В возрасте 10-ти лет Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг, как и Августейшие братья и сестры его остались сиротой.
19 февраля (3 марта) 1792 года на 45-м году от рождения в результате гнойного воспаления легких скончался Августейший родитель Король Немецкий, Король Чехии и Венгрии, Император Священной Римской Империи Германской нации Петер Леопольд II Иосиф фон Габсбург-Лотаринг. В том же году предстала пред Господом на 47-м году от рождения Венценосная матушка Эрцгерцога Императрица Мария Изабелла де Бурбон.
Все воспитание младший Державных детей почившего Монарха взял на себя старший Августейший брат Эрцгерцога первый Император Австрии Франц I Иосиф Карл фон Габсбург-Лотаринг.
Начало служения.
С 1795 года Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг Высочайше назначен был старшим Августейшим братом шефом 1-го драгунского полка.
По кончине Державных родителей и разделе наследства Эрцгерцогу достались Герцогство Штирия и Графство Тироль, отчего будущий кавалер считался «некоронованным королем Альп».
Войны с Францией.
В разгаре войны с бунтующей Францией в июне 1800 года 18-летний Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг Высочайше назначен был вместо генерала Пауля Фрейхер Края (1735-1804) командующим находящейся в Баварии Дунайской армией, вскоре, увы, отброшенной войсками французского генерала Жана Виктора Моро (1763-1813) за Инн. К сожалению, ближайшими советниками при Эрцгерцоге оказались нерешительные фон Лауэр и начальник штаба Австрийской Имперской армии генерал Франц Вейротер (1754-1807), а потому уже 21 ноября (4 декабря) 1800 года армия Эрцгерцога была разбита армией генерала Моро при Гогенлинден, где Эрцгерцог имел около 83 тыс. человек против 90 тыс. французов. Фактически же в знаменитом сражении участвовало около 55 тыс. французов и 57 тыс. австрийцев. Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг потерял на поле брани около 14 тыс. человек, в то время как потери армии генерала Моро составили всего 2,5 тыс. человек. В результате уже 12 (25) декабря австрийское Имперское командование обратилось к Франции с просьбой о мире.
В 1805 году Эрцгерцог организовал сопротивление французскими войскам в Тироле и Высочайше назначен был командующим войсками в Северной Италии числом до 40 тыс. человек.
С началом кампании 1809 года Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг Высочайше назначен был командующим Южной (Итальянской) армией численностью до 50—80 тыс. человек. Эрцгерцогу подчинены были действовавшие самостоятельно корпуса фельдмаршала-лейтенанта Барона Франца Елачича-Бужимского (1746—1810) и Игнаца Гиулая Мароша-Нешета и Надаска (1763-1831).
В начале кампании войска Эрцгерцога захватили врасплох войска пасынка Императора Франции Герцога Максимилиана Евгения Иосифа Августа Наполеона де Богарне фон Лейхтенберг (1781-1824), вице-короля Италии, Князя Венеции. Герцог нанес армии Эрцгерцога поражение при Сачиле. После известий о поражении австрийцев в Германии и подходе к армии Герцога подкреплений во главе с французским маршалом Этьеном Жаком Макдональд (1765-1810) отступил в Пиаве и Тальменто, а затем отброшен был за Норичские Альпы. Отступив к Раабу, войска Эрцгерцога заняли неприступную позицию, но второго (15) июня 1809 года Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан и его армии были выбиты войсками Герцога Лейхтенберг.
Во время сражения при Ваграме Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг находился в районе Маршега и прибыл па поле сражения, когда основные силы австрийцев были уже разбиты.
В апреле — мае 1815 года Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг руководил военной акцией по подавлению антиавстрийских выступлений во вновь созданном Ломбардо-Венецианском Королевстве.
В 1815 году во главе Резервной армии Эрцгерцог взял крепость Гюнинге и по окончания военных действий Высочайше назначен был главным директором инженерной части Австрийской Императорской армии.
Последние годы.
Во время европейского бунта 1848 года Император Фердинанд I Карл Леопольд Иосиф Франц Марцелин фон Габсбург-Лотаринг покинул Вену и Высочайше назначил своего Августейшего дядю Эрцгерцога Иоганна Баптиста Иосифа Фабиана Себастиана фон Габсбург-Лотаринг правителем Империи.
17 (30) июня 1848 года Эрцгерцог избран был правителем Германии.
19 июня (2 июля) 1848 года Эрцгерцог распустил Франкфуртский сейм и сформировал Имперское правительство. Однако эти шаги отняли у него популярность, и в начале июля 1849 года Штутгартский сейм объявил полномочия правителя – Эрцгерцога Иоганна Баптиста Иосифа Фабиана Себастиана фон Габсбург-Лотаринг закончившимися.
Восьмого (21) декабря 1849 года Эрцгерцог Иоганн Баптист Иосиф Фабиан Себастиан фон Габсбург-Лотаринг полностью ушел от активной государственной и политической деятельности.
Семья эрцгерцога.
22 августа (4 сентября) 1823 года старший Августейший брат Эрцгерцога Император Австрии Франц I Иосиф Карл фон Габсбург-Лотаринг Высочайше позволил, наконец, ему заключить морганатический союз с Анной Марией Йозефиной Плох (1804-1885) дочерью почтмейстера, которой в 1844 году Августейший племянник Император Фердинанд I Карл Леопольд Иосиф Франц Марцелин фон Габсбург-Лотаринг Высочайше пожаловал титул Графини Меран, которым и теперь владеют его потомки.
От брака с Анной Марией Йозефиной Плох на свет Божий в г. Вена 27 февраля (12 марта) 1839 года у Эрцгерцога, которому в ту пору шел 58-й год от рождения появился единственный сын – Граф Франц Людвиг Иоганн Батист фон Меран (1839-1891). Через два с небольшим года по кончине Августейшего родителя Граф браковенчался 26 июня (9 июля) 1862 года в г. Оттенштейн с 25-летней Графиней Терезой фон Ламберг (1836-1913), от которой на свет Божий появилось семеро детей:
- Граф Иоганн Стефан Франц фон Падуа (1867-1947),
- Граф Франц Петер Иоганн фон Меран (1868-1949),
- Граф Рудольф Иоганн Франц Леонард фон Меран (1872-1959),
- Граф Альбрехт Иоганн Франц фон Меран (1874-1928),
- Графиня Анна Мария Иоганна Терезия (1864-1935),
- Графиня Мария Иоганна Анна фон Меран (1865-1933),
- Графиня Каролина Иоганна Анна фон Меран (1870-1944).
Августейший внук Герцога Тоскана, Короля Немецкого, Короля Венгрии и Богемии, Императора Священной Римской Империи Германской нации Петера Леопольда II Иосифа фон Габсбург-Лотаринг (1747-1792) и Инфанты Испанского Королевского Дома Бурбон Марии Изабеллы де Бурбон (1745-1792) Граф Франц Людвиг Иоганн Батист фон Меран в г. Абазия 15 (28) марта 1891 года на 53-м году от рождения.