Официальной датой принятия христианства на Руси считается 989 г. Правда, существуют сведения, говорящие о том, что и до этого среди восточных славян существовали христианские общины. Однако именно после этой даты на Руси возникла церковная организация.
Первый период истории Русской церкви – Русская церковь в составе Константинопольского патриархата (989 – 1448). В это время Русская церковь представляла собой митрополию (то есть территориальное подразделение) Константинопольского патриархата.
Этот этап делится в свою очередь на два подэтапа.
Русская церковь Древней Руси (до монгольского нашествия, 9 – нач. 13 вв). В это время складывается административная структура церкви: появляется разделение на епископства, появляются первые монастыри. Кадровая политика определялась в Константинополе. Патриарх назначал не только Киевского митрополита, но зачастую и напрямую ставил епископов. За это время лишь два Киевских митрополита были русскими.
Русская церковь в период ордынского ига (13-15 вв). В этот период ставка митрополита была перенесена в Северо-Восточную Русь. в 1299 году Киевский митрополит Максим перенёс свою резиденцию во Владимир-на-Клязьме; в конце 1325 года местопребыванием Киевских митрополитов стала Москва.
Автокефальный этап (1448-1589). Последним митрополитом в Москве, поставленным в Константинополе, был грек Исидор (1437—1441). В 1439 г. во Флоренции была подписана уния между православными церквями и католиками. Объединение состоялось при серьезных уступках православия: признание главенства папы римского, принятие католич. догматов о филиокве (об исхождении Святого Духа не только от Бога-Отца, но и Сына), о чистилище. В течение последующих 6 лет на Флорентийском соборе были заключены соглашения об объединении с др. христианскими, течениями (египет. коптами, маронитами и др.)
В 1441 году митрополит Исидор по прибытии в Москву с Флорентийского Собора отслужил литургию, на которой помянул папу римского Евгения IV, а также зачитал документ об Унии. Сразу же после этого по приказу великого князя Василия II Тёмного он был взят под стражу, но впоследствии бежал. Великий князь приказал не преследовать Исидора.
Созванный по этому поводу в 1441 году в Москве Собор епископов Восточной Руси (Великого княжества Московского), осудил митрополита Исидора как еретика и отступника и отверг Унию. Московский Собор 1448 г., созванный великим князем Василием, 15 декабря поставил на Русскую митрополию епископа Рязанского Иону без согласования с Константинопольским патриархом-униатом с титулом «митрополит киевский и всея Руси».
После захвата Константинополя турками и уничтожения в нём Унии, сношения между русскими и греками возобновились. Однако кадровые вопросы отныне Русская Церковь решала самостоятельно.
На автокефальный период приходится также формировании доктрины Третьего Рима, согласно которой, вследствие политического падения Византии, единственным государственным оплотом вселенского православия становилась Москва. Русское православие в этой доктрине является единственных хранителем исконных христианских истин. Другие православные и тем более католики мыслятся как более или менее отступившие от Истины.
Первый Патриарший этап (1589 – 1700). В 1589 г. автокефалия Русской церкви была официально признана Константинопольским патриархом. Московские митрополит получил статус патриарха. Первым стал Иов. При патриархе начал действовать Синод (совет епископов). Почти все епископские кафедры были повышены в ранге, открылось несколько новых. Иов возвёл в сан четырёх митрополитов, пятерых архиепископов (из шести) и одного епископа на семь задуманных новых епархий.
На этот же период приходится одно из самых трагических событий русской истории – церковный раскол. В результате реформ Никона не только духовенство, но сама паства раскололась на сторонников нововведений (никониан) и противников (староверов, старообрядцев). Это был самый глубокий духовный раскол со времён противостояния христиан и язычников после принятия Крещения.
Синодальный период (1700-1917). По смерти Патриарха Адриана в 1700 году Пётр I воспретил избрание нового патриарха и по прошествии 20 лет учредил Духовную Коллегию, вскоре переименованную в Святейший Синод, который, являясь государственным органом, исполнял функции общецерковного управления с 1721 по январь 1918 года,
Вплоть до времени Всероссийского Поместного Собора 1917—1918 годов[36] основным внешним (государственно-правовым) регулирующим документом для Церкви являлся Духовный Регламент 1721 года[37], а позже также Устав Духовных Консисторий
С этого времени Церковь фактически стала частью госаппарата Российской империи, а духовенство – особым слоем госчиновников и одновременно замкнутым сословием.
В 1763 и 1764 году рядом указов были упразднены монастырские вотчины и введены штаты для некоторых оставляемых монастырей. В результате Церковь перестала играть роль важнейшего субъекта социально-экономической жизни страны. Духовенство потеряло финансовую независимость и оказалось на содержании государственной казны.
По Высочайшему Указу правительство во главе с графом Сергея Витте в декабре 1904 года начало разработку законопроекта Об укреплении начал веротерпимости, изданного Высочайшим Манифестом 17 апреля 1905 года. Следствием изменившегося законодательства стала ситуация, когда Православная Церковь, лишившись своих прежних государственно-правовых привилегий, фактически оказалась в роли дискриминируемого исповедания, так как продолжала пребывать под прямым государственным контролем.
В конце данного периода возник ряд радикальных националистических и монархических, так называемых «черносотенных» организаций, опирающихся в своей идеологии на русское православие: «Русское собрание», «Союз Русского Народа», «Русская монархическая партия», «Союз Михаила Архангела» и другие. В монархическом движении участвовали представители чёрного и белого духовенства, занимая руководящие посты в некоторых организациях до 1913 года, когда Святейшим Синодом был издан указ, запрещавший духовенству заниматься партийной политической деятельностью.