Политика Путина в национальном вопросе также в конце концов привела к разрушению временного союза между федеральной властью и руководителями ключевых проблемных регионов – прежде всего Дагестана, Татарстана, Башкортостана и Москвы (напомню, что именно его воплощала «Единая Россия», возникшая в результате объединения федералистского «Единства» и регионалистского «Отечество – вся Россия»). От Путина, конечно, ожидали укрепления федеральной вертикали, и оно было даже необходимо, потому что в 90-е годы некоторые из нацрегионов стояли на грани отделения от России (а Чечня фактически и отделилась). Понятно, что просто договор с лидерами нацэлит – ненадежное решение проблемы, и были нужны институциональные реформы. Но в среде экспертов, работавших на федерального президента, возобладали молодые да ранние западники-либералы, которые стали внушать президенту, что ни в одной стране Запада нет асимметричной федерации, что это эксперимент «безумцев-большевиков», что Россию нужно переформатировать и приблизить к унитарной модели, опирающейся на российский гражданский национализм. Короче говоря, как и в 90-е годы, победила точка зрения о необходимости копировать западные модели, невзирая на особенности России и исторический, в нашем случае советский, опыт (впрочем, это не помешало ни Путину, ни его экспертам советовать потом Украине учредить федерацию именно по этническому принципу). Началась кампания по «укрупнению регионов», ликвидации национальных автономий, причем первыми под ликвидацию попали малые народы, которые никак не могли себя защитить, не имея ни нужных для этого сил, ни лоббистов в центре. В течение 2003–2007 годов были ликвидированы 6 из 10 национальных округов РФ (Коми-Пермяцкий, Таймырский, Эвенкийский, Корякский, Усть-Ордынский Бурятский, Агинский-Бурятский). Все они были присоединены к близлежащим краям.
Однако попытки упразднить Ханты-Мансийский и Ямало-Ненецкий округа провалились; здесь Кремлю пришлось столкнуться с богатыми региональными элитами, в определенной мере контролирующими нефтегазовый ресурс. Уже на стадии обсуждения провалилась попытка присоединить Адыгею к Краснодарскому краю, власть испугалась резкой ответной реакции общественности в кавказской республике. О ликвидации национальных республик власти даже не пытались говорить, лишь санкционируя информационные вбросы через отдельных общественных деятелей и публицистов. Вместо этого Кремль попытался подчинить себе руководство в проблемных республиках и регионах, но достиг успеха только в Москве и в Башкирии. В Москве ему удалось сместить некогда могущественного Юрия Лужкова, а в Башкирии – Муртазу Рахимова. На место Лужкова пришел Сергей Собянин, а на место Рахимова – Рустэм Хамитов. Примечательно, что в Башкирии эта операция сопровождалась захватом крупных предприятий республики московскими компаниями. Так, опора власти Рахимова – нефтедобывающий и нефтеперерабатывающий комплекс – отошел после череды скандалов и «посадок» структуре близкого друга действующего президента Игоря Сечина. Это сильно подорвало веру в искренность слов об укреплении вертикали и о борьбе с местными ханчиками даже среди сторонников путинской «национализации» в республике. Оказалось, что за красивыми словами стоял банальный корыстный интерес. Не будучи в силах окончательно подавить национализм, Путин с его командой удовольствовались тем, что просто отдали республику на разграбление близким к президенту олигархам.
Однако в Татарии им не удалось даже этого: к власти там пришел ставленник клана Шаймиева Рустам Минниханов, и татарские националисты, чтобы показать свою силу, подчеркнуто отказались переименовывать президента республики в «главу», как это сделали, по приказу Кремля, руководители других республик.
Естественно, кампания по укрупнению и национализации не коснулась и не могла коснуться Чечни, которая у Путина на особом положении: клан Кадырова там имеет карт-бланш на полную власть в республике, а сама республика получает огромные финансовые вливания из центра. Это является объектом сильного раздражения со стороны как русских, так и нерусских националистов. Русские националисты еще в ходе «березовой революции»-2012 выбросили лозунг о лишении Чечни финансовых льгот, а возможно, и об отъединении ее от России. (Примечательно, что русские националисты в 2012 году выступили на стороне либералов и против Путина, лишь крымский консенсус привел некоторую их часть в гавань пропрезидентской политики, но, вероятно, этот союз не выдержит испытания временем.) Нерусские националисты же, которые никуда не делись и лишь притаились, сделали однозначный вывод, что с Путиным компромиссы невозможны. Максимальные выгоды при нем получает республика, отказавшаяся в 1992 году подписать федеральный договор и вышедшая из состава РФ, те же республики, нацэлиты которых пытались договориться, стали кандидатами на ликвидацию. И, увы, этот вывод логичен и совсем не в пользу Путина и укрепления Российского государства.
Кампания укрупнения регионов и разговоры о ликвидации нацреспублик прекратились при Медведеве. Национальная политика Путина, очевидно, провалилась, и власть сама это фактически признала созданием Федерального агентства по делам национальностей, без которого разрешить ком проблем, возникших после первого восьмилетия Путина, стало невозможно. Итогом национальной политики второго президента России стала непрекращающаяся военно-полицейская операция в Дагестане, превращение национальных элит в республиках в фактически открытых врагов Кремля, рост межнационального напряжения и этноксенофобии в больших городах, проблема мигрантов и проблема политического русского национализма, который уже сейчас дистанцируется от Путина, не простив ему слишком нерешительную политику по отношению к ДНР и ЛНР.