Весть о нападении фашистской Германии на Советский Союз и начале войны застала основной творческий актив театра на гастролях в уральском городе Молотове (ныне Пермь). Были даны первые спектакли, и никто не планировал возвращение в родные пенаты так быстро.
Естественно, в первые дни войны оглушенным черной вестью пермякам стало не до театра, спектакли шли при полупустом зале. Однако, актеры не стали сидеть без дела: ежедневно они давали концерты в госпиталях, а в ночное время группами выезжали на вокзал, где прямо на перроне выступали перед отправляющимися на фронт солдатами.
Выехать домой поначалу казалось невозможным – весь железнодорожный транспорт был на перевозку военных грузов, эвакуированных на восток предприятий с людьми; срочно формировались эшелоны с отправляющимися на фронт солдатами или возвращающимися с передовой ранеными. Только после вмешательства секретаря обкома партии застрявший вдали от родного города театр получил несколько пассажирских вагонов. Руководству труппой пришлось оставить в чужом городе большую часть декораций, но 8 августа 1941 года артисты тронулись в путь и добирались до родных мест две недели.
В ходе вынужденного переформирования сети зрелищных учреждений культуры решением облисполкома областной театр оперетты был временно переведен в Орск, а орский и бугурусланский театры, «как не обеспечивающие при наличии оставшихся кадров полноценной деятельности и должного художественного качества спектаклей», – упразднены.
Начальник отдела по делам искусств Чкаловского облисполкома Г. И. Незнамов 3 сентября 1941 года издал приказ: «В связи с направлением на работу в город Чкалов Ленинградского оперного ордена Ленина театра и предоставлением ему для работы здания театра музкомедии приказываю: …областной театр оперетты с 1 сентября 1941 года перевести на стационарную работу в город Орск… ».
Так в жизни оренбургских артистов музыкально-комедийного жанра вновь возникает окраинный городок, давший театру приют в пору его бездомного рождения. Расселяться пришлось в частных домах, поскольку Орск был уже перенаселен эвакуированными. Перед коллективом была поставлена первоочередная задача – восстановить оформление идущих спектаклей, возобновить репертуар. И, конечно же, всем не терпелось начать работу над новыми постановками, отражающими то, чем жил весь народ.
Летом 1942 года на областном совещании руководителей театров, посвященном итогам работы за первый военный год и репертуарным перспективам, М. Маркбен отчитывался: «Театр музыкальной комедии в вопросе репертуара, мобилизующего, подчиненного вопросам эпохи, нaходится в наименее выгодных условиях. Советских оперетт, к сожалению, очень немного, и те, которые являлись основным жанром, ничего общего с сегодняшним днем не имеют. В условиях Орска, где... зритель не так
охотно шел на пьесы и требовал разнообразного материала, театру пришлось провести большую работу, сыграли за 6 месяцев 21 название. Ранее больше 8–9 нaзваний в год не играли, а здесь, мобилизовав все старые запасы и использовав новые, поставили 21название... Это отразилось
в какой-то мере на качестве спектаклей».
В сорокаградусные морозы, бураны и метели зимы 1941–1942 годов рабочие и служащие Орска, общая градостроительная панорама которого состояла из отдельных поселков, удаленных от центра, не смотря ни на какие погодные катаклизмы и хроническую усталость от напряженного труда, приезжали в театр на спектакли, а утром с новыми силами шли на заводы и стройки, где сутками не покидая своих рабочих мест. Одним из наиболее желанных поощрений для передовых бригад были билеты на оперетту. Днем в любую погоду артистов привлекали к проведению шефских концертов, возили (на стареньком автобусе, а чаще на лошадях) на предприятия и в госпитали. А в дополнение к повседневной работе молодые артисты-мужчины еще каждое утро с 8 до 10 часов занимались военной подготовкой: ползали по-пластунски, изучали пулемет, прово 
дили учебные стрельбы.
Весной 1942 года, когда сильное наводнение затопило большую часть города, работники музкомедии вместе со всеми участвовали в спасательных работах – таскали мешки с продуктами, становились гребцами на лодках, перевозивших грузы и людей. И все это наряду со своей прямой деятельностью. Никого это не удивляло и не вызывало особых эмоций – так жили в то время все работоспособные
люди тыловых городов. В книге «Силуэты. Хроника Оренбургского театра музыкальной комедии» приводится показательный пример: «… на премьере оперетты В. Сидорова «Ветер с востока» автор вышел на вызовы публики... в тел 
огрейке и валенках, у композитора просто не было никакого выходного костюма, и все восприняли это как должное, тем более что стоявшие на сцене рядом с автором актеры были,
согласно исполняемым ролям, одеты так же ».
Театр работал в Орске два сезона. Летом 1942 года он показывал спектакли в Чкалове, в хорошо знакомом Летнем театре, на зиму снова
возвратился в Орск, а весной 1943 года окончательно вернулся в областной центр. С 15 мая по 3 октября актеры интенсивно работали в том же Летнем театре, а с октября им предоставили небольшую сцену клуба имени Дзержинского.
Чкалов в те годы был центром Южно-Уральского военного округа, генералы и офицеры были частыми гостями театра. Зрительный зал постоянно принимал бойцов, курсантов военных учебных заведений.
По-прежнему актеры давали концерты в госпиталях, выезжали в красноармейские клубы. Артисты театра вместе с фронтовыми бригадами выезжали в действующую армию: в 1943 году на фронте побывалиВ. Котов, М. Петрусевич и Л. Василько, в 1945 году – Л. Столповская и Б. Казанский. За активную военно-шефскую работу по обслуживанию действующих частей и госпиталей Красной Армии наградами руководства области и города были отмечены артисты В. Котов, О. Милохин, Н. Томская, М. Петрусевич, Л. Василько, Г. Эльперин и др.
Творческому росту актеров и музыкантов способствовало общение с ленинградской творческой интеллигенцией. Оркестранты МАЛЕГОТА, свободные от своих спектаклей, нередко играли в оркестре театра музкомедии. Если до середины 1943 года оренбургский театр находился вне поля зрения критики, то с возвращением в родной город его спектакли стали получать квалифицированную оценку, и не только со стороны местных журналистов, но и профессионалов-ленинградцев, среди которых выделялся Б. Гефт.
Нередко за кулисы Летнего театра приходил композитор Василий Соловьев-Седой: как и многие эвакуированные, он жил частном
полуподвальном помещении, где не было хорошего пианино, поэтому в свободное от репетиций и спектаклей время использовал для творческих бдений театральный инструмент. Артисты оренбургской музкомедии стали свидетелями и первыми слушателями, когда он сочинял мелодию для будущей знаменитой песни «Вечер на рейде».
Полных данных о репертуаре театра в этот период, особенно во время работы в Орске, не сохранилось. Известно, что широко шла «Свадьба в Малиновке», ставились «Сильва», «Баядера», «Принцесса цирка» И. Кальмана, «Талисман» Крауса.
Летом 1942 и 1943 годов помимо классического репертуара любителям оперетты был представлен ряд современных постановок патриотической направленности, такие как «Ганна» М. Корчмарева, «Девушка из Барселоны» Б. Александрова, «Раскинулось море широко» Н. Богословского. В июле 1942 года была принята к постановке оперетта «Ветер с востока», написанная по заказу театра композитором В. Сидоровым и авторами пьесы Левицкой и Робинсоном. Режиссером спектакля был заслуженный артист Украины Н. Южанский, эвакуированный из Харькова, ассистентом режиссера – О. Милохин. Много лет спустя, ветеран театра Олег Евгеньевич Милохин вспоминал: «В короткий срок спектакль был подготовлен коллективом. Его тема – борьба нашего народа с гитлеровскими захватчиками. Спектакль имел кол 
оссальный успех, театр ломился от зрителей».
Среди названных спектаклей особое место занимает «Раскинулось море широко» – не столько в силу качеств самого произведения, сколько благодаря его теме, самой истории создания пьесы в условиях блокады Ленинграда. В Чкалове находилось в эвакуации много ленинградцев, для них спектакль приобретал особенное звучание, был памятью о родном городе.
Были определенные удачи и в других спектаклях военной тематики. Как пишет В.Ф. Наточий, в «Ганне» режиссер И. Фаликов используя проверенные опереточные приемы, усилил комедийные ситуации, добился хорошего актерского ансамбля. Дирижер Е. Корнблит успешно работал над повышением дисциплины оркестра и хора, более чистой интонацией у музыкантов. Актеры «… добросовестно делали привычное, свойственное каждому: у О. Милохина это было личное обаяние и простота, у А. Морскова – звучность голоса, хорошая внешность и музыкальность, у Б. Казанского – присущие ему приемы игры «простака», у М. Рудина – опыт, у С. Бравиной – профессионализм. И хотя в целом спектакль шел по проторенной дорожке шаблонной оперетты, было в нем и то, что всегда привлекает зрителей, – игра хороших актеров ».
Весомое место в репертуаре театра занимали и постановки классических оперетт, завоевывая успех благодаря музыке и добротным либретто. В 1943–1945 годы подлинными творческими победами коллектива стали «Мадемуазель Нитуш» Ф. Эрве, «Фиалка Монмартра» и «Баядера» И. Кальмана, «Продавец птиц» К. Целлера. В этих спектаклях ощущались художественная зрелость театра, хороший вкус и настойчивое стремление создать цельные, радостные, жизнеутверждающие произведения жанра оперетты. Зрители в полной мере оценили это. По данным 1945 года количество зрителей на большинстве спектаклей составляло 650–690 человек, в то же время
на каждом из 18 спектаклей «Фиалки Монмартра» присутствовало (в среднем) около 770 зрителей, на 46 представлениях «Баядеры» – порядка
780, на 53 представлениях «Продавца птиц» – по 715 зрителей.
Помогали театру держаться на профессиональном уровне, прежде всего, артисты, пришедшие в него до войны. Публика обожала яркого и колоритного М. Рудина, веселого и забавного В. Котоау, склонного к гротеску Ю. Шнейдеровскому. Продолжали свой творческий путь
С. Бравина, Н. Томская и Л. Лидарская. Последней несколько больше везло на хорошие роли, где «отчетливо проявились ее темперамент, элегантность в танце, искусство блистательного сценического диалога, умение носить костюм: в «Фиалке Монмартра» она была настоящей опереточной примадонной и с большой экспрессией проводила знаменитую «Карамболину ».
В годы войны в театр приходили и новые люди. Одни оказались временными гостями, другие надолго связали свою судьбу с оренбургской опереттой. К последним относится Борис Казанский: он появился в театре в 1941 году и проработал в нем более четверти века.
Руководитель театра М. Маркбен, хотя и сам осуществлял постановки, не побоялся принять в штат второго режиссера: И. Фаликов, не имевший специального образования, но, будучи одаренным человеком, занял место в театре по праву. При нем возросла ансамблевость актерской игры, труппа поднялась на новую ступень мастерства. Несмотря на физический недостаток – он был почти слепой, – И. Фаликов иногда выходил на сцену в качестве актера. В рецензии на «Мадемуазель Нитуш» отмечалось: «Среди мужского состава на первом месте Фаликов в роли Полинара – отличный режиссерский эскиз к буффонной роли. Исполненный смело и у места, эпизод этот вносит элемент хорошей импровизации ».
В балете продолжал царить А. Гулеско, профессиональный и изобретательный. За дирижерским пультом в этот период стояли Евгений Корнблит и Гданий Эльперин. Художниками были А. Шубин, Н. Боровлев и А. Кюрт, умудрявшиеся на неприспособленных сценических площадках создавать красочное декоративное оформление. О работе Н. Боровлева в «Фиалке Монмартра» критика отзывалась почти восторженно: «Его Париж полон очарования, его перемены просты и вместе с тем изящны, они радуют глаз. Чувствуется влияние постановок Малегота».
Осенью 1944 года театр музыкальной комедии окончательно вернулся в родные стены, на стационар. Коллектив с честью выдержал все испытания военных лет, убедился в своей нужности даже в самых суровых условиях, приобрел новых поклонников и верных почитателей. В мирную жизнь он вступал полный сил и стремления совершенствовать свое искусство, нести музыкальную культуру в массы.