Совершенно неизвестным эпизодом жизни Беринга являются обстоятельства пленения. Это странно, ведь, по официальным источникам, он не принимал участия в боевых действиях.
В книге шведского историка Эйрика Хорнборга "Ратник Карла XII и борьба за Финляндию во время Большой Северной войны" есть строки: "Петер Лонгстрём переместился в южную Финляндию, осуществил там два удачных нападения в Хельсинки и в Сиббо, затем действовал в шхерах, где захватил много русских кораблей". Далее сноска: "Среди пленных Лонгстрема оказался один русский морской офицер датского происхождения по имени Витус Беринг - тот самый человек, по имени которого назван пролив Беринга. Вследствие измены офицера из пеших драгун по имени Вигант, ему и 24 другим пленным удалось осенью 1714 года спастись, когда русские завладели Олофсборгом".
Известно, что в 1714 году Беринг принял в Гамбурге корабль "Перл" и перегнал его в Ревель. Как мог он оказаться в плену - непонятно. Однако вины за ним не было. Беринг не привлекался к суду, а на следующий год получил повышение - чин капитана 4-го ранга. Крупнейший знаток архивных документов Т.С. Федорова предполагает, что инцидент произошел, когда Беринг в качестве пассажира следовал в Выборг по семейным обстоятельствам. Но мог ли в разгар военной кампании командир корабля взять отпуск? Морской Регламент подобное категорически запрещал.
Все биографы Беринга отмечают странные обстоятельства его увольнения в 1724 году. Действительно, он - капитан 2 ранга, командует одним из семи крупнейших судов "Лесное", построенным лично Петром I, в декабре 1723 года баллотирован в коллегию морских офицеров. Из 255 офицеров корабельного состава флота равных и выше Беринга всего 23 человека.
И вдруг в январе 1724 года он подал рапорт об отставке. По времени это совпало со свадьбой сестры его жены с вице-адмиралом Томасом Сандерсом в Выборге. Можно предположить, что Беринг решил заняться семейным бизнесом (война окончилась, семья его жены Пюльсе была состоятельной, имела собственное судно), но эта идея не оправдывает себя. Город Выборг по Ништадтскому договору отошел к России, а Беринг просил выдать паспорт для убытия на родину, то есть для выезда из России.
Историк флота В.Н. Берх так изложил последовательность событий. Прошения об отставке подали 4 офицера: Виллим Гей, Матис Фал-кенберх, Витус Беринг и Марко Дубровин. Все жаловались на слишком медленное продвижение по службе. На заседании Адмиралтейств-коллегий ее Президент генерал-адмирал Ф.М. Апраксин сообщил об этом Петру I. Апраксин предлагал повысить жалование Дубровину, а остальных отпустить домой. Петр I по поводу отставок ничего не сказал. 23 февраля (по старому стилю) Коллегия постановила: выдать капитанам Гею, Фалкенберху и Берингу паспорта и деньги на проезд. Апраксин сослался больным и отказался подписывать решение. Вице-Президент коллегии его подписал, но потребовал того же и от Апраксина. Тот опять уклонился, но обещал завизировать паспорта. Лишь 10 марта Беринг получил паспорт и проездные документы.
Согласно параграфу 85 "Морского регламента", принятому в апреле 1722 года, иноземец, желающий покинуть страну, получал паспорт и "...по взятии паспорта никому больше семи дней в Государстве не жить, разве какая законная причина ему возбранит. И в таком случае должен объявить в Коллегии Адмиралтейской".
Получив паспорт и проездные деньги, вопреки закону и логике Беринг никуда не уехал, а продолжал жить в своем доме в Кронштадте. Более того, оказался снова во флоте, да еще с повышением. Пятого августа 1724 года Петр дал Апраксину устное распоряжение о приеме Беринга обратно на службу в чине капитана 1-го ранга. Видимо, Беринг не подавал официальных прошений, так как Коллегия вызывала его для опроса: желает ли он служить? После положительного ответа его во флоте восстановили. Чин капитана 1-го ранга числился за ним с 10 августа. Присяга принята 4 октября.
Удивительно, Петр I еще в январе 1721 года распорядился "служителей иноземцев, которые были в службе Царского Величества в морском флоте, и из службы отпущены и даны им абшиды, оных в службу по прежнему не принимать". Кажется невероятным, что аккуратный и законопослушный Беринг нарушил закон и не покинул в семидневный срок Россию. Еще более странно, что достаточно жесткий Петр игнорировал собственный Указ и через 5 месяцев приказал Президенту Адмиралтейств-коллегий Апраксину принять Беринга снова, причем с повышением. Конечно, вице-адмирал Сандерс мог по-родственному похлопотать, но он не имел большого влияния на царя, поэтому следует искать более вескую причину.
Мог ли сам царь сделать исключение? Ответ однозначный - да, мог. Такой прецедент был в феврале 1724 года, именно в момент рассмотрения претензий Беринга. Возможно, поэтому Петр I отмолчался на заседании коллегии по поводу увольнений целой группы заслуженных офицеров.
Сведения, проливающие свет, удалось найти в протоколах заседания Адмиралтейств-коллегий за 4 октября 1725 года. Рассматривалось дело англичанина Порнеля, который просился на русскую службу в чин капитана 1-го ранга, хотя в английском флоте был только мичманом. Большинством голосов прошение отклонили, так как "...российскому флоту и служителям будет не без афронту, також 2-го и 3-го ранга капитанам, которые в службе обретаются уже многие годы, наивящая обида показана будет, от чего принуждены будут абшида просить, как то и в прошлых - 1723 и 1734 годах между морскими обер-офицерами о старшинствах вновь выезжих капитанов их имелись многие претензии и конфузии, и для того принуждены были прежде бывшие просить за обиды абшидов, которые и получили, а именно: капитаны Грип, Гей, Фалкенберг, Беринг, а после хотя и в службу и призывали, токмо уже оные не приняли, а которые и приняли и те с повышением чина...".
Теперь ясно, Беринг обиделся на необоснованные с его точки зрения назначения на вышестоящие вакантные должности неизвестных вновь поступающих на службу офицеров. Он не просился на флот обратно. Его позвали, видимо, почти сразу. Беринг поставил условие: повышение в чине. Условие, надо полагать, долго обдумывалось. Он ждал ответа, поэтому спокойно продолжал жить в Кронштадте, на глазах полицейских чиновников. Окончательное решение принимая, разумеется, лично Петр I. В этот период произошло что-то, заставившее и Беринга, и царя изменить позиции и пойти навстречу интересам друг друга.
На ум приходит только одно: Беринг не просто вернулся на службу, а согласился окончательно связать свою жизнь с новой родиной, то есть стал подданным Российской империи.
Эта гипотеза косвенно подтверждается. В январе и декабре 1731 года Беринг подал прошение на имя императрицы о пожаловании его крестьянскими дворами. Такую привилегию имело только российское дворянство. Офицерский состав Второй Камчатской экспедиции первоначально формировался из добровольцев россиян. Позже, уже по инициативе Беринга в ее командный состав допустили добровольцев иностранцев.