Доминирующий конфликт на фаллической стадии состоит в том, что Фрейд назвал эдиповым комплексом (аналогичный конфликт у девочек получил название комплекса Электры).
В норме эдипов комплекс развивается несколько по-разному у мальчиков и девочек. Рассмотрим вначале, как он проявляется у мальчиков. Первоначально объектом любви у мальчика выступает мать или замещающая ее фигура. С момента рождения она является для него главным источником удовлетворения. Он хочет обладать своей матерью, хочет выражать свои эротически окрашенные чувства по отношению к ней точно так же, как это делают, по его наблюдениям, люди старшего возраста. Так, он может попытаться соблазнить мать, гордо демонстрируя ей свой половой член. Этот факт говорит о том, что мальчик стремится играть роль своего отца. В то же время он воспринимает отца как конкурента, препятствующего его желанию получить генитальное удовольствие. Отсюда следует, что отец становится его главным соперником или врагом. В то же время мальчик догадывается о своем более низком положении по сравнению с отцом (чей половой член больше); он понимает, что отец не намерен терпеть его романтические чувства к матери. Соперничество влечет за собой страх мальчика, что отец лишит его пениса. Боязнь воображаемого возмездия со стороны отца, которую Фрейд назвал страхом кастрации, заставляет мальчика отказаться от своего стремления к инцесту с матерью.
В возрасте примерно между пятью и семью годами эдипов комплекс разрешается: мальчик подавляет (вытесняет из сознания) свои сексуальные желания в отношении матери и начинает идентифицировать себя с отцом (перенимает его черты).
Процесс идентификации с отцом, выполняет несколько функций:
Во-первых, мальчик приобретает конгломерат ценностей, моральных норм, установок, моделей полоролевого поведения, обрисовывающих для него, что значит быть мужчиной.
Во-вторых, идентифицируясь с отцом, мальчик может удержать мать как объект любви заместительным путем, поскольку теперь он обладает теми же атрибутами, которые мать ценит в отце.
Еще более важным аспектом разрешения эдипова комплекса является то, что мальчик интернализирует родительские запреты и основные моральные нормы. Это есть специфическое свойство идентификации, которое, как считал Фрейд, подготавливает почву для развития супер-эго или совести ребенка. То есть супер-эго является следствием разрешения эдипова комплекса.
Версия эдипова комплекса у девочек получила название комплекс. Как и у мальчиков, первым объектом любви у девочек является мать. Однако, когда девочка вступает в фаллическую стадию, она осознает, что у нее нет пениса, как у отца или брата (что может символизировать недостаток силы). Как только девочка делает это аналитическое открытие, она начинает хотеть, чтобы у нее был пенис. По Фрейду, у девочки развивается зависть к пенису, что в определенном смысле является психологическим аналогом страха кастрации у мальчика. Вследствие этого девочка начинает проявлять открытую враждебность по отношению к своей матери, упрекая ее в том, что та родила ее без пениса, или, возлагая на мать ответственность за то, что та отняла у нее пенис в наказание за какой-то проступок. Фрейд полагал, что в некоторых случаях девочка может низко оценивать собственную женственность, считая свой внешний вид «дефективным». В то же самое время девочка стремится обладать своим отцом, потому что у него есть такой завидный орган. Зная, что она не способна заполучить пенис, девочка ищет другие источники сексуального удовлетворения в качестве заменителей пениса. Сексуальное удовлетворение фокусируется на клиторе, и у девочек в возрасте пяти-семи лет клиторная мастурбация иногда сопровождается маскулинными фантазиями, в которых клитор становится пенисом.
Фрейд утверждал, что девочка со временем избавляется от комплекса Электры путем подавления тяготения к отцу и идентификации с матерью.