Вступление Василия Шуйского, боярского царя, на престол сопровождалось беспрецедентным в истории России актом. Царь дал крестоцеловальную клятву «всей земле», что никого не казнит без суда, не будет слушать ложные доносы, не конфискует имущество родни арестованных. Однако этот сам по себе важный государственный акт не смягчил социальных противоречий в стране, не привел к успокоению низы общества, рассчитывавшие на более серьезные изменения в политике правительства, чем разделение полномочий между царем и боярством. Как и Годунову, Шуйскому приходилось маневрировать, чтобы достичь хоть какой-нибудь стабилизации социально-экономической ситуации в России. Наиболее показательным примером такого маневра служило одновременное улучшение положения холопства и установление 15-летнего срока сыска беглых крестьян.
Вскоре после майского переворота 1606 г. в Москве в польских владениях Ежи Мнишека объявился новый Лжедмитрий. По легенде, это был якобы чудом спасшийся от разъяренной толпы москвичей прежний царь. Личность нового самозванца с достоверностью не установлена, предполагают, что это мог быть вяземский помещик Михайло Молчанов. Не отваживаясь появиться в Москве, он посылал в Россию своих доверенных лиц. «Воеводой царя Дмитрия Ивановича» называл себя предводитель восставших крестьян Иван Исаевич Болотников, бывший боевой холоп князя А.А. Телятевского.
Движение, как и прежде, началось с юго-западной оконечности России. В июле 1606 г. войска Болотникова вышли из Путивля в поход на Москву. После битвы с правительственными войсками под Кромами в августе 1606 г. и взятия Ельца повстанцы направились к Туле, соединившись по дороге с отрядами рязанских дворян под предводительством Григория Сумбулова и Прокопия Ляпунова, а также отрядом веневских дворян Истомы Пашкова. Захватив Калугу, Каширу и выиграв бой 25 октября 1606 г. у села Троицкого в 50 км от Москвы, повстанцы в начале ноября 1606 г. подошли к столице и встали лагерем в селах Коломенском, Заборье и Котлах.
Почти весь ноябрь повстанцы пытались взять Москву. Но отсутствие единства в их рядах не позволило осуществить задуманное. Болотников не очень ладил с дворянскими предводителями, а его попытка обратиться к «черному люду» столицы и вовсе привела к распаду и без того неустойчивой коалиции. 15 ноября в ходе битвы в Замоскворечье на сторону правительства перешел Ляпунов со своим отрядом. 2 декабря во время генерального сражения за Москву примеру Ляпунова последовал Пашков. Болотников с войском вынужден был отступить к Калуге, а затем к Туле. В мае 1607 г. в тульский повстанческий лагерь из Поволжья пробилось войско еще одного самозванца — «царя Петра», «сына» бездетного Федора Иоанновича. Под его именем выступал предводитель донских казаков Илейка Гончаров.
30 июня 1607 г. к Туле подошли царские войска и осадили город. Болотниковцы держали осаду более трех месяцев. Только после того как на реке Упе была построена плотина, затопившая продовольственные, оружейные склады города и значительную часть его самого, восставшие сдались. Болотников был сослан в Каргополь, там ослеплен и утоплен, Лжепетра повесили. После казни предводителей движение пошло на спад.
Но это не прибавило политической стабильности России. 1 июня 1608 г. Лжедмитрий II подошел к Москве и у деревни Тушино разбил свой укрепленный лагерь. Отсюда происходит его прозвище Тушинский вор. Под его крылом собрались довольно пестрые силы русских, недовольных политикой Шуйского. Здесь действовала своя Боярская дума, приказы, свой «нареченный патриарх» — ростовский митрополит Филарет (Ф.Н. Романов). Примкнули к лагерю нового самозванца казаки во главе с атаманом Иваном Заруцким, князья Трубецкие, старомосковские бояре Салтыковы и Романовы.
Ударной силой самозванца были польские шляхтичи, участники «рокоша» — феодальной войны против короля. Потерпев поражение на своей родине, они пытались взять реванш на чужбине. Отряды Лисовского, Ружинского, Сапеги разбрелись по стране и мародерствовали. Города переходили то к сторонникам Шуйского, то к приверженцам самозванца. Целых 16 месяцев поляки осаждали Троице-Сергиев монастырь, так и не сумев взять его. Мирный договор, который подписал в июле 1608 г. с Василием Шуйским Сигизмунд III, не давал ему возможности поддерживать самозванца открыто. Однако из Польши в Тушино негласно шел постоянный приток войск. Зимой 1608—1609 годов тушинский лагерь стал настоящим городом-крепостью с царским дворцом. Объявились здесь Ежи Мнишек с дочерью Мариной, признавшей Лжедмитрия II своим мужем.
Отчаявшись справиться с Тушинским вором своими силами, Василий Шуйский в феврале 1609 г. заключил союзный договор со Швецией, по которому ей отдавалась Корельская волость, а шведские войска во главе с Яковом Делагарди обязывались прийти России на помощь в войне против поляков и тушинцев. Пользу этот договор дал минимальную, а вред правительству Шуйского и ему самому лично нанес непоправимый. Во-первых, договор стал главной причиной его политического падения, во-вторых, шведские войска в этой ситуации предприняли попытку захватить Новгород; в-третьих, Сигизмунд III наконец-то получил долгожданный предлог для перехода к открытой интервенции в России.
В сентября 1609 г. поляки во главе с Сигизмундом III осадили Смоленск. Король в своих универсалиях к русскому населению лживо возвещал, что сжалился и пришел в несчастную страну для прекращения в ней кровопролития. Но смоляне во главе с воеводой Михаилом Борисовичем Шеиным оказали интервентам героическое сопротивление. В течение 624 дней (21 месяц) они выдерживали осаду неприятеля. Лишь в июне 1611 г. в результате измены перебежчика поляки взяли город, но тогда в нем от 80 тысяч жителей едва оставалась десятая часть.
Теперь надобность в самозванце для Сигизмунда III отпала. Он вступил в прямые переговоры с русскими тушинцами, игнорируя Лжедмитрия II. Боясь расправы со стороны короля, тот бежал в Калугу. Хрупкое единство тушинского лагеря распалось. Опасаясь скопившейся в Тушинском стане казацкой вольницы, боярско-дворянская группировка тушинцев пошла на открытый союз с Сигизмундом III. В январе 1610 г. русское посольство во главе с М.Г. Салтыковым отправилось под осажденный Смоленск к королю и 4 февраля заключило с ним соглашение о призвании на русский престол сына короля — Владислава.
Договор 4 февраля 1610 г. воспроизводил крестоцеловальную запись Шуйского. Вместе с тем он предусматривал гарантии против присоединения России к Речи Посполитой. В нем оговаривалось требование перехода Владислава в православие. Это исключало возможность поглощения России Польшей через личную унию.
Мысль о призвании польского королевича, первоначально возникшая в среде бояр-тушинцев, вскоре нашла своих приверженцев и в Москве. Решающую роль здесь сыграла внезапная смерть племянника царя М.В. Скопина-Шуйского, с которым столичная знать связывала надежды на будущее возрождение России. 20-летний полководец вместе со шведским отрядом снял осаду с Троице-Сергиева монастыря и 12 марта победителем вступил в столицу. Через месяц он умер. Как предполагают, его отравила жена Дмитрия Шуйского, брата царя, который надеялся занять престол вслед за бездетным Василием.
Гибель Скопина-Шуйского, поражение Дмитрия Шуйского 24 июня 1610 г. под Можайском от польского гетмана Ходкевича, активизация отрядов тушинцев, выдвинувшихся из-под Калуги к Москве, договор со шведами — все это окончательно решило участь Василия Шуйского. 17 июля 1610 г. дворяне во главе с Захарием Ляпуновым, братом Прокопия Ляпунова, свергли Василия Шуйского, потребовали от него отречения от престола и вынудили его постричься в монахи.
С падением власти Василия Шуйского во главе страны встала Боярская дума — «князь Ф.И. Мстиславский со товарищи», прозванная «семибоярщиной ». Своей целью бояре преследовали посадить на московский престол польского королевича Владислава с тем, чтобы избавиться от Тушинского вора и его притязаний, с одной стороны, и ликвидировать опасность «от холопей своих побитыми быти и в вечной работе у них мучитися», с другой.
27 августа 1610 г. после того как гетман Жолкевский принял условия московских бояр относительно воцарения Владислава, воспроизводившие по существу договор от 4 февраля, столица России торжественно присягнула польскому королевичу Владиславу Жигимонтовичу. Лжедмитрий II с Мариной Мнишек и атаманом Иваном Заруцким вновь перебрались подальше от Москвы в Калугу. Между тем к Сигизмунду III под Смоленск было отряжено второе посольство во главе с митрополитом Филаретом и князем Василием Голицыным. К тому времени Василий Шуйский с братьями были увезены в Польшу. В задачу послов входило ускорить приезд Владислава в Россию, обговорить порядок его перехода в православие и обеспечить вывод войск поляков с территории России. Но у польского короля были свои планы. Он собирался занять русский престол сам и настаивал на том, чтобы послы заставили смоленских «сидельцев» сдаться ему на милость. Переговоры затягивались. Они были прекращены лишь весной 1611 г. по инициативе самого Сигизмунда III, который дал приказ увезти Филарета и Голицына в Польшу как пленников.
Между тем в сентябре 1610 г. Москва с согласия бояр была занята войском Жолкевского, который вскоре передал командование Александру Гонсевскому — фактическому наместнику Сигизмунда III. Он получил в России чин боярина и право бесконтрольного распоряжения страной. 15-летний Владислав в Москву не приехал и в православие не перешел. В это время поместья получали сторонники интервентов. В октябре 1610 г. А. Гонсевский арестовал некоторых оппозиционно настроенных по отношению к нему бояр и фактически перевел город на военное положение.