В 1591 г. совершилось событие, имевшее огромное влияние на судьбу Бориса: 15 мая в Угличе погиб царевич Димитрий, причем жители Углича перебили людей, заподозренных ими в убийстве царевича. Следственная комиссия выяснила, что царевич, страдавший падучей болезнью, играя в тычку, в припадке упал на нож и зарезался. Народная молва обвинила в убийстве Бориса. Виноват ли Борис в преждевременной смерти царевича, остается до сих пор темным, но есть уже немало голосов в историографии, не обвиняющих его. После углицкого происшествия клевета не раз чернила Бориса, обвиняя его в различных злодеяниях и нередко истолковывая лучшие действия его в дурную сторону.
Вскоре после смерти Димитрия (в июне того же 1591 г.) в Москве вспыхнул сильный пожар, истребивший весь Белый город. Борис старался оказать всевозможную помощь погорельцам, и вот пронесся слух, что он нарочно велел зажечь Москву, чтобы милостями привлечь ее жителей. Нашествие крымского хана Казы-Гирея под Москву летом 1591 г. приписывалось также Борису, который будто бы желал тем отвлечь внимание народа от смерти Димитрия. Не пощадили Бориса даже от обвинения в смерти царя Феодора, после даже в смерти желанного им жениха Ксении - принца Иоанна.
По смерти Феодора (умер 7 января 1598 г.), последнего царя из династии Рюриковичей, все присягнули царице Ирине, чтоб избежать междуцарствия, но она, чуждая властолюбия, в 9-й день по кончине супруга удалилась в московский Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры. За Ириной последовал в монастырь и брат. Управление государством переходит в руки патриарха и Боярской думы, а правительственные грамоты издаются от имени царицы Ирины. Во главе правительства стал патриарх Иов, действиями которого руководила не просто преданность Борису, но и глубокое убеждение, что Борис - человек, наиболее достойный занять престол, и что избрание его в цари обеспечит порядок и спокойствие в государстве. В пользу избрания Бориса, кроме свойства с покойным царем, всего более говорило его разумное управление при Феодоре, а царствование Феодора рассматривалось современниками как царствование счастливое. Сверх того, долголетнее пользование верховной властью дало Борису и его родственникам громадные средства и связало с его интересами интересы администрации московского государства. С самого начала патриарх предлагает Бориса в цари и, сопровождаемый боярами, духовенством и народом, просит Бориса принять царство, но получает от него решительный отказ.
Чтобы сломить упорство Бориса, созывается земский собор. 17 февраля члены собора собрались к патриарху в числе свыше 500; большинство из них состояло из духовенства, покорного патриарху, и служилых людей, сторонников Бориса. После речи Иова, прославлявшей Бориса, земский собор единогласно постановил "бить челом Борису Феодоровичу и кроме него никого на государство не искать".
21 февраля, после многих упрашиваний, угрожаемый отлучением от церкви, Борис согласился исполнить просьбу земских людей. Эти неоднократные отказы со стороны Бориса объясняются не только русским обычаем, который требовал всякую почесть, даже простое угощение, не принимать по первому приглашению, но и еще более желанием укрепить свое положение "всенародным" избранием. В предвыборной борьбе назывались и находили сторонников кандидатуры Федора Романова, Богдана Бельского и даже престарелого "царя" Симеона Бекбулановича, "нехотение" на престол которого было потом прямо вставлено в крестоцеловальную запись Бориса.
30 апреля Борис переехал из Новодевичьего монастыря в Кремль и поселился с семьей в царском дворце. Слухи о нашествии крымцев заставили Бориса вскоре (2 мая) выступить из Москвы во главе огромного войска и остановиться в Серпухове, но вместо орды явились послы от хана с мирными предложениями. В стане под Серпуховом Борис угощал служилых людей пирами, одарял их, и они остались очень довольны новым царем; "чаяху и впредь себе от него такого жалованья". Из этого похода царь с торжеством вернулся в Москву, как бы после великой победы.