В зависимости от целей в животноводческой практике выработано несколько методов разведения сельскохозяйственных животных: чистопородное разведение, скрещивание, гибридизация.
Чистопородное разведение – когда спаривают производителей и маток, принадлежащих к одной породе.
Главная задача чистопородного разведения - это улучшение и совершенствование породы путем отбора и подбора. Получаемые при чистопородном разведении животные называются чистопородными.
При чистопородном разведении животных применяют два способа спаривания:
1. Родственное спаривание (инбридинг) – это когда для получения потомства спариваются животные, находящиеся в кровном родстве.
2. Неродственное (аутбридинг) спаривание - это спаривание животных, не имеющих кровного родства.
Инбридинг как прием селекции применяется лишь в особых, исключительных случаях, связанных главным образом с созданием новых и совершенствованием существующих пород, а также при закладке и совершенствовании заводских линий. Различают следующие степени инбридинга: Кровосмешение, Тесный инбридинг, Умеренный инбридинг, Отдаленный инбридинг. При длительном применении инбридинга, особенно при спаривании близких родственников, у полученного потомства может проявиться инбредная депрессия в самых различных степенях: от малозаметного снижения жизнеспособности до тяжелых расстройств функциональной деятельности, появления в отдельных случаях разных уродств и вырождения.
Скрещивание - спаривание животных разных пород. Животных, полученных от скрещивания, называют помесями.
Сопровождается эффектом гетерозиса (противоположный инбредной депрессии) - превосходство потомства первого поколения над родительскими формами по жизнеспособности, выносливости, продуктивности, возникающее при скрещивании разных рас, пород животных, зональных типов.
Поглотительное (преобразовательное) – межпородное скрещивание двух пород, при котором ставят целью полное поглощение улучшаемой породы улучшающей. При этом в каждом последующем поколении доля генофонда улучшаемой породы вдвое уменьшается, а улучшающей возрастает на такую же величину. Поглощение крови ведут до IV поколения, и эти помеси приобретают сходство с чистопородными животными. Чтобы преобразовать низкопродуктивное беспородное стадо крупного рогатого скота в чистопородное, потребуется 22 года (четыре-пять поколений). У свиней этот процесс продолжается шесть-семь лет, у овец - четыре-пять.
Воспроизводительное (заводское) скрещивание называется такое скрещивание, в котором используется две или более исходных пород для получения новой породы, совмещающей достоинства исходных пород и обладающей рядом новых ценных 
качеств. Этот метод очень сложный и рискованный. Это основной метод создания новых пород. Различают простое, когда используют две породы, и сложное, когда участвует более двух пород.
Промышленное скрещивание. Промышленным скрещиванием называют скрещивание нескольких пород между собой для получения помесей I поколения с ярко выраженным гетерозисом, не оставляемых для дальнейшего разведения. Промышленное скрещивание бывает простое и сложное. При простом скрещивании маток одной породы спаривают с производителями другой, а полученное потомство используют для хозяйственных целей. В сложном промышленном скрещивании участвует три породы и более. Маток помесей первого (F1) поколения покрывают производителями третьей породы.
Переменное скрещивание. По своим задачам переменное скрещивание примыкает к промышленному. Цель переменного скрещивания - максимально использовать ценные особенности помесей I поколения. При переменном скрещивании часть маток F1 оставляют на племя, чтобы от них получить еще несколько поколений животных. В каждом поколении производителя меняют. Помесных маток спаривают с производителями той породы, которая неродственна породе их отцов. Переменное скрещивание бывает двухпородным и трехпородным.
Вводное скрещивание (прилитие крови) - разовое спаривание маток улучшаемой породы с производителями другой породы, взятой для прилития крови. Затем получают несколько поколений животных от обратного скрещивания помесей с производителями основной породы. На заключительном этапе работы животные 7/8- и 1/16-кровности основной породы становятся типичными и приобретают новые ценные признаки улучшающей породы.
Гибридизация - это спаривание животных разных видов. Потомство, полученное от сочетания двух видов животных, называют гибридом.
В зависимости от степени родства скрещиваемых форм различают внутривидовую, межвидовую и межродовую гибридизацию.
В отличие от чистопородных и помесных животных, гибридные животные зачастую с трудом могут быть получены, а полученные гибриды нередко оказываются частично или полностью бесплодными, что затрудняет или делает невозможным дальнейшее их развитие. Полное бесплодие связано с различным набором и структурой хромосом. ПРИМЕР Получение мулов от скрещивания осла с кобылой, выведение новых гетерозисных пород путем получения гибридов от скрещивания крупного рогатого скота с зебу (санта-гертруда, бифмастер).