Как и в эпоху VI династии, Египет времен Среднего царства пришёл в упадок из-за ряда слабых правителей. Имя последнего фараона XII династии неизвестно, а следующая XIII династия насчитывает свыше 50 правителей. Их резиденция по-прежнему находилась в Иттауи, и они продолжали поклоняться файюмскому богу-крокодилу Себеку. На то же время приходится череда быстро сменявшихся 72 правителей самостоятельной XIV династии, центром деятельности которой был Ксоис, расположенный в дельте. Именно в этот смутный период в Нижний Египет стали проникать многочисленные азиатские племена. Семитские имена нескольких фараонов XIII династии свидетельствуют, что представители этих чужеземцев иногда даже занимали трон. Около 1725 до н. э. эти пришельцы, которых египтяне называли чужеземными правителями, а Манефон — гиксосами (досл. «цари-пастухи»), опустошили дельту. Спустя 50 лет один из их вождей взошёл на египетский трон, став основателем новой династии. Гиксосы навсегда сохранились в памяти египтян как безжалостные тираны и разрушители. Им удалось захватить значительную часть Египта, за исключением района Фив, и добиться союза с нубийскими вождями, сбросившими египетское иго.
Фараоны XV и XVI династий происходили из гиксосов, утвердивших новую столицу в городе Аварис (егип. Хат-Урат, совр. Телль эль-Даба). Обе династии существовали одновременно и были современниками XVII династии фиванских фараонов, которых они так и не сумели подчинить. Около 1600 до н. э. Камос, последний фараон XVII фиванской династии, ценой невероятных усилий сумел изгнать ненавистных чужеземцев из страны. Вопреки совету приближенных он двинулся в поход вниз по течению Нила и одержал ряд блестящих побед, вынудивших гиксосов отступить к Аварису — своему опорному пункту на границе с Палестиной. Камос умер до окончания кампании; ему наследовал его брат Яхмос I (ок. 1580—1559 до н. э.), которого считают основателем XVIII династии. После трехлетней осады он захватил и разрушил крепость Аварис, навсегда изгнав гиксосов, отступивших в Азию. Разорвав союз с Нубией, Яхмос тут же предпринял поход на юг и расширил пределы своего государства до прежней его границы выше второго нильского порога.
Новое царство
Возвышение в период XVIII династии. Изгнание гиксосов позволило Египту расширить связи с Азией. Теперь Египет стал частью средиземноморского мира.
Внук Яхмоса Тутмос I расширил пределы страны как в южном, так и в северном направлении. Он привел свое войско к верховьям Евфрата и на берегу этой реки воздвиг триумфальную стелу с надписью. Его внук Тутмос III был величайшим из всех египетских фараонов, однако ещё в детстве был оттеснен с трона своей мачехой, царицей Хатшепсут, двадцатилетнее правление которой отмечено значительными успехами во внешней торговле (снаряжение экспедиции в Пунт) и архитектуре, при этом царица, по всей видимости, организовала по меньшей мере два полноценных военных похода. После смерти Хатшепсут Тутмос III, получив единоличную власть, сам предпринял 17 походов в Азию и, отличившись в целом ряде сражений, начиная с битвы при Мегиддо, разгромил коалицию правителей Сирии и Палестины, оттеснил могущественное государство Митанни и подчинил большинство восточных соседей. Эпохой процветания и могущества было для Египта и 32-летнее правление Аменхотепа III (ок. 1455—1419 до н. э.), пожинавшего плоды завоеваний Тутмоса III. Аменхотеп III считается одним из величайших строителей в истории Египта. Реформа Эхнатона.
К тому времени основой могущества царской власти была поддержка войска и жрецов бога Амона-Ра.. После смерти Аменхотепа III трон занял его сын Аменхотеп IV, который вошёл в историю как религиозный реформатор. Свое имя он сменил на Эхнатон (Ахенатон) в знак отрицания своей связи с богом Амоном, на которую указывало имя Аменхотеп. Эхнатон упразднил почитание бога Амона, удалился в основанную им близ Гермополя новую столицу Ахетатон и провозгласил культ единственного истинного бога Атона, символом которого являлся солнечный диск. Могущественное жречество, связанное с культом Амона, было подавлено, храмы этого бога закрыты, и даже его изображения были стесаны или уничтожены.
Борьба с традиционной религией продолжалась 17 лет, но завершилась со смертью Эхнатона. Семенехкара (1348-47 гг. до н. э.) через некоторое время восстановил культ Амона и старым богам было возвращено их прежнее положение. О богатстве Египта в эпоху правления XVIII династии можно составить представление по находкам сокровищ в открытой в 1922 гробнице Тутанхамона — зятя Эхнатона. Реальными правителями во время его царствования были прежний верховный жрец Атона Эйе и главный военачальник Эхнатона Хоремхеб. XIX и XX династии. После выдвинувшегося на первый план за счёт своих хеттских походов Хоремхеб, основателя новой XIX династии, на троне оказался немолодой Рамсес I. В правление его сына Сети I под власть Египта вернулись Палестина, Финикия и южно-центральная Сирия. Рамсес II Великий также воевал на этих территориях, то возвращая их под свою власть, то вновь теряя, а основным соперником Египта оставалось Хеттское царство.
За долгим правлением Рамсеса II последовал период непрерывных массовых миграций разных народов в Центральное Средиземноморье. Преемникам этого царя пришлось испытать вторжения ливийцев с запада, а Рамсес III (ок. 1204—1173 до н. э.), второй царь XX династии, столкнулся на севере и востоке с мощным союзом не родственных между собой племен-завоевателей — т. н. «народов моря», чьего натиска не выдержали даже могущественные хетты. Рамсес III успешно противостоял их полчищам, но его продолжительное пребывание на троне было омрачено войнами, восстаниями населения, а также заговорами и интригами членов его собственной семьи. Рамсес III был последним великим правителем эпохи Нового царства. Около 1075 г. до н. э. после смерти последнего фараона XX династии Рамсеса XI, Египет распадается на две части — Фиванскую область во главе с верховным жрецом Амона Херихором, и объединяющее в себе Средний и Нижний Египет государство с центром в г. Танис.