В 1517 году Эрец-Исраэль вошла в состав Оттоманской империи. Турецкий султан Сулейман Великолепный (1520-1566) проявлял особое внимание к Иерусалиму, и в годы его царствования город преобразился, В 1536 -1541 годах вокруг Иерусалима была возведена новая городская стена, сохранившаяся до наших дней. Она проходила по остаткам древних городских стен, и в ней имелось шесть ворот. Особым богатством архитектурного оформления отличались северные ворота - Дамасские (Шхемские). По распоряжению Сулеймана мозаичная облицовка мечети Купол скалы была заменена многоцветными изразцами. Была значительно расширена и исправлена система водоснабжения города, включавшая водовод от Соломоновых прудов близ Бет-Лехема, глубокий бассейн возле западной стены Иерусалима (Брехат ха-Шултан) и пять украшенных резьбой по камню водоразборных сооружений в самом городе. Тогда же была подновлена городская крепость возле Яффских ворот.
Но годы бурного строительства вскоре сменились периодом застоя. В глазах турецких властей Иерусалим утратил стратегическое значение и оставался всего лишь крепостным фортом для отражения набегов бедуинов, кочевавших по пустыне к востоку от города. Великолепные здани постепенно приходили в упадок. В административном отношении Иерусалим был центральным городом санджака (самой мелкой территориально-административной единицы в турецкой империи), и его губернатор подчинялся правителю более обширной области - вилайета, столицей которой являлся Дамаск.
На протяжении четырехсот лет турецкого владычества не произошло существенных изменений в структуре мусульманского населения Иерусалима: оно оставалось почти целиком арабским, а оседавшие в городе мусульмане неарабы, как правило, быстро ассимилировались в арабской среде. Отсутствие постоянного турецкого населения привело к возникновению местной арабской знати, занимавшей ответственные посты в системе турецкой администрации города.
Христианская община Иерусалима была неоднородной. Наибольшим влиянием в ней пользовалась греческая православная церковь, к которой принадлежала значительная часть местных христиан-арабов. Греческое духовенство, возглавляемое константинопольским патриархом, имело давние связи с султанским двором, и естественно, что турецкие власти склонны были рассматривать православных в качестве представителей всей христианской общины города. Воспользовавшись этим обстоятельством, греческая православная церковь установила свой контроль над большинством христианских святынь.
При турецкой власти укрепились также позиции католической церкви, представленной в Иерусалиме монашеским орденом францисканцев. Франция, обеспокоенная ростом влияния габсбургской династии, заключает союз с Турцией, и в 1535 году он закрепляется договором, подписанным французским королем Франциском I и султаном Сулейманом Великолепным. С этого момента главы европейских государств и даже сам папа римский начинают обращаться к королям Франции во всех случаях, касающихс защиты интересов католической церкви в Палестине и охраны святых дл христиан мест, в первую очередь - в Иерусалиме. Прибывавшие из Европы в Иерусалим паломники находились под покровительством францисканского ордена.
Серьезные изменения происходят и в положении армянской общины, существовавшей в Иерусалиме еще с V века. Используя свои тесные связи с турецкой администрацией, армяне упрочили статус общины; именно в это время окончательно сформировался Армянский квартал Иерусалима.
Рост влияния православной и католической церквей происходил во многом за счет малых христианских общин: грузинской, эфиопской, коптской и кобитской. Эти общины теряют свои владения в городе и постепенно вытесняются на периферию религиозной жизни.
Благосклонное отношение султана Сулеймана Великолепного к евреям способствовало возрождению еврейской духовной жизни в Эрец-Исраэль уже в XVI веке. Однако из-за тяжелых экономических условий, в которых находилось еврейское население Иерусалима, центром духовной жизни евреев стал Цфат. Здесь сосредоточилось подавляющее большинство выдающихся законоучителей и мистиков, и именно в этом галилейском городе оседало большинство еврейских иммигрантов, прибывавших в то время в страну. В конце XVI века, когда Цфат пришел в упадок, началось возрождение иерусалимской общины. Особую роль в этом процессе сыграла деятельность главного раввина Египта Бецалеля Ашкенази. Переселившись в Иерусалим в 1587 году и став главным раввином города, он по-новому организовал иерусалимскую общину и принял серьезные меры для улучшени ее материального положения. После этого еврейские переселенцы из Турции, Северной Африки, Италии и Западной Европы начали селиться в Иерусалиме.
Еврейская община города состояла из различных по происхождению групп. В начале турецкого владычества самой многочисленной из них была группа мустаарбим - арабоязычных уроженцев Эрец-Исраэль. Однако уже в XVII веке большинство еврейского населения города составляли сефарды21, и им принадлежали все руководящие посты в общине. Определенной внутренней автономией обладала группа ашкеназских евреев22, но в этот период она была немногочисленна и во всех вопросах, связанных с контактами между еврейской общиной и властями, зависела от сефардской администрации.
В XVII веке духовный расцвет Иерусалима продолжался. В 1622 году сюда приехал знаменитый пражский раввин и мистик рабби Иешаяху Горовиц, который возглавил ашкеназскую общину города. В 1658 году в Иерусалиме поселяется рабби Яаков Хазиз из Феса. Он основывает иешиву "Бейт-Яаков", где преподают ведущие ученые и мудрецы Эрец-Исраэль. В Иерусалиме поселяется ряд видных каббалистов, и с этого времени он занимает место Цфата в качестве центра каббалистики.
К концу XVII века в Иерусалиме насчитывалось около 1200 евреев. Поскольку это число превышало установленную турками квоту, общине приходилось умиротворять власти крупными взятками. Чтобы покрыть эти и другие чрезвычайные расходы, община посылала особых эмиссаров для сбора средств среди евреев диаспоры. Такая традиция существовала давно, однако в этот период она приняла характер постоянной и хорошо организованной деятельности. Среди эмиссаров были видные раввины, ученые и общественные деятели. Таким эмиссаром был однажды назначен и Саббатай Цви - глава мистического мессианского движения, охватившего широкие массы евреев диаспоры в середине 60-х годов XVII века. Сам Саббатай Цви, поселившийся в Иерусалиме в 1662 году, был вскоре отлучен от общины иерусалимскими раввинами и изгнан из города.
Прибыв в святой город Иерусалим, увидел я, как он выстроен красиво, и пал я ниц, и зарыдал, и сказал: Иерусалим, уподоблен ты вдове, как же оделся ты в одежды красивые в дни вдовства твоего? Лучше бы увидел я тебя в руинах...
Саббатианскому движению не удалось привлечь большого числа приверженцев в Эрец-Исраэль. Однако вызванное саббатианством брожение улеглось не скоро. В 1700 году в Иерусалиме появилась немалая группа саббатианцев из Польши и других европейских стран, называвшая себя "святая община" (по некоторым свидетельствам, она насчитывала около тысячи человек). Ее возглавляли проповедники-каббалисты - рабби Иехуда Хасид и рабби Хаим Малах. Это было первое с XIII века организованное переселение значительной группы ашкеназов в Эрец-Исраэль. Новоприбывшие приобрели участок земли в Еврейском квартале и приступили к строительству синагоги. Однако скоропостижная смерть рабби Иехуды и конфликты между крайними и умеренными сторонниками движения привели к распаду этой саббатианской группы. Часть ее членов вернулась в Европу, а ашкеназска община Иерусалима была вынуждена взять на себя уплату их долгов арабским ростовщикам. Это было не под силу небольшой и экономически слабой ашкеназской общине, и без того обремененной долгами. В 1720 году арабская толпа во главе с ростовщиками-кредиторами ворвалась в синагогу, построенную на купленном саббатианцами участке, разгромила ее и сожгла. Сам участок был конфискован арабами и оставался в их руках вплоть до 1816 года. После этих событий немногочисленные ашкеназы, остававшиеся в Иерусалиме, не осмеливались показываться на улицах города иначе как в традиционной одежде сефардов. Ашкеназская община почти совершенно угасла и возродилась лишь в начале XIX века.
В 1720-е годы руководители еврейской общины Стамбула (Константинополя) взяли под свое покровительство иерусалимскую еврейскую общину и обязались покрыть ее долги и упорядочить финансовые дела. Был создан Комитет уполномоченных Константинополя, и благодаря его деятельности экономическое положение иерусалимской общины улучшилось. В Иерусалим вновь стали прибывать евреи из стран рассеяния, в городе возникали новые иешивы, на содержание которых поступали средства из-за рубежа. Произведения иерусалимских религиозных ученых печатались в Константинополе, Измире, Салониках и в городах Италии. Тем не менее, в конце столетия численность еврейского населения города вновь начала уменьшаться. По-видимому, многие из переселившихся в Иерусалим евреев покинули страну из-за смут и частых эпидемий. В начале XIX века в Иерусалиме насчитывалось около 3 тысяч евреев.