После трагической гибели от рук богоборцев Августейшего старшего брата Государя Александра II Николаевича Великий Князь, бывший с Императором до последней минуты его жизни, разделил тяжелую скорбь Императорской Фамилии и русского народа.
После воцарения своего Августейшего племянника Государя Императора Александра III Александровича Великий Князь Михаил Николаевич покинул Кавказ и 14 (27) июля 1881 года возвратился в Санкт-Петербург.
В июле того же года Великий Князь Высочайше назначен был Государем Александром III Николаевичем (1845-1894) председателем Государственного совета. Высший государственный пост в Российской Империи Великий Князь Михаил Николаевич занимал 24 года, до августа 1905 года — более чем кто-либо до и после него за всю историю России.
С мая 1883 года Государь поручил Великому Князю быть членом Комитета Министров. В качестве генерал-фельдцейхмейстера он продолжал заниматься делами русской артиллерии.
С 1892 года Великий Князь председательствовал в Императорском Александровском Комитете о раненых.
В июле 1894 года Государь Александр III Высочайше поручил Великому Князю возглавить Комиссию для разработки вопросов, касающихся береговой обороны государства.
В области внутренней политики Великий Князь являлся консерватором. Взгляды его находили отражение во всей государственной деятельности последней четверти XIX – начала XX века. По мнению С. Ю. Витте: «Менее одаренный, чем его братья, человек благородного и уравновешенного характера, исключительной осанки, Великий Князь… по возрасту и положению занимал исключительное положение среди семьи. Никто из родственников не стал бы ему перечить. Благодаря своему такту и влиянию он являлся настоящим миротворцем».
Последние годы жизни
С воцарением 20 октября (2 ноября) 1894 года Государя Императора Николая II Многострадального (1868-1918) Великий Князь Михаил Николаевич, последний из живших на свете Августейших детей Государя Императора Николай I Павловича, обладавший масштабным опытом государственной деятельности, по словам его Августейшего сына, Великого Князя Александра Михайловича (1866-1933), «был бы идеальным советником молодого Императора, если бы не был столь непреклонным сторонником строгой дисциплины. Ведь его внучатый племянник был его Государем, и, как таковому, ему надлежало оказывать беспрекословное повиновение. Когда Николай II говорил ему: «Я полагаю, дядя Миша, что необходимо последовать совету министра иностранных дел, мой отец кланялся и «следовал совету» министра иностранных дел. Привыкнув видеть во главе России людей зрелого ума и непреклонной воли, Великий Князь Михаил Николаевич никогда не сомневался в конечной мудрости решений своего внучатого племянника, что аннулировало потенциальную ценность его всестороннего понимания вопросов управления Империей».
По словам же генерал-лейтенанта, генерал-губернатора Москвы В. Ф. Джунковского (1865-1938), «его высокая фигура старого рыцаря производила обаятельное впечатление на всех, кто с ним имел соприкосновение. Он умел соединять величие с удивительной простотой. Он был очень добрый человек... Он был единственный из Великих Князей, сохранивший еще с некоторыми обращение на «ты», и это «ты» звучало в устах Великого Князя каким-то родным и дорогим... Последние годы... Великий Князь был очень болен общим склерозом; сначала он долгое время жил в Михайловском, близ Стрельны... Он был недвижим, полупарализован, но голова его по временам была совсем свежа, и он бывал всегда очень тронут, когда его навещали...».
С августа 1905, после реорганизации Государственного совета, предпринятого С. Ю. Витте, Великий Князь состоял его почетным председателем. Он также являлся почетным вице-президентом Императорской Михайловской артиллерийской Академии, почетным членом Николаевской Академии Генерального штаба, Императорской Николаевской инженерной и Императорской Военно-медицинской Академий, Императорского Русского географического общества, шефом Лейб-Гвардии Конно-гренадерского полка, ряда других гвардейских и армейских соединений.
В последние годы жизни с 1903 года, будучи тяжело больным, большую часть времени Великий Князь проводил за границей.
Великий Князь Михаил Николаевич скончался пятого (18) декабря 1909 года на 78-м году жизнина своей вилле в г. Канны на юге Франции.
Со всеми подобающими почестями 23 декабря 1909 года (5 января 1910 года) прах Великого Князя Михаила Николаевича погребли в Санкт-Петербурге в Великокняжеской усыпальнице собора Святых первоверховных Апостолов Петра и Павла. Память о Великом Князе Михаиле Николаевича сохранялась в Русской Армии и после его кончины.
Так, 30 декабря 1909 года (12 января 1910 года) полк Великого Князя назван 1-м Кавказским стрелковым генерал-фельдмаршала Великого Князя Михаила Николаевича полком, а в феврале 1910 года он был развернут в полк и назван 1-й стрелковый Кавказский генерал-фельдмаршала великого князя Михаила Николаевича полк.
На полях Великой войны 1914-1918 гг. также храбро сражался 1-й Кубанский пластунский генерал-фельдмаршала Великого Князя Михаила Николаевича батальон.