Вторым важным аспектом в разработке методологических проблем науки было обсуждение позитивизмом вопросов систематизации научного знания. Важно было выявить связи между отраслями сложившейся дисциплинарной организации науки, выяснить особенности взаимодействия и возможности интеграции различных наук. Физика сохраняла в эту эпоху лидирующее положение в естествознании. Вместе с тем развитие биологии и становление наук об обществе стимулировали распространение эволюционных идей в науке. Развитие дисциплинарно-организованной науки выдвинуло проблему обмена концептуальными средствами и методами между различными дисциплинами, а это, в свою очередь, предполагало выяснение того, как соотносятся между собой предметы различных наук. Эта проблема также возникала в связи с расширяющимся внедрением науки в образование, с потребностями систематизации преподаваемого корпуса научных знаний.
Первый позитивизм наметил ряд подходов к проблеме координации и классификации наук. О. Конт считал, что соотношения между науками и их классификация осуществляются с учетом последовательности их возникновения и по принципу простоты и общности.
Истоками контовской классификации наук были идеи Сен-Симона. Иерархия наук в классификации Сен-Симона и Конта выстраивалась следующим образом: вначале математика с механикой, затем науки о неорганической природе (астрономия, физика, химия), потом науки об органической природе (к которой Конт относил и общество) — биология и социология.
Г. Спенсер предложил несколько иную классификацию. Он считал, что важно выделить предметы наук соответственно способам их познания. В основе его классификации лежит разделение наук на конкретные, абстрактно-конкретные и абстрактные. Спенсер писал, что нужно различать науки, которые изучают абстрактные отношения, в которых нам даны явления, и науки, которые изучают сами явления. Науки, изучающие формы, в которых нам даны явления, — это абстрактные науки, к которым принадлежит логика и математика. Науки, изучающие сами явления, в свою очередь, делятся на два подкласса — изучающие явления в их элементах и изучающие явления в целом. По Спенсеру, каждое явление — это результат действия различных сил. Под изучением явлений в их элементах Спенсер понимает открытие законов одного вида силы. Этим занимаются абстрактно-конкретные науки, к которым относятся механика, физика и химия. Науки, изучающие явления в целом, согласно Спенсеру, объясняют явления как результат одновременного действия нескольких видов сил. Такие науки Спенсер называл конкретными и относил к ним астрономию, геологию, биологию, психологию и социологию.
Классификации Сен-Симона — Конта и Спенсера выявляли некоторые реальные черты координации наук и оказали влияние на последующие обсуждения этой проблематики в философии науки. Даже в тех философских концепциях, которые критиковали позитивизм и предлагали свое решение проблемы классификации наук, можно найти совпадающие черты с классификациями, предложенными первыми позитивистами.
В частности, в марксизме эту тематику разрабатывал Ф. Энгельс. Его подход был связан с концепцией форм движения материи. Выделенные им пять таких форм (механическая, физическая, химическая, биологическая и социальная) были положены в основания классификации наук. Выявляя реальные особенности взаимодействия наук XIX столетия, эта классификация имела ряд сходных черт с классификацией Сен-Симона — Конта, хотя философские основания их были существенно различными.
Первый позитивизм много сделал для пропаганды научных знаний. Его критика натурфилософии способствовала становлению философии науки, ориентированной на решение реальных методологических проблем, выдвигаемых развитием естествознания и социальных наук. В какой-то степени стремление отделить науку от метафизики могло сыграть и положительную роль в процессе консти-туирования новых дисциплин, отпочковывающихся от философии. В частности, это относится к становлению социологии.
Важнейшей задачей позитивной философии Конт вслед за Сен-Симоном считал использование науки как основания для социальных преобразований с целью разрешить критические (кризисные) состояния цивилизованных обществ7. Наука должна иметь различные практические приложения в производстве, в сфере образования, в управлении общественными делами. Она призвана рационализировать деятельность, делать ее более эффективной. Но связь науки с практикой позитивизм трактовал односторонне, только как влияние науки на практику. Само же научное познание он рассматривал, сохраняя традицию феноменологического подхода, как чувственный опыт и его рациональное упорядочивание. Деятельностный подход не был распространен на анализ научного познания.
Таким образом, позитивизм исходил из определенной идеализации науки, которая целенаправляла его анализ научного познания и решение выдвигаемых наукой методологических задач. Эта идеализация предполагала рассмотрение науки, во-первых, вне ее связи с философией и культурой, во-вторых, абстрагируясь от исторического развития уже сформировавшейся научной рациональности, в-третьих, абстрагируясь от практически-деятельностной природы научного познания.
Философия науки всегда принимает ту или иную систему идеализирующих допущений относительно природы научного познания. Как и всякая область знания, она имеет свой предмет, а значит, ограничивает поле своих исследований. Идеализирующие допущения очерчивают границы этого поля, показывают, какие проблемы принимаются философией науки, а какие исключаются из рассмотрения.
Позитивизм следует критиковать не за то, что он исходил из некоторых предварительных идеализации научного познания. Он предложил и отстаивал определенный идеал научности, и главные критические замечания в адрес позитивизма заключаются в том, что его программа задавала крайне узкое понимание науки.
Как выяснилось в дальнейшей истории позитивизма, это понимание постоянно порождало многочисленные трудности и противоречия при обсуждении реальных методологических проблем научного познания.