После наводнения 1824 г. все подземелье было залито водой и стояла вода 1 ¼ аршина. Во избежание подобного половодья на будущее время духовенство распорядилось засыпать подземелье и бывший вход в него закрыть глухим сводом.
В 1834 году холодный Андреевский собор был оборудован отоплением.
10 марта 1848 года согласно указу № 1299 С.Петербургской Духовной консистории, с благословения преосвященного С.Петербургского викария, Епископа Ревельского Нафанаила, управлявшего С.Петербургской епархией, было разрешено к собору с двух сторон по проекту архитектора Н.Гребенки пристроить на собранную от прихожан сумму каменные приделы: справа во имя Успения Божией Матери, а слева во имя святителя Николая Мирликийского. Заложены они 31 июля 1848 года самим преосвященным, а освящены местным благочинным 15 октября 1850 года.
При сооружении их много сил к сбору средств среди прихожан приложили тогдашний протоиерей Федор Семенович Пресоцкий, служивший в соборе еще с 1829 года священником, действительный статский советник Василий Иванович Ростовцев и церковный староста купец Семен Максимович Сысоев. Иконы на холсте в Успенском приделе написаны г-жею Клевецкой, а в Николаевском - академиком живописи Николаем Лавровым.
В 1850 году на средства прихожан купцов, Василия Алексеевича Фролова и Андрея Ивановича Тименкова, пожертвовавших около II тысяч рублей, пять глав собора и колокольня были перекрыты новым железом и позолочены.
В 1858 году по указу С.Петербургской Духовной консистории от 2 февраля 1858 года № 1272, подписанного Митрополитом Григорием, внутренняя отделка храма была изменена. Заново была исполнена роспись стен и сводов, переделан иконостас, лепные по сводам и аркам орнаменты позолочены.
Иконостас был выполнен резной, трехъярусный, весь позолоченный. В нижнем его ярусе поместились по правую сторону от царских врат образа: Спасителя, Андрея Первозванного, архистратига Михаила и св.Николая Мирликийского. По левую - Божией Матери, Великомученицы Екатерины, Сергия Радонежского и Александра Невского, все в серебряных вызолоченных ризах, изящной отделки рамах с зеркальными стеклами.
Во втором ярусе – образа, справа: Рождества Христова, Входа Господня в Иерусалим, Воскресения Христова и Сошествия св. Духа на апостолов. Слева - Благовещения Пресвятыя Богородицы, Богоявления Господня, Преображения Господня, Святые Троицы. Все образа овальной формы.
В третьем ярусе: Апостола Петра, св.Андрея Христа ради Юродивого, Успения Божией Матери, Апостола Павла, Священномученика Василия Анкирского и Покрова Божией Матери.
14 образов во втором и третьем ярусах написаны художником Шишкиным, два в первом ярусе - иконописцем Пошехоновым.
Все живописные и отделочные работы производились по рисункам и под непосредственных наблюдением профессора архитектуры Алексея Максимовича Горностаева и обошлись в сумму 27989 рублей, пожертвованную петербургскими купцами Василием Алексеевичем Фроловым и Андреем Ивановичем Тименковым.
Приход Андреевского Собора всегда жил богатой церковной жизнью. С 1869 г. действовало Благотворительное Общество, при котором в 1871 г. был организован приют девочек-сирот. В 1914 г. при Соборе было организовано миссионерское братство.
В 1876 году в соборе была устроена вентиляция и изменена система отопления.
Между тем, по мере заселения Васильевского острова и увеличением количества церквей на нем, пределы Андреевского прихода все более сокращались.
К 1873 году границы прихода обозначались 1-й линией, набережной Невы до Косой линии, 22-й линией, Средним проспектом до 3-й линии и по 3-й линии до Большого проспекта и 1-й линии.
В этих пределах число приходских дворов насчитывалось не более 70, а прихожан около 2700 мужчин и 2800 женщин, всего 5500 душ разного сословия. Малочисленности прихожан на таком обширном пространстве прихода, кроме множества в нем иноверцев, еще способствовало достаточное число церквей домовых или в учебных заведениях. Таких церквей в Андреевском приходе было десять:
1. В Академии художеств;
2. В Морском Кадетском корпусе;
3. В Горною институте;
4. В Финляндскою полку при госпитале;
5. В доме Патриотического института;
6. В доме Елизаветинского училища;
7. В Покровской общине Сестер Милосердия;
8. На Псковскою подворье;
9. На Ярославском подворье;
10. В Елизаветинской богадельне.
Эти церкви, кроме военных, как правило, обслуживались причтом Андреевского собора.
Совместно с собором, для проживания причта, во дворе был построен каменный дом. До 1826 года он был 2-х этажным и небольшим. В 1826 году на церковные деньги он был надстроен третьим этажом, а с правой стороны к нему была сделана пристройка на три окна в три этажа.
В 1860 году к нему вновь с обоих сторон по 1 сажени и 3 аршина сделали пристройки для черных лестниц и туалетов вместо таких же деревянных, пришедших в ветхое состояние. В законченном виде дом имел в длину 18 сажен 2 1/2 аршина, в ширину 6 сажен 2 аршина.
В доме, кроме просфирни, живущей на волной квартире, в казенных квартирах проживали все члены причта. Причта при соборе со дня его освящения по штату положено и содержалось: один протоиерей, два священника, один дьякон, три причетника и просфирня.
Как свидетельствуют церковные документы, при соборе с 1803 по 1873 год служили протоиереями:
1803 - 1812 г. - Стефан Семенов. Умер 24.11.1812г.
1812 - 1825 г. - Петр Дмитриевич Песоцкий. Переведен ко двору.
1825 - 1829 г. - Герасим Петрович Павский. Переведен ко двору.
1829 - 1831 г. - Михаил Семенович Добронравов. Умер 24.06.1831 г.
1831 - 1852 г. - Федор Семенович Песоцкий. Умер 4.07.1852г.
1852 - 1857 г. - Иоанн Иванович Протопопов. Переведен в уч.заведение.
1857 -1873 г. - Александр Тимофеевич Камчатов.
24 июля 1897 года, около 10 часов вечера на Васильевском острове показалось довольно сильное зарево. Толпы народа устремились к храму, с разных сторон туда же мчались пожарные команды, вызванные из 5 частей. Производился очередной ремонт собора и золочение куполов. По неизвестной причине в верхней части загорелись деревянные леса, установленные вокруг собора и куполов. Усилиями пожарных и смельчаков горящие леса были разобраны, но при этом пострадала часть крыши.
История Собора (XX век)
23 января 1918 года был обнародован декрет Совета Народных Комиссаров "Об отделении церкви от государства и школы от церкви", где указывалось, что никакие церковные и религиозные общества не имеют права владеть собственностью, а все имущество существующих в России церковных и религиозных обществ являются народным достоянием. Церковные строения оказались национализированными. Церковь потеряла веками осуществлявшееся влияние на умы и сердца подрастающего поколения.
Трехсвятительная церковь была закрыта весной 1918 г.
Небывалая засуха, охватившая ряд районов страны, и в особенности Поволжье, поставила на грань голодной смерти миллионы людей.
23 февраля 1922 года советское правительство издало декрет, согласно которому все церковные ценности из храмов должны быть изъяты и использованы государством для закупки хлеба за границей.
В марте 1922 года все ценности Андреевского собора были конфискованы, а часть священников, сопротивлявшаяся изъятию, арестована и осуждена.
В начале 1938 г. наиболее активные прихожане Собора и причт были арестованы НКВД, вывезены в Левашовскую пустошь и застрелены.
16 мая 1938 г. Собор закрыли. Прихожане успешно заколотили досками и фанерой иконостас Собора, что сохранило его до наших дней.
Здания соборы и Трехсвятительской церкви стали использоваться для нужд различных организаций. Собор арендовался институтом антропологии и этнографии АН СССР для хранения уникальной музейной коллекции и научной работы с ней. В 1990 г. Президиум АН СССР затратил около 1 миллиона рублей на реставрацию иконостаса.
В бывшей Трехсвятительской церкви размещалось Ленинградское отделение Государственного проектно-конструкторского и научно-исследовательского института морского транспорта "Союзморниипроект" - "Ленморниипроект".
Трехэтажный жилой дом № II,где до 1974 года еще жили потомки священнослужителей церкви, расселен и передан в Управление "Спецтранс".
Двухэтажный дом при Трехсвятительской церкви с конца 1920-х годов использовался Василеоостровским Промкомбинатом.