Высшим органом Таможенного союза являются Межгосударственные Советы на уровне глав государств и глав правительств. Стороны Таможенного союза Договором от 6 октября 2007 года учредили Комиссию Таможенного союза - единый постоянно действующий регулирующий орган таможенного союза. Формирование Таможенного союза предусматривает создание единой таможенной территории, в пределах которой не применяются таможенные пошлины и ограничения экономического характера, за исключением специальных защитных, антидемпинговых и компенсационных мер. В рамках Таможенного союза применяется единый таможенный тариф и другие единые меры регулирования торговли товарами с третьими странам.
Разработано Соглашение о распределении таможенных импортных пошлин по принципу «общего котла». То есть все сборы будут внесены в единую систему расчетов. И доходы будут делить по согласованному макроэкономическому критерию - сложившемуся балансу во внешнеторговой деятельности между государствами.
Нормативы распределения сумм ввозных таможенных пошлин для каждой Стороны устанавливаются в следующих размерах:
Республика Беларусь - 4,70 %;
Республика Казахстан - 7,33 %;
Российская Федерация - 87,97 %.
Согласно Договору между Российской Федерацией и Республикой Казахстан о применении международных договоров в рамках формирования таможенного союза (Санкт-Петербург, 28 мая 2010 г.) данные нормативы не применяется. Установлены новые нормативы распределения сумм ввозных таможенных пошлин для каждой Стороны: Республика Казахстан - 7,69%; Российская Федерация - 92,31%.
Межгоссовет ЕврАзЭС на уровне глав государств принял решение о введении и в действие с 1 января 2010 года соглашений о едином таможенно-тарифном и нетарифном регулировании и наделении Комиссии таможенного союза полномочиями по их ведению. С 2010 года в Беларуси, Казахстане и России к товарам из третьих стран применяются единые ставки ввозных таможенных пошлин, установленные Единым таможенным тарифом (ЕТТ включает более 11 тысяч товарных позиций). Этот тариф разрабатывался на основе консенсуса государств-участников и в основном совпадает с ранее действовавшим в России и Белоруссии. При этом на переходный период для Казахстана, которому пришлось существенно поднять импортный тариф, предусмотрена возможность временного (до 5 лет) применения пониженных пошлин по некоторым товарам критического импорта (их перечень и сроки переходного периода установлены соглашением).
Таможенные пошлины, которые будут взиматься при ввозе товаров на территорию Таможенного союза России Белоруссии и Казахстана, будут переводиться на единый счет, при этом данный счет будет вестись в долларах или в евро.
Что касается процедуры уплаты таможенных пошлин, то уплачиваться таможенные пошлины будут не в долларах или евро, а в валюте той страны, через границу которой товар ввозится на территорию Таможенного союза.
Ввозные таможенные пошлины не могут быть зачтены в счет уплаты иных платежей. Ввозные таможенные пошлины уплачиваются плательщиками на единый счет уполномоченного органа отдельными расчетными (платежными) документами (инструкциями).
Распределение сумм ввозных таможенных пошлин уполномоченным органом Стороны между Сторонами осуществляется на следующий рабочий день Стороны после отчетного дня, в котором на единый счет уполномоченного органа зачислены суммы ввозных таможенных пошлин.
Распределение сумм ввозных таможенных пошлин уполномоченным органом Республики Казахстан между Сторонами осуществляется в отчетный день зачисления сумм ввозных таможенных пошлин на единый счет уполномоченного органа.
Расчет суммы ввозных таможенных пошлин, подлежащих перечислению с единого счета уполномоченного органа Стороны в бюджет этой Стороны, а также на счета в иностранной валюте других Сторон, осуществляется путем умножения общей суммы ввозных таможенных пошлин, подлежащих распределению между Сторонами, на нормативы распределения, устанавливаемые в процентах.
При этом общая сумма ввозных таможенных пошлин, подлежащих распределению в бюджеты Сторон, определяется путем вычитания из суммы ввозных таможенных пошлин, поступивших (исполненных уполномоченным органом зачетом) в отчетном дне с учетом непринятых национальным (центральным) банком к исполнению расчетных (платежных) документов (инструкций) на перечисление сумм возврата ввозных таможенных пошлин в отчетном дне, суммы ввозных таможенных пошлин, подлежащих возврату плательщикам в текущем дне.
Кроме того, предусматриваются благоприятные условия для развития на территории Таможенного союза промышленной сборки моторных транспортных средств, произведенных хозяйствующими субъектами государств - участников Таможенного союза при выполнении соответствующих критериев, отражающих масштаб производства и величину добавленной стоимости. Тарифные льготы также будут предоставляться в отношении технологического оборудования, комплектующих и запасных частей к нему, сырья и материалов, ввозимых для исключительного использования на территории государства - участника Таможенного союза в рамках реализации значимых для государств-участников инвестиционных проектов. Льготы будут также распространяться на товары, ввозимые в целях проведения XXII зимних Олимпийских зимних игр и XI Паралимпийских зимних игр в 2014 году в Сочи.
С 1 января 2010 года любые изменения ставок импортных пошлин производятся по решению Комиссии Таможенного союза.
Государственный таможенный комитет Республики Беларусь, Комитет таможенного контроля Министерства финансов Республики Казахстан и Федеральная таможенная служба обеспечивают применение согласованных правил, основанных на единых принципах ведения учета ввозных таможенных пошлин по методу начисления.