В ночь с 7-го на 8-е августа несколько стрельцов прибыли в Преображенское и донесли царю(петру 1) о готовящемся покушении на него(со стороны софьи). Пётр был очень напуган и верхом, в сопровождении нескольких телохранителей, тут же ускакал в Троице-Сергиев монастырь. Утром следующего дня туда же отправились царицы Наталья и Евдокия под эскортом всего потешного войска, которое к тому времени составляло внушительную военную силу, способную выдержать длительную осаду в троицких стенах.
Пётр в Троице вёл образцовую жизнь Московского царя: присутствовал на всех богослужениях, оставшееся время проводил в советах с членами боярской думы и в беседах с церковными иерархами, отдыхал только в кругу семьи, носил русское платье, немцев не принимал, что разительно отличалось от образа жизни, который он вёл в Преображенском и который неодобрительно воспринимался бо́льшей частью всех слоёв русского общества — шумные и скандальные застолья и забавы, занятия с потешными, в которых он нередко выступал в роли младшего командира, а то и рядового, частые посещения Кукуя, а, в особенности, то, что царь с немцами держался, как с равными себе, в то время как даже самые знатные и сановные русские, обращаясь к нему, согласно этикету должны были называть себя его рабами и холопами.
27 августа из Троицы пришёл царский указ, подписанный Петром, с требованием всем стрелецким полковникам явиться в распоряжение царя в сопровождении рядовых стрельцов, по 10 человек от каждого полка, за неисполнение — смертная казнь. Софья, со своей стороны, запретила стрельцам отлучаться из Москвы, также под страхом смерти.
В Москве известие о бегстве царя из Преображенского произвело потрясающее впечатление: все понимали, что начиналась междоусобица, грозившая большим кровопролитием. Софья упросила патриарха Иоакима поехать в Троицу, чтобы склонить Петра к примирению, но в Москву патриарх не возвратился, предпочтя остаться с царём.
От царя пришёл новый указ — схватить (арестовать) Шакловитого и доставить в Троицу в железах (в цепях) для розыска (следствия) по делу о покушении на царя, а все, кто поддержит Шакловитого разделят его судьбу. Остававшиеся в Москве стрельцы потребовали от Софьи выдачи Шакловитого. Она сначала отказывалась, но была вынуждена уступить. Шакловитый был отвезён в Троицу, под пыткой дал признание и был обезглавлен. Одним из последних явился в Троицу князь В. В. Голицын, где он не был допущен к царю, и сослан с семьёй в Пинегу, в Архангельский край.
У правительницы не осталось людей, готовых рискнуть головой ради её интересов, и когда Пётр потребовал, чтобы Софья удалилась в Новодевичий монастырь, ей пришлось подчиниться. В монастыре она содержалась под стражей.
Софья, между тем, одного за другим теряла своих сторонников: в начале сентября в Троицу ушла во главе с генералом П. Гордоном наёмная иноземная пехота — наиболее боеспособная часть русского войска. Там она присягнула царю, лично вышедшему навстречу. Высший сановник правительства Софьи, «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель», князь В. В. Голицын уехал в своё подмосковное имение Медведково, и устранился от политической борьбы. Активно поддерживал правительницу только начальник стрелецкого приказа Ф. Л. Шакловитый, всеми средствами старавшийся удержать стрельцов в Москве.
Некоторые стрелецкие начальники и рядовые стрельцы, улучив момент, тайком перебегали к Троице. Софья чувствовала, что время работает против неё, и решила лично договориться с младшим братом, для чего выехала в Троицу в сопровождении небольшой охраны, но в селе Воздвиженском была задержана стрелецким нарядом, а посланные ей навстречу стольник И. Бутурлин, а затем боярин, князь Троекуров объявили ей, что царь её не примет, а если она попытается продолжать свой путь в Троицу, к ней будет применена сила. Софья возвратилась в Москву ни с чем.
Об этой неудаче Софьи стало широко известно, и бегство стрельцов, приказных чиновников и бояр из Москвы участилось. В Троице их благожелательно встречал боярин князь Б. А. Голицын — бывший дядька[3] царя, на это время ставший главным советником Петра, и распорядителем в его ставке. Вновь прибывшим высокопоставленным сановникам и стрелецким начальникам он самолично подносил чарку и от имени царя благодарил за верную службу. Рядовым стрельцам тоже раздавали водку и наградные.
Во время стрелецкого восстания 1698 года стрельцы, по данным следствия, намеревались позвать её на царство. После подавления бунта Софья пострижена в монахини под именем Сусанны.