В первые же дни войны ЦК ВКП(б) и Советское правительство призвали партийные, профсоюзные, комсомольские и другие общественные организации, весь советский народ перестроить жизнь и работу на военный лад, организовать всестороннюю помощь действующей армии. Страна превратилась в единый могучий военный лагерь. Деятельность советских физкультурных организаций полностью подчиняется задачам военно-физической подготовки населения, массового обучения боевых резервов Красной Армии.
25 июня 1941 г. Всесоюзный комитет по делам физической культуры и спорта при Совете Народных Комиссаров СССР издал приказ «О работе физкультурных организаций по военной подготовке», который обязывал физкультурные организации принять активное участие в организации физической подготовки в учебных подразделениях, в проведении различных походов, военно-тактических игр, в организации занятий по плаванию, рукопашному бою, легкой атлетике и другим военно-прикладным видам спорта.
Большое значение в подготовке боевых резервов имело постановление Государственного комитета обороны СССР (ГКО СССР) от 17 сентября 1941 г. «О всеобщем обязательном обучении военному делу граждан СССР». Общее руководство военным обучением населения страны было возложено на Главное управление всеобщего военного обучения Народного комиссариата обороны. Непосредственно на местах эту работу осуществляли отделы всеобщего военного обучения.
В распоряжение органов Всевобуча для проведения занятий были выделены наиболее квалифицированные методисты, преподаватели и спортсмены. В первые месяцы войны главное внимание в физической подготовке уделялось обучению приемам рукопашного боя. Рукопашный бой представлял собой комплекс наиболее целесообразных приемов нападения и защиты, обеспечивающих победу в схватке с противником. Физкультурные организации страны обращали огромное внимание на подготовку бойцов, умеющих вести рукопашный бой. Только в 1943–1944 гг.. по этой программе было подготовлено свыше 1,5 млн. человек.
С зимы 1941 - 1942 гг. в программе всеобщего военного обучения заняла значительное место военно-лыжная подготовка. Из бойцов-лыжников формировались специальные подразделения воздушно-десантных войск, отряды и группы подрывников, истребителей танков, батальоны автоматчиков и другие части особого назначения. В 20-часовую программу военно-лыжной подготовки Всевобуча входило обучение строевым приемам с лыжами и на лыжах, способам передвижения на лыжах, подъемам и спускам с гор, торможению и поворотам при спусках, преодолению препятствий и ведению боя на лыжах. Все это способствовало воспитанию у бойцов выносливости. Приблизительно 2,5 млн. человек прошли подобное обучение.
В программу военно-физической подготовки входило также обучение плаванию и переправам вплавь. Особое внимание при этом обращалось на изучение приемов спасения утопающего, транспортировки, способов плавания. Производилось обучение переправам вброд, вплавь с помощью и без помощи подручных средств. Массовая военно-физическая подготовка населения дополнялась также проведением зимних и летних профсоюзно- комсомольских кроссов.
Велика роль физкультурных организаций в деле подготовки бойцов, способных действовать в условиях горной местности. По инициативе Главного управления Всевобуча и Всесоюзного ленинского коммунистического союза молодёжи с 15 декабря 1942 г. в комсомольско-молодежных подразделениях Всевобуча вводится обучение горных стрелков. Подготовка проходила по 90-часовой программе. В результате в течение короткого срока было обучено более 50 тыс. горных стрелков, хорошо подготовленных к действиям в сложных условиях гористой местности.
С целью еще большего приближения комплекса ГТО к нуждам военного времени в 1942 г. Всесоюзный комитет по делам физической культуры и спорта внес некоторые изменения в физкультурный комплекс. Так, было сокращено количество норм и введены требования, для выполнения которых необходимо было знать топографию, устройство винтовок, уметь бегать кросс, прыгать, переправляться вплавь в одежде, ползать, вести штыковой бой, метать гранаты из положения лежа, оказывать санитарную помощь и др. Изменения в комплексе ГТО значительно приблизили его содержание к программам военно-физической подготовки Всевобуча, подняли его оборонное значение.
Роль физической подготовки в системе Всевобуча значительно возросла. В 1943 г. большое количество инструкторов-общественников проводило работу на военно-учебных пунктах по всем видам военно-физической подготовки, пользуясь специально разработанными и утвержденными к этому времени едиными государственными программами.
Военно-физической подготовкой населения занималось более 28 тыс. коллективов ДСО профсоюзов, «Динамо» и «Спартак». Большой вклад в это дело внесли физкультурные организации всех союзных республик, Москвы, Свердловска, Новосибирска, Алма- Аты, Челябинска и других городов. Велика заслуга в подготовке боевых резервов физкультурных организаций Ленинграда, которые, находясь в условиях блокады, вместе с органами Всевобуча за годы войны подготовили сотни инструкторов по спорту, провели большое количество соревнований по различным видам спорта и разделам военно-физической подготовки.
Помогали готовить пополнение Красной Армии все физкультурные учебные заведения. Особенно плодотворно эта работа шла в Государственном Центральном ордена Ленина институте физической культуры и Государственном ордена Ленина институте физической культуры им П. Ф. Лесгафта. Так, коллектив ГЦОЛИФКа (Москва), не прерывая хода учебно-воспитательной и научно-исследовательской работы, за годы войны обучил по программе Всевобуча более 340 тыс. человек. А студенты и преподаватели Ленинградского института физической культуры им П. Ф. Лесгафта только за первые шесть месяцев войны подготовили более 93 тыс. бойцов.
Применение лечебной физической культуры росло с каждым годом. Так, охват раненых и больных ЛФК во всей системе госпиталей в 1941 г. составил 25%, в 1942-м – 57,5%, в 1943-м – 73,9%, а в 1944-м – 83%. Ведущая роль в становлении и развитии лечебной физической культуры в стране принадлежала Московскому и Ленинградскому институтам физической культуры. В этих вузах были созданы первые кафедры лечебной физической культуры, здесь готовились сотни высококвалифицированных специалистов, которые в годы Великой Отечественной войны плодотворно трудились в госпиталях.
В ходе войны физическая подготовка бойцов не прекращалась. Она была неотъемлемой частью боевой подготовки и проводилась не только в запасных полках, учебных заведениях военных округов и на военно-учебных пунктах Всевобуча, но и в действующей армии.
Большое внимание уделялось военно-физическому воспитанию учащейся молодежи. Средние школы были призваны готовить физически закаленную, выносливую молодежь, в любую минуту способную встать на защиту Родины. Главное управление Всевобуча 7 октября 1941 г. дало указание организовать допризывную военную подготовку учащихся 8, 9 и 10-х классов средних школ. Видное место в программе отводилось физической подготовке – занятиям гимнастикой, легкой атлетикой, играми, тяжелой атлетикой, плаванием и другими видами спорта.