубоким знатоком своего дела. Он и наставником был, и преподавателем, и настоящим отцом для своих воспитанников. Лекции его по догматическому богословию отличались краткостью, ясностью и доступностью и посещались студентами с большим желанием. По словам самих слушателей, в его лекциях слышалось что-то в роде благовествования, а потому и слушались они с благоговением.
Впоследствии догматическое богословие читалось по конспектам лекций владыки Филарета.
Отношения ректора со студентами были дружески-братские. Он имел подход к каждому, воспитывал своих питомцев не наказаниями, а внушением и примером личного поведения. Ректор не хвалил провинившихся, но щадил их и таким методом воспитания почти всегда добивался положительных результатов. Его воспитанники так впоследствии отзывались о своем ректоре: " Управление его в Академии было истинно отеческое, мы были для него дети родные ".
В период ректорства Архимандрита Филарета дважды проводились ревизии Московской Академии ректором Санкт-Петербургской Академии Филаретом (Дроздовым). Результаты этих ревизий наглядно выразились в следующем факте: после второй ревизии в 1818 г. ректор Санкт-Петербургской Академии Филарет (Дроздов), тогда уже Епископ Ревельский, снял с себя панагию и подарил ее ректору Московской Академии в знак особого уважения и признания его заслуг.
О высокой оценке ректорской деятельности Архимандрита Филарета свидетельствовал и тот факт, что за четыре года ректорства он 6 раз был удостоен различных наград и поощрений. В 1819 г. вышел указ Святейшего Синода о возведении его в чин Епископа.
Епископ Калужский
1 (14) июня 1819 г., в 40 лет он хиротонисан был во Епископа Калужского и Боровского. Хиротонию совершали Митрополит Московский Серафим (Глаголевский) (1757 - 1843 гг.)с Преосвященными: Грузинским Митрополитом Ионой, Архиепископами Пафнутием и Досифеем и Епископом Дмитровским Лаврентием.
О деятельности в калужский период жизни Преосвященного Филарета можно ясно судить из краткой архивной записи, в которой отмечено было, что назначенный в Калужскую епархию Епископ Филарет " по благочестию своему, благости отеческой, кротости и смиренномудрию, благоразумию и дальновидности, по сердолюбию и искреннему участию к бедным и по всему, вообще, Архипастырскому служению был незабвенный для Калужской епархии Святитель ".
Стремясь воспитывать в своей пастве дух благочестия, он ревностно относился к исполнению всех церковных богослужений и проповеди в храмах слова Божия.
Его беседы отличались ясностью и простотой изложения, а потому все посещавшие храм слушали их с большим вниманием и удовольствием. Впоследствии эти беседы-толкования Святого Евангелия от Матфея напечатаны были отдельной книжкой.
Калужский Архипастырь уделял внимание и делу строительства, обновления и благоустройства церквей, причем требовал, чтобы деревянные храмы заменялись каменными. За период его Епископства в Калужской епархии было построено 25 каменных церквей.
Не забывал он и о духовенстве своей епархии, стараясь принимать все возможные и зависящие от него меры по улучшению материального состояния духовенства. Часто оказывал помощь нуждающимся духовным лицам из своих собственных средств.
Особым вниманием Преосвященного Филарета пользовались вдовы и сироты духовного сословия. Защищал он духовенство от притеснений помещиков и гражданских властей, а в случаях виновности лиц духовного звания он к ним был отечески строг и требователен.
При поездках по епархии, а также в других удобных случаях, Епископ Филарет старался экзаменовать и одновременно поучать церковнослужителей. И все это делалось с такой простотой, что никто не чувствовал себя униженным.
С детских лет стремившийся к иноческой жизни, Епископ Филарет обратил внимание на состояние монастырской жизни епархии. При нем был вновь создан монастырь под названием "Добрый", а в Оптиной пустыне устроен был в 1820 году скит, в котором Епископ Филарет имел свою келью и часто посещал его.
Деятельность владыки Филарета в отношении существовавших монастырей направлена была на улучшение всеми возможными мерами их материального положения. Кроме того, предметом постоянных забот Епископа Филарета была Калужская семинария.
В решении консисторских вопросов он зарекомендовал себя как любвеобильный и добрый пастырь.
Преосвященный Филарет занимался и делом просвещения раскольников.