Подготовка специальной операции осуществлялась, как правило, заблаговременно и включала:
создание группировки войск (сил), организацию действий (принятие решения, постановку задач соединениям и частям, рекогносцировку, организацию взаимодействия, при необходимости - огневого поражения НВФ, организацию всестороннего обеспечения и управления, планирование действий); подготовку сил к предстоящим действиям, подготовку района операции, организацию и проведение воспитательной работы с личным составом, работы с населением, практическую работу руководителя специальной операции, его заместителей, штаба (оперативных групп), начальников служб в воинских частях и подразделениях, другие мероприятия.
Подготовка операции осуществлялась в соответствии с календарным планом, в котором отражались: решаемые задачи, проводимые мероприятия, доведение задач до войск (сил), организация подготовки войск (сил) и района операции, организация обеспечения и управления.
Решение на операцию принималось, как правило, по карте или схемам населенных пунктов. При проведении специальных операций в Ачхой-Мартановском районе в 1995 году, в Гудермесском районе в 1996 году использовались схемы, подготовленные с аэрофотоснимков.
При определении замысла учитывалось отношение населения к мероприятиям федеральных войск. Так, в ходе специальной операции в Гудермесском районе в феврале 1996 года, при действиях в Нижнем и Верхнем Суворов-Юртах войска ограничились поисковыми мероприятиями, а в Новогрозненском осуществлялись наступательные действия в связи с упорным сопротивлением боевиков.
Для уточнения решения проводилась рекогносцировка. Могла осуществляться с воздуха (облет района проведения операции и уточнение задач на местности).
На рекогносцировке изучались местность, особенности застройки населенных пунктов в район пунктов вокруг него на господствующих высотах, автомобильных дорогах;
- проведение переговоров с местной администрацией, старейшинами, духовенством о вводе войск в населенный пункт, сдаче оружия, ликвидации оборонительных сооружений, выдаче боевиков и др.;
- ввод в район операции подразделений внутренних войск, ОМОН, СОБР, проведение оперативно-розыскных мероприятий по проверке паспортного режима, изъятию оружия, боеприпасов, задержанию лиц, подозреваемых в причастности к НВФ;
- разблокирование района операции, перемещение войск в новый район.
Наиболее часто специальные операции в Чечне проводились способом поиска в блокированном районе. Как правило, каждая операция включала три этапа: подготовку, блокирование населенного пункта, действия по разоружению НВФ.
Успех операции в значительной степени определяло блокирование района ее проведения.
При проведении подобных операций войсками НКВД в 40-х годах на блокирование отводилось от 3-х до 5 дней. Примером недооценки этого могут служить выход в ночное время из села части боевиков в ходе специальной операции в Самашках в апреле 1995 года, прорыв банды Радуева из блокированного района в районе Первомайского в январе 1996 года и другие.
Блокирование района операции осуществлялось силами армейских частей, а непосредственные действия по поиску, разоружению (ликвидации) НВФ - силами внутренних войск и подразделений ОМОН и СОБР.
Достичь внезапности блокирования (с ходу, на всех участках и направлениях) в ходе действий в Чечне практически не удавалось. Эффект давали нешаблонные, творческие решения. Так, при проведении специальной операции в Новогрозненском в феврале 1996 года войска блокировали поселок дважды. Первоначально по шаблону, с соблюдением всех привычных для войск (и для боевиков) требований. Но поиск не проводился, войска оставили рубежи. Второй раз они заняли их внезапно, через три дня после своего ухода. В результате руководство НВФ не смогло подтянуть резервы (собранные ранее отряды были распущены) и оказать, как планировало, ожесточенного сопротивления.
В зависимости от обстановки блокирование проводилось заслонами или взводными опорными пунктами, подготовленными к круговой обороне. На маршрутах выхода населения из района операции выставлялись КПП. В ночное время в составе заслонов действовали осветительные посты. Район освещался и артиллерией. На этапе блокирования проходили переговоры с администрацией населенных пунктов. Основные требования – сдача оружия, ликвидация оборонительных сооружений, разблокирование участков дорог, выдача боевиков, а в 1996 году - подписание договоров о взаимном неоткрытии огня.
Проведение поисковых мероприятий во второй половине суток позволяло боевикам втянуть войска в ночной бой и, используя выигрыш в знании местности, наносить им значительные потери (специальная операция в Самашках 7-8 апреля 1995 года).
В ходе поиска штурмовые отряды в цепи с ходу уничтожали отдельные очаги сопротивления, мелкие группы боевиков и, двигаясь вдоль улиц, последовательно выходили на установленные рубежи, овладевали зданиями и кварталами. Бронетехника и огнеметчики действовали в боевых порядках штурмовых подразделений или за ними, уничтожая боевиков, в первую очередь, в укрытиях.
Заминированные участки местности преодолевались по проделанным проходам или обходились.
Огневые средства, назначаемые для ведения огня прямой наводкой размещались в местах, обеспечивающих возможность ведения огня и перемещения.
При ожесточенном сопротивлении боевиков штурмовые группы закреплялись на достигнутом рубеже, или отводились на рубеж безопасного удаления. Объекты и цели НВФ подавлялись и уничтожались огнем артиллерии, танков, противотанковых средств и ударами авиации, после чего движение ШГ возобновлялось.
Поисковые группы проводили осмотр зданий и сооружений, а в населенном пункте, кроме того, и проверку документов. Как правило, все мужчины призывного возраста задерживались и доставлялись на фильтрационный пункт с последующей их проверкой на причастность к НВФ.
Артиллерийская группа и подразделение вертолетов подавляли и уничтожали боевиков в опорных пунктах (укрытиях), воспрещали подход резервов НВФ. Часть вертолетов привлекалась для эвакуации раненых.
При проведении специальных операций по проверке паспортного режима штурмовые, артиллерийские и огневые группы не создавались, вертолеты, как правило, не привлекались. При необходимости создавалась группа прикрытия, которая располагалась в местах, обеспечивающих огневое прикрытие поисковых групп.
Таким образом, в целом четкое соблюдение вышеназванных мероприятий позволяло внутренним войскам МВД России успешно выполнять поставленные перед ними служебно-боевые задачи и с наименьшими потерями личного состава.