Начало становления отечественной медицинской географии относится к первой четверти 13 века, когда по указу Петра 1 врачи-иностранцы, состоявшие на русской службе, обязаны были собирать и фиксировать сведения о свойствах минеральных вод, лекарственных растений, ядовитых животных. Медико-географичекая информация содержится в трудах первых русских географов и учёных, прежде всего М.В. Ломоносова, который в своих работах в 1753 году указывает на значение погоды для здоровья.
В 1762 году Яков Монзей писал о необходимости заниматься естественнонаучными наблюдениями, исследуя местоположение, погоду, обычаи местных жителей, которые могут влиять на состояние здоровья.
Выдающийся деятель отечественного здравоохранения и военно-медицинской службы Павел Захарович Кондоиди, участвуя в многочисленных военных походах, заметил связь состояния здоровья солдат с природными условиями территории, на которой размещены войска или ведутся боевые действия. Первой программой медико-географического описания местности в России и за рубежом явилась «Инструкция для исследования причин болезней в Кизляре», составленная П.З. Кондоиди на основе анализа причин высокой заболеваемости солдат крепости Кизляр, охранявших торговые пути из России в Персию. Первый медицинский факультет Московского университета был открыт в 1764 году и в 18 веке успел подготовить только несколько десятков врачей. Среди предметов, которые им преподавали, были химия и бальнеология, минералогия и ботаника. Как свидетельствуют архивные разработки историков медицины, выпускники медицинского факультета присылали в Медицинскую коллегию большое количество научных сочинений с подробными медико-географическими сведениями, имевшими большое практическое значение для борьбы с эпидемиями и для улучшения условий размещения и быта войск. Целый ряд таких работ посвящён вопросам нозогеографии, т.е. распространения болезней.
Впервые (1864 г.) в отечественной литературе содержание и задачи медицинской географии рассмотрены главным лекарем Кутаисского военного госпиталя Н.И. Тороповым. В своей работе «Опыт медицинской географии Кавказа относительно перемежающихся лихорадок» он писал: «Для того чтобы уметь предупреждать какую бы то ни было болезнь, нужно, прежде всего, знать, отчего и где она бывает, т.е. знать причины её развития в организме и места её распространения на Земле. На первый вопрос объективно отвечает изучение самой натуры природы, а на второй медицинская география».
В начале 19 века медицинская география в России достигла своего расцвета. В первые десятилетия в связи с войнами, в которых участвовала Россия, особенно широко разрабатываются вопросы военно-медицинской географии. О том, какое значение придавалось медицинской географии, свидетельствует тот факт, что эту дисциплину преподавали в ряде университетов России, в частности в Медико-хирургической академии в Петербурге.
Крупнейшие деятели русской медицины (М.Л. Мудров, С.П. Боткин, Н.И. Пирогов, И.М. Сеченов) уделяли большое внимание использованию климатических факторов в лечебных целях. Так, Николай Иванович Пирогов (1810-1881 гг.), выдающийся русский хирург, в 1847 году описал влияние климата Кавказа на здоровье военнослужащих и дал подробную характеристику особенностей лечения и эвакуации больных в условиях горного климата.
В 1893 году издаётся книга выдающегося русского климатолога и географа Александра Ивановича Воейкова «Исследование климатов для целей лечения и гигиены», в которой автор развивает идею климатолечения, а также рассматривает влияние метеорологических факторов (в первую очередь смены воздушных масс, прохождения атмосферных фронтов) на организм человека.
К концу 19 века, в связи с развитием микробиологии, эпидемиологии, санитарной статистики и гигиены, характер медико-географических исследований значительно изменяется. Возрастает интерес к изучению социально-экономический условий, их влиянию на состояние здоровья, заболеваемость и смертность, организацию здравоохранения. Так, в 1870 году в предисловии к первому тому «Медико-топографического сборника» в определение содержания медицинской географии включены экологические и санитарно-гигиенические вопросы: «Представить картину состояния природы и человеческого общества в данной местности, показать взаимодействие между ними, результаты разумного обращения человека с природой, ту пользу, которую он из неё может извлечь, и как он может предохранить себя от губительных её действий,… а также бытовых условий, изменяющих природу данной местности в ущерб её жителям…»
В это период развития медицинской географии учёные стали широко использовать не только описательный, как это было в прошлом, но и статистический, картографический и исторический методы исследования.