С понятием субстанции тесно связано, а в философии материализма фактически совпадает понятие материи. И это не случайно, учитывая то обстоятельство, что философия, в отличие от мифологии и религии, с момента своего зарождения в познании окружающего мира стремилась объяснить природу вещей, исходя из рационального понимания естественного характера происхождения последних. Все многообразие мира античные натурфилософы пытались свести к какому-нибудь одному веществу (вода, апейрон, воздух, огонь и т.п.) как универсальный основе сущего. При таком подходе материя, прежде всего, представляется тем, из чего состоят вещи, их субстратом, который понимался как однородное, неизменимое, несотворимое начало. Отождествив материю с веществом, первые философы неизбежно столкнулись с серьезными логическими затруднениями. Выдвинутые ими первоначала, с одной стороны, выступали как конкретное бытие отдельных вещей и в этом отношении ничем не отличались от бытия всех других вещей, но с другой – как субстанция и первовещество должны были существовать независимо от самих вещей и в то же время содержаться в них, быть всеобщим «строительным» материалом. Первоначало, взятое как отдельная вещь эмпирической реальности, не может совпадать с ее выражением как субстанции. Если в первом случае первоначало обладает определенным качеством, предметным существованием, воспринимаемым нашими органами чувств, то во втором – оно лишено всяких качеств, беспредельно, сверхчувственно, т.е. существует как метафизическая реальность. Еще раз повторимся, та же вода Фалеса или огонь Гераклита – это не просто природные вещества, которыми можно утолить жажду или обогреться, они вместе с тем невидимые глазу сущности, определяющие бытие мира. Скажем, огонь, по Гераклиту, – и первовещество, и разум, и закон. А поскольку само по себе первоначально лишено каких-либо качеств, т.е. бесформенно и не определенно, постольку оно способно порождать любую качественную определенность – отдельную чувственно воспринимающую вещь.
Понимание материи как вещи характерно для всей эпохи античности, хотя у разных философов имелись свои особенности. Так, в атомистических концепциях материя представляется в виде дифференцированного субстрата – множества бескачественных атомов. Материальные вещи как совокупности атомов существуют в пустоте и механически изменяются во времени. По Аристотелю, материя есть неопределенный, бескачественный субстрат, который под действием формы становится определенной материей, конкретными вещами. Именно такая трактовка материи канонизируется и в средневековой философии.
В Новое время эволюция категории материи осуществляется не только по пути продолжения традиций прошлого, но и обобщения тенденций развития естествознания. Зародившееся и интенсивно развивающееся опытно-экспериментальное естествознания при исследовании природного мира основное внимание уделяло фиксации свойств, признаков изучаемых единичных объектов. А поскольку объекты рассматривались в аспекте механических изменений, постольку особое место в характеристике предметов занимали их пространственно-геометрические свойства. Вещи стали представляться как тела, находящиеся в определенном месте, обладающие величиной (или фигурой) и делимостью на части. Свойство становится ведущей формой предметности при осмыслении объективной реальности, это то, что составляет устойчивость вещи. Более того, для науки ХVIII века такие свойства, как тепло, свет, электричество, магнетизм приобретает характер самостоятельных материй – теплорода, светорода и т.п.
Под влиянием естествознания новоевропейская философия в отличие от античных мыслителей начинает рассматривать материю преимущественно не как вещь, а как свойство. Уже Ф. Бэкон полагает, что каждая вещь состоит из определенного количества неделимых и простых свойств – твердости, непроницаемости, тяжести, легкости и чтобы превратить одну вещь в другую, достаточно придать первой свойства другой. Декарт вообще отождествляет телесную субстанцию с одним из всеобщих свойств материальных вещей – протяженностью и на этом основании отрицает идею атома как неделимое по своей природе части материи. Субстанциальные свойства протяженности и плотности составляют, по Локку, не только сущность материи, но и определяют ее в качестве основы существования всего многообразия тел. Так же французский материализм ХVIII в. под сущностью бытия понимал наличие таких первоначальных, основополагающих свойств, как протяжение, вес, плотность, непроницаемость, фигура. Даже движение природы объяснялось ими как следствие того, что вещи обладают различными свойствами.
Вместе с тем, рассматривая материю как совокупность атрибутивных свойств, философия материализма Нового времени полностью не сводила первое ко второму. Свойства полагали наличие своего носителя – материального субстрата. Причем взятый сам по себе субстрат никакими свойствами не обладает, поэтому невозможно что-либо знать о нем, кроме того, что он существует и на нем «держатся» свойства. Таким неизвестным носителем свойств (всеобщим субстратом) у Локка выступает субстанция, у Декарта – эфир, у французских философов – первичные вещества или элементы («корпускулы», «гетерогенные молекулы», «субстанции» и т.д.), но чаще всего – атомы. А после того как атомистические представления были с успехом использованы для объяснения количественных соотношений состава химических реакций (Дальтон), атомистическая теория становится в химии, а затем и во всем естествознании ведущей концепцией. Атом с его абсолютными и неизменными свойствами рассматривается естествоиспытателями первоначальной сущностью всякого бытия.
Однако выдающееся достижения науки на рубеже ХIX–XX веков (открытие делимости атома, явления радиоактивности, непостоянства массы и т.д.) показали несостоятельность господствующих к этому времени представлений о материи. Такие ее свойства, как неизменность, непроницаемость, неделимость и т.п. утратили свое универсальное значение. В этой связи в рамках марксистской философии укрепляется понимание материи как объективной реальности, т.е. всего того, что существует вне и независимо от человеческого сознания и отображаемого им в виде образов. Другие же направления философской мысли отказываются от поиска субстанциальной основы бытия, отодвигая категорию материи в разряд не столько философских, сколько научных проблем. В современной науке содержание материи понимается как единство вещей, поля, плазмы, порождаемых флуктуациями вакуума. Кроме того, а понятие материи включается информационный аспект существования всех материальных систем, который выражает порядок вещей и явлений в материальном мире.