В период после третьего вселенского собора главным виновником всех беспокойств в Церкви стал архимандрит Константинопольский Евтихий. Святитель Кирилл Александрийский, уважая Евтихия, прислал ему экземпляр деяний вселенского Ефесского собора. Высокое богословие свт. Кирилла было им не понято и выродилось в лжеучение, в котором утверждалось, что в Иисусе Христе было не два естества, но одно. “После воплощения Бога Слова, я поклоняюсь одному естеству, естеству Бога, воплотившегося и вочеловечившегося; исповедую, что Господь наш состоит из двух естеств прежде соединения, а после соединения исповедую одно естество – утверждал Евтихий”. Это стало основой новой ереси – монофизитства. Еретическое монофизитское учение Евтихия разделял Диоскор, занявший Александрийскую кафедру после свт. Кирилла. Диоскора поддерживал император Феодосий II, ценивший его как борца с несторианством. Евтихия почитала придворная партия во главе с императрицей Евдокией. По совету этой партии, Евтихий перенес свое дело на суд церквей Римской и Александрийской, выставляя себя защитником православного учения. Папа Лев Великий, осведомленный обо всем Флавианом Константинопольским, согласился на осуждение Евтихия. Диоскор же, приняв сторону последнего, просил императора созвать вселенский собор для утверждения мнимо-православного учения Евтихия и осуждения несторианства, якобы возрожденного Флавианом.
Феодосий II назначил в 449 году собор в Ефесе, под председательством Диоскора. На соборе присутствовало 127 епископов лично и 8 имели уполномоченных. Папа прислал Собору своё “догматическое послание”. Заседали трое его легатов. Начались соборные совещания по делу Евтихия. Диоскор не огласил послание папы, удовольствовался исповеданием веры Евтихия и заявлением, что о двух природах во Христе не говорилось на прежних вселенских соборах. Диоскор объявил Флавиана еретиком и лишенным сана, также как Евсевия Дорилейского, Домна Антиохийского и Феодорита Кирского. С ними, по боязни насилия, согласились 114 епископов. Легаты Римские отказались подать голос. Когда Флавиан выходил из соборной залы на него набросились сирский архимандрит Варсума и другие монахи, и так избили его, что он скоро умер.
Император, будучи несведущим в богословских тонкостях, подтвердил определения ефесского “разбойничьего” собора. В создавшейся ситуации защитником Православия выступил папа Римский Лев Великий. На соборе в Риме было осуждено все, постановленное в Ефесе. Папа в письмах на восток требовал созыва законного вселенского собора в Италии. По его просьбе, того же требовал и западный император Валентиан III. Но Феодосий находился под влиянием монофизитской придворной партии, особенно своей супруги имп. Евдокии, и потому не внимал просьбам. Затем, Феодосий умер (450 г.). Придворная партия потеряла свое значение, императрицу Евдокию удалили под предлогом паломничества в Иерусалим. Получила значение партия сестры Феодосия - Пульхерии, почитательницы патриарха Флавиана. Она с почестями вернула его мощи в Константинополь, вышла замуж за царедворца Маркиана, который тем самым стал новым императором.
Законный 4-й Вселенский собор был созван императором Маркианом в 451 году, в г. Халкидоне. Он продолжался с 8 до 31 октября. Всего прошло 7 пленарных заседаний. Это был первый Собор, протоколы заседаний которого полностью сохранились. Всех отцов на нем было 630. Из наиболее известных были: Анатолий Константинопольский, принявший сторону православных, Домн Антиохийский, Ювеналий Иерусалимский, Фалассий Кесарие-Каппадокийский, Феодорит Кирский, Диоскор Алесксандрийский и другие. Папа прислал своих легатов в Халкидон. Председателем собора был Анатолий Константинопольский. Первым делом отцы занялись рассмотрением деяний разбойничьего собора и судопроизводством над Диоскором. Отцы осудили и низложили его, осудили разбойничий собор и Евтихия. Тех епископов, которые принимали участие в разбойничьем соборе, простили, так как они раскаялись и объяснили в свое оправдание, что действовали под страхом угроз Диоскора. Затем отцы занялись определением вероучения. Им предстояло изложить такое вероучение о двух естествах в Лице Господа Иисуса Христа, которое было бы чуждо крайностям несторианства и монофизитства. Отцы Халкидонского приняв за образец изложение веры свт. Кирилла Александрийского и Иоанна Антиохийского, а также послание папы Льва Римского к Флавиану, определили догмат об образе соединения в Лице Господа Иисуса Христа двух естеств:
«Последующе божественным отцам, все единогласно поучаем исповедовать..... единого и того же Христа, Сына, Господа единородного, в двух естествах, неслитно, неизменно, нераздельно, неразлучно, познаваемого (никакоже различию двух естеств потребляемому соединением, паче же сохраняемому свойству каждого естества во едино лицо и воедину ипостась совокупляемого): не на два лица рассекаемого или разделяемого, но единого и того же Сына и единородного Бога Слова». Таким вероопределением осуждалось как несторианство, так и монофизитство. Все отцы были согласны с этим определением. Блаженный Феодорит, которого на соборе подозревали в несторианстве, произнес анафему на Нестория и подписал его осуждение. Поэтому собор снял с него осуждение Диоскора и восстановил в сане, равно как снял осуждение с Ивы, епископа Эдесского. Только египетские епископы держали себя двусмысленно по отношению к вероопределению. Они хотя и подписали осуждение Евтихия, но не хотели подписать послания Льва Римского к Флавиану, под тем предлогом, что, по существующему в Египте обычаю, они ничего важного не делают, без соизволения и определения своего архиепископа, которого, в связи с низложением Диоскора, у них не было. Собор обязал их клятвой подписать, когда будет поставлен архиепископ. Когда императору Маркиану донесли о решениях Отцов в Халкидоне, он прибыл сам на Собор, принял участие в 6-м заседании Собора и произнес речь, в которой выразил радость, что все сделано по общему желанию и мирно. После этого, заседания собора продолжились. Отцы занялись составлением 30 правил. Главные предметы правил — церковное управление и церковное благочиние.После собора император издал строгие законы относительно монофизитов. Приказано было всем принимать учение, определенное Халкидонским собором; монофизитов ссылать в заточение или изгонять; их сочинения сжигать, а за их распространение казнить и проч. Диоскор и Евтихий были сосланы в отдаленные провинции.Халкидонский собор утвердил постановления не только трех предыдущих Вселенских соборов, но и поместных: Анкирского, Неокесарийского, Гангрского, Антиохийского и Лаодикийского, бывших в 4-м веке. С этого времени первенствующих епископов в главных пяти церковных округах стали называть патриархами. Предстоятели же Александрийской и Римской церквей назывались “папами” (дедами).