После агрессии НАТО усилился сепаратизм черногорского руководства. На политику М. Джукановича не повлияли "октябрьская революция" в Белграде в 2000 г. и приход к власти в СРЮ и Сербии демократической оппозиции. В ноябре 2002 г.М. Джуканович ушел с поста президента Черногории и возглавил правительство. Президентом Черногории в мае 2003 г. был избран соратник Джукановича, бывший председатель парламента Филип Вуянович. Оппозиция своего кандидата на этих выборах не выдвигала.
14 марта 2002 г. руководители СРЮ, Сербии и Черногории подписали разработанное в Евросоюзе соглашение о переустройстве отношений в союзном государстве. Новое государственное объединение получало название сообщество Сербия и Черногория (СиЧ). Совместными органами объявлялись: однопалатный парламент, президент, совет министров и суд. Избираемый скупщиной президент предлагает состав Совета министров и руководит им. Кабинет составили пять министерств: иностранных дел, обороны, внешних и внутренних экономических сношений, защиты прав человека и национальных меньшинств. Единая армия подчинялась Верховному совету обороны в составе президента СиЧ и глав республик. Суд Сербии и Черногории был наделен функциями конституционного суда. В представительствах Югославии в международных организациях - ООН, ОБСЕ, Совете Европы и т.д. - обеспечивалось равное участие сербов и черногорцев.
Стороны договорились о беспрепятственном функционировании общего экономического рынка, включая свободное перемещение людей, товаров, услуг и капиталов. Имевшиеся расхождения в области торговой и таможенной политики должны были разрешаться в процессе гармонизации экономических систем республик с экономической системой Европейского союза. Наконец, вводился трехлетний мораторий на проведение в Черногории референдума о независимости.
Еще год ушел на подписание конституционной хартии и ее ратификацию сербским, черногорским и союзным парламентами.4 февраля 2003 г. Союзная Республика Югославия, функционировавшая почти 11 лет и прочно связанная с именем С. Милошевича, перестала существовать. Она повторила судьбу СФРЮ. Ушло в историю и само название Югославия. Появилось государственное сообщество Сербия и Черногория. Его президентом был избран представитель Черногории Светозар Марович. Президент СРЮ В. Коштуница остался без своего поста.
В марте 2003 г. был убит сербский премьер З. Джинджич. В организации покушения была обвинена организованная преступность. Гибель Джинджича стала началом заката правления ДОС. Лидера подобного масштаба у правящей коалиции на тот момент не оказалось. Не стал таковым и Зоран Живкович, который занял место Джинджича на посту премьер-министра Сербии и лидера Демократической партии.
З. Живкович не смог двинуть вперед процесс реформирования сербского общества и народного хозяйства, экономическое положение страны оставалось плачевным. На высоком уровне удерживалась безработица, а односторонняя ориентация на Запад не привела к потоку кредитов и инвестиций. Политическую систему сотрясали коррупционные скандалы, в которых были замешаны и члены кабинета министров. Правительство потеряло всякий авторитет, а ДОС - большинство в парламенте. В ноябре 2003 г. скупщина Сербии была распущена.
Выборы нового состава парламента Сербии состоялись в декабре 2003 г. Демократическая партия Сербии заняла на них только второе место. Но именно ее лидер В. Коштуница сформировал в конечном итоге правительство, сумев привлечь к сотрудничеству еще три партии. Правящая коалиция не имела за собой большинства депутатов скупщины, кабинет получил вотум доверия только благодаря нежеланию депутатов вновь избранной скупщины идти на ее очередной досрочный роспуск и новые, уже третьи по счету выборы. Правительство парламентского меньшинства также не смогло обеспечить стране политическую стабильность и экономические успехи. Сложной в целом ситуации не улучшили и прошедшие в июне 2004 г. очередные президентские выборы. Их победителем стал новый председатель Демократической партии Борис Тадич. В его лице Демократическая партия обрела сильного лидера и начала укреплять свои позиции в обществе.
Обострение борьбы в сербском политическом классе на рубеже веков благоприятствовало косовским сепаратистам, последовательно проводившим курс на выход из состава Сербии. В мае 2001 г. миссия ООН в Косово утвердила "Конституционные рамки временного самоуправления", и в ноябре того же года состоялись первые выборы в косовский парламент. Остатки сербского населения края эти выборы бойкотировали. Победу же на них одержала Демократическая лига Косово Ибрагима Руговы, обойдя своего главного конкурента - Косовскую демократическую партию (политическое крыло Освободительной армии Косово) Хашима Тачи. Ругова стал президентом Косово. Но Тачи смог контролировать правительство через члена своей партии, премьер-министра правительства Косово Байрама Реджепи.
Позже место премьер-министра Косово занимали представители еще одной партии - Союза за будущее Косово. В 2006 г. премьер-министром стал также принадлежавший к этой партии генерал Агим Чеку - воевавший с сербами еще в рядах хорватской армии, позже в ОАК, а затем возглавивший Косовский защитный корпус.
Чуть раньше, в конце 2005 г. в косовском урегулировании наступил своего рода переломный момент. Если раньше мировое сообщество выступало за обеспечение в крае демократических стандартов как главное предварительное условие начала переговоров о статусе Косово, то теперь этого уже не требовалось. Поиски статуса края перешли в практическое русло. В феврале 2006 г. начался переговорный процесс между делегациями Сербии и косовских албанцев. Начало нового этапа в решении косовского вопроса совпало с кончиной И. Руговы - харизматического лидера косовских албанцев. На его место парламентом края был избран представитель Демократической лиги Косово Фатмир Сейдиу.
21 мая 2006 г. на референдуме, предусмотренном еще в конституционной хартии государственного сообщества, большинство жителей Черногории (55,5%) выступило за полный суверенитет своей республики.3 июня парламент Черногории провозгласил ее независимым государством. Общая 88-летняя история Сербии и Черногории закончилась.
На первых после приобретения независимости черногорских парламентских выборах, состоявшихся в сентябре 2006 г., убедительную победу одержала правящая коалиция Демократической партии социалистов Черногории и Социал-демократической партии. М. Джуканович, оставшись лидером ДПСЧ, подал в отставку с поста премьер-министра. Его место занял Желько Штуранович.
28-29 октября 2006 г. на всенародном референдуме была одобрена новая конституция Сербии.
Экономическая ситуация в Сербии и Черногории крайне тяжелая. Заметно упал спрос на традиционные товары сербского экспорта на рынках Центральной и Восточной Европы, особенно на постсоветском пространстве. Все еще не преодолены последствия всеобъемлющих санкций против СРЮ и беспощадных натовских бомбардировок ее промышленных объектов. Предоставляемая сейчас иностранная помощь невелика по размеру. В Сербии она еще и обставлена всевозможными условиями, в том числе и сотрудничеством страны с Гаагским трибуналом по бывшей Югославии.
Время, последовавшее за распадом СФРЮ, оказалось тяжелейшим испытанием для внешней политики Белграда. Сербское руководство не могло безучастно относиться к тому факту, что во все конфликты на постюгославском пространстве оказались вовлеченными местные сербские общины. Оказывавшаяся им политическая, моральная и военная помощь, масштабы которой нередко завышались антисербской пропагандой на Западе, привели СРЮ к международной изоляции. Было приостановлено ее членство в ООН, Совещании по безопасности и сотрудничеству в Европе, Совете Европы и других международных и региональных организациях, против сербского руководства выдвигались обвинения в причастности к геноциду. Эпизодические попытки переориентации на Россию носили скорее демонстративный характер, как это было, например, с решением югославского парламента в 1999 г. о присоединении СРЮ к Союзу России и Белоруссии. К тому же усилия Белграда не находили соответствующего отклика в Москве. Российское руководство, не будучи в состоянии эффективно контролировать развитие ситуации даже в странах ближнего зарубежья, проявляло все меньше интереса к традиционным сферам влияния России на Балканах.
Позже черногорское руководство, а после "октябрьской революции" 2000 г. и сербское, приступили к изменению вектора своей внешней политики, пользуясь тем, что западные страны активно поддерживали оппозицию режиму Милошевича. Ими был взят курс на интеграцию в европейские и трансатлантические структуры, прежде всего на присоединение к натовской программе "Партнерство ради мира" и достижение соглашения об ассоциации с Евросоюзом. Отношения с Россией по-прежнему далеки от того достаточно высокого уровня, который они традиционно имели во внешней политике как Сербии, так и Черногории.