Святитель Николая не пытался внедрить русскую культуру на место японской. Он, подобно апостолу Павлу в Афинах, находит христианские черты в культуре и быте японского народа. Он преподает православие в её исконном апостольском смысле.
Рецепция культуры заключалась в переводе книг Священного Писания, изучении философий (например, конфуцианство), религий (буддизм, синтоизм) истории и традиций народа «страны восходящего солнца».
Святитель, для более успешного усвоения Евангельской проповеди, начинает переводить Священное Писание на японский язык, потратив на него колоссальные усилия и время.
Еще в 1870 году святитель Николай писал: «Из всего вышесказанного доселе, кажется, можно вывести заключение, что в Японии, по крайней мере в ближайшем будущем: жатва многа. А деятелей с нашей стороны нет ни одного, если не считать мою, совершенно частную, деятельность... Пусть бы я и продолжал свои занятия в прежнем направлении, но силы одного человека здесь почти тоже, что капля в море. Один перевод Нового Завета, если делать его отчетливо (а можно ли делать иначе?), займет еще, по крайней мере, два года исключительного труда. Затем необходим перевод и Ветхого Завета; кроме того, если иметь хоть самую малую христианскую Церковь, решительно необходимо совершать службу на японском языке; а прочие книги, как Священная история, Церковная история, Лигургика, Богословие? Все это тоже предметы насущной необходимости. И всеэто, и другое подобное нужнопереводить на " японский ", о которомеще неизвестно, дастся лион когда иностранцутак, чтобы на нем можно было писать хотя бы наполовинутак легко искоро, как иностранец обыкновенно пишет на своем». Многопозднееонпишет, что в переводческих трудах «заключается вся суть миссионерскогодела. В настоящее время вообще работа миссии, в какой бы то ни было стране, не может ограничиваться одною устною проповедью. Времена Франциска Ксаверия, бегавшего по улицам с колокольчиком и сзывавшего таким путем слушателей, прошли. В Японии же, при любви населения к чтению и при развитии уважения к печатному слову, верующим и оглашаемым, прежде всего, нужно давать книгу, написанную на их родном языке, непременно хорошим слогом и тщательно, красиво и дешево изданную. Особенное значение у нас имеют книги, выясняющие вероисповедные разности с католичеством и протестантством».
В Хакодате, за неимением перевода богослужение совершалось на церковнославянском языке, на японском же языке пелись и читались только «Господи, помилуй», «Святый Боже», «Верую» и «Отче наш». При переводе молитвы «Господи, помилуй» возник вопрос, как следует переводить слово «помилуй», которое зачастую воспринимается как помилование преступника. Епископ Николай говорил: «У нас таких отношений с нашим Богом нет. Мы возьмем слово "аварема". Так мать "милует" ребенка, "жалеет" в исконном древнерусском смысле». Там же, в Хакодате, святитель Николай начал переводить Писание с китайского языка, однако вскоре убедился в несовершенстве китайских переводов и перешел к переводу Нового Завета с церковнославянского, который считал точнее русского. Каждый стих сверялся с Вульгатой, Септуагинтой и английским переводом. В трудных местах святитель опирался на толкования святого Иоанна Златоуста. За 4-5 часов работы ему удавалось перевести не более 15 стихов.
После того как святитель закончил свой труд по переводу Евангелий и Апостола, они также стали читаться по-японски. В числе прочего в Хакодате были переведены Послания апостола Павла к Галатам, Ефесянам, Филиппинцам и Колоссянам, а также половина Послания к Римлянам. Тогда же им были переведены краткий молитвослов (с китайского), чин крещения и присоединения иноверных, «Православное вероисповедание» святителя Дмитрия Ростовского, катехизис для оглашенных, краткое изложение Ветхого Завета, «Толковое Евангелие» епископа Михаила и «Нравственное богословие» митрополита Платона.
Переехав в Токио, святитель Николай прежде всего перевел Октоих, затем Цветную и Постную Триоди, одновременно занимаясь новым переводом Евангелия. Из Ветхого Завета им были переведены все части, необходимые для совершения годичного круга богослужений.
Ряд трудностей и опасностей при переводе был связан и с тем, что многие иероглифы веками использовался буддистами и синтоистами, что придавало им вполне определенный смысловой оттенок, делавший невозможным или рискованным их употребление в православном контексте. В ряде случаев святитель рассылал перевод того или иного стиха или понятия по приходам с обращенной к духовенству и мирянам просьбой высказаться о нем.
Важен факт изучения святителем философского и религиозного мышления японцев для лучшего понимания это столь необычного, а нередко непонятного для русского человека народа. Здесь он никогда не осуждал религиозных чувств японцев, не был навязчив или дерзок в общении с представителями других религиозных или философских конфессий. Поэтому у него было немало друзей среди буддистов, синтоистов и конфуцианцев.
Также немало сил и времени святитель отдал на изучение истории и традиций японцев. Многие японцы даже признавали, что познания святителя в области истории намного выше, чем у кого-либо из них. А некоторые традиции японцев святитель даже принял в приходской жизни Церкви. Например, в Японии положено при входе в дом, разуваться, как знак уважения к хозяину дома, что стали делать в храмах, как знак благоговения перед Богом. Или когда японцы что-то очень внимательно слушают, они сидят на коленях, что стали делать во время чтения Евангелия.
Помимо перечисленного, нельзя не упомянуть отношения святителя к японскому народу. Если апостол Павел для эллинов был эллином, то святитель Николай для японцев стал японцем. Никого из иностранцев больше так не любили в Японии, как равноапостольного святителя. Важно заметить, что он не забывал ни об одном из приходов, которые находились под его наставничеством. Причем в каждой общине он оставался не меньше трех дней, чтобы окормлять «алчущих», наставлять пастырей и выслушивать каждого желающего общения с ним.
Также важно введение им «женского миссионерства», которое было в первые века христианства, когда наученные женщины (диакониссы) проповедовали Слово Божие и вели катехизаторскую деятельность среди народа.