Весь 1801 год Фёдор Ушаков провёл в Севастополе, составляя исторический, материальный и финансовый отчёты об Ионической кампании. С воцарением Александра I наступила тяжёлая пора в истории русского флота. Развитию флота перестало придаваться значение. Происходило засилье иностранцев в морском ведомстве. Беспримерный поход русского флота фактически не получил признания.
Жизнь Фёдора Ушакова была кроме того отягощена интригами бездарных и завистливых высокопоставленных военных чиновников против него; так, Ушакова обвиняли в том, что он — не дворянин, и ему пришлось документально доказывать своё древнее дворянское происхождение.
В мае 1802 года Ушакова перевели на Балтийский флот с назначением главным командиром гребного флота. Такое оскорбительное отношение к заслугам и общий упадок флота повлияли на решение Фёдора Ушакова уйти в отставку. 19 декабря 1806 года, убедившись в бесполезности на занимаемом посту влияния на судьбу флота, Ушаков подал в отставку, ссылаясь на «телесную и душевную болезнь». 17 января 1807 года указом Александра I он был уволен в отставку (с мундиром и пенсией полного оклада содержания, получив от Адмиралтейств-коллегии грамоту с перечислением всех боевых и служебных заслуг).
Выйдя в 1807 году в отставку, он посвятил себя благотворительности и Церкви. Фёдор Ушаков внёс значительный вклад в строительство русского Военно-морского флота и разработку его передовой тактики. Сам он не знал поражений. В духе почитавшегося им Суворова флотоводец отказался от всех диктуемых линейной тактикой манёвров и построений эскадры, не направленных непосредственно на полный разгром неприятеля с наименьшими потерями с целью скорейшего завершения войны.
2.4. Последние годы жизни Фёдора Фёдоровича Ушакова
До 1809 года Фёдор Фёдорович Ушаков жил в Петербурге. В 1809 он поселился в деревне Алексеевка неподалёку от Cанаксарского монастыря (Темниковский уезд Тамбовской губернии, ныне Мордовия). Своим завещанием, написанным в 1810 году, Фёдор Фёдорович Ушаков передал свои имения в наследство племянникам.
О последних годах жизни адмирала известно немного. В июле 1812 года он был единогласно избран дворянством Тамбовской губернии предводителем создававшегося народного ополчения, но по состоянию здоровья и ввиду преклонного возраста отказался от этой должности.
«За избрание меня губернским начальником над…ополчением по Тамбовской губернии, за благосклонное, доброе обо мне мнение и за честь сделанную приношу всепокорнейшую мою благодарность…за болезнью и великой слабостью здоровьем принять её на себя…никак не в состоянии и не могу. Посему и прошу…избрать кого за благо рассуждено будет, другого. Прошу также верить, что я действительно, будучи ныне при совершенной старости лет, находясь в болезни и всегдашней, по летам моим, великой слабости здоровья, должности понесть и в Тамбовское сословие дворянства явиться не могу.»10
В апреле 1813 года Ф. Ушаков пожертвовал в помощь пострадавшим в Отечественную войну 1812 года практически все имевшиеся у него деньги. В письме обер-прокурору Синода А. Н. Голицыну он писал: «на основании учреждения сохранной казны при объявлении моём августа 27 1803 года взнесено мною императорского воспитательного дома в Санкт-Петербургский опекунский совет государственными ассигнациями двадцать тысяч рублей…из которых с того времени ни капитальной суммы, ни процентов на оную нисколько не получал…Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедным, нищей братии, не имущим пропитания, и ныне, находя самый удобнейший и вернейший случай исполнить моё желание, пользуясь оным по содержанию вышеозначенного объяснения в пожертвование от меня на вспомоществование бедным, не имущим пропитания.»11
Иеромонах Нафанаил писал об Феодоре Ушакове архиепископу Тамбовскому Афанасию: «Оный адмирал Ушаков …знаменитый благотворитель Санаксарской обители по прибытии своём из С.-Петербурга около восьми лет вёл жизнь уединённую в собственном своём доме, в своей деревне Алексеевке, расстояние от монастыря через лес версты три…по воскресеньям и праздничным дням приезжал для богомоления в монастырь… а в Великий пост живал в монастыре в келье… всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал неукоснительно… Препровождал остатки своих дней крайне воздержанно и окончил жизнь свою, как следует истинному христианину и верному сыну Святой Церкви 1817 года октября 2 –го дня и погребён по желанию его в монастыре подле сродника его из дворян, первоначальника обителя сия иеромонаха Феодора по фамилии Ушакова же»12.
Адмирал Фёдор Фёдорович Ушаков скончался в своём имении в конце сентября 1817 года. Метрическая выпись от 2 (14) октября из соборной книги Спасо-Преображенского монастыря содержит запись о смерти Феодора Ушакова: умер «натуральною болезнию»; исповедован и приобщён протоиереем Асинкритом Ивановым, который за день до кончины праведника в праздник Покрова Пресвятой Владычицы нашей Богородицы, принимал его последнюю исповедь и причащал Святых Таин. Когда гроб с телом усопшего адмирала, при большом стечении народа, был вынесен на руках из города, его хотели положить на подводу, но народ продолжал нести его до самой Санаксарской обители. Там встретила благоверного воина Феодора монастырская братия. Феодор Феодорович был погребён у стены соборного храма, рядом с родным ему преподобным Старцем, чтобы быть им отныне вместе навеки (приложение 12).