Реформы Избранной рады наметили путь общества, который в перспективе мог привести к укреплению сословно-представительной монархии в России второй половины XVI в. Против такого возможного хода событий выступал Иван IV, введя опричнину как средство для борьбы с боярско-княжеской оппозицией и боярскими привилегиями. Иван IV стоял на позиции сильной самодержавной власти, поэтому, по мнению Р.Г. Скрынникова, цель опричнины как системы политических и экономических мер состояла в установлении в России режима личной власти царя.
Оценка опричнины отечественными историками неоднозначна. Опричнина была, по мнению С.М. Соловьева, обычным инструментом внутренней политики Ивана IV - таким, каким обладает обычно любой правитель. Историк, не исключая присущего Ивану IV влияния страха перед изменой, рассматривает опричнину как историческую закономерность, как конечную акцию по уничтожению родовых отношений, носителем которых было старое боярство. Опричнину Соловьев считает "произведением вражды", а ее последствия гибельными - из-за разделения государства на две части. Опричников Соловьев называет "дружиной временщиков". Поставив боярскую Думу и синклит церковных иерархов между угрозой нападения своего особого (опричного) войска и угрозой выступления московского посада (искусно возбуждаемого агентами царя после его отъезда из столицы в декабре 1564 г. в Александровскую слободу), Иван Грозный добился полной их капитуляции, скрепленной соответствующими приговорами. "Государева воля" была признана единственным источником власти и права, единственным источником определения внутренней и внешней политики. Для создания впечатления о всенародной, по крайней мере, всесословной, поддержке политики царя указ о введении опричнины в феврале 1565 г. был представлен на утверждение Земского собора.
Опричниной на Руси называли удел, который выделялся вдове князя в пожизненное пользование. Иван IV придал слову новый смысл. В 1565 г. страна была разделена на опричнину - особый государев удел - и на земщину, с соответствующим разделением органов власти и управления. Опричники порывали с земским миром - "не токмо со друзи и братиями, а и с самими родители". Они давали клятву быть верными государю, выискивать измену и искоренять "крамолу". К учреждению опричнины, по мнению В.О.Ключевского, Ивана IV подготовили многие события, главными из которых были насильственная, как думал царь, смерть жены, разрыв с Сильвестром и Адашевым и бегство князя Курбского. Историк оценивает опричнину как продукт влияния нескольких факторов и видит в установившемся после 1565 г. режиме "полицейскую диктатуру". Введение новой системы было связано с попыткой царя создать новый "управляющий класс", а заодно придать новый статус "частному владению (уделу)" монарха. Речь шла также о стремлении "защититься от козней бояр".
Как отмечает А.Л. Хорошкевич, в истории прежде всего обращают внимание на внешнюю сторону событий того времени: деление страны на земщину - государственную территорию, и опричнину - личные владения государя. Всеми делами в земщине ведали боярская Дума и московские приказы. В опричнине, территория которой постоянно расширялась вследствие конфискации удельных, вотчинных и поместных владений, также были созданы боярская Дума, Разрядный, Ямской, Дворцовый и другие приказы, были свои бояре, окольничие, думные дворяне и дьяки. Но при этом государство по-прежнему оставалось единым. Таким образом, деление на земщину и опричнину по существу было созданием как бы "верхнего этажа" власти. Тем самым, институты управления, сохранявшиеся в земщине, были теперь подчинены власти самодержца, который стоял над опричными органами власти. Так, опричная боярская Дума управляла не делами двора, а делами государства, иногда собираясь вместе с земской боярской Думой, иногда же навязывая последней свои решения. Соответственно земская боярская Дума занимала в отношении опричной Думы подчиненное положение. Опричный двор с самого начала и до конца дней Ивана Грозного осуществлял верховное руководство всеми главными службами и учреждениями Российского государства.
Как отмечает Д.М. Володихин, главная цель опричной аграрной политики состояла в обеспечении служилых людей опричного корпуса поместьями. В соответствии с указом о введении опричнины, е территорией стали земли на русском севере (в том числе Беломорское побережье, Подвинье, Важская земля, а также Вологда), значительные территории в самом центре Московского государства (Вязьма, Можайск, Козельск, Шуя, Галич, Балахна, Старая Русса), огромные анклавы под Москвой, в районе Кашина, Клина, обширная часть самой столицы. Позднее были присоединены к опричному уделу государя Ростов и БелоозероРоРо Ростов и Белоозеро. При этом, как утверждает Володихин, 99% приграничной территории попало в земщину - это и Рязанщина, регулярно разоряемая татарами, и Смоленск, Рославль, Стародуб и Чернигов, составляющие оборону западных рубежей. Таким образом, по мнению Володихина, опричнина должна была защитить государя и страну, а земщина защищала опричнину, так как фактически земские территории представляли собой "доспехи", надетые на тело опричнины.
Опричнина - это форсированная централизация без достаточных экономических и социальных предпосылок. В подобных условиях, согласно Р.Г. Скрынникову, свою реальную слабость власти пытаются компенсировать террором. Создается не четко работающий аппарат государственной власти, обеспечивающий выполнение решений правительства, а аппарат репрессий. По мнению Д.Н. Альшица, суть опричнины состоит в создании "верхнего этажа" власти. В результате "прежние, исторически сложившиеся ее институты, сохранившиеся в земщине, включая Боярскую думу, были тем самым все разом подчинены власти самодержца". Также можно сказать, "Грозный внес в государственные начала управления русским государством такое структурное изменение, как фактическое установление самодержавия. Номинально оно существовало и раньше, но стало самодержавием реально только после учреждения опричнины". Террор был направлен против всех, кто был носителем хотя бы некоторого уровня самостоятельности. Как указывает Р.Г. Скрынников, в течение нескольких лет было ликвидировано последнее удельное княжество и уничтожен последний удельный князь Владимир Старицкий; ослаблена церковь - расправа с митрополитом Филиппом и некоторыми другими церковными иерархами; Новгород лишился своего самоуправления после погрома 1570 г.; погибли тысячи россиян - князей, бояр, дворян, купцов, ремесленников, крестьян, священнослужителей, подавляющее большинство из которых не замышляло никаких заговоров против царя.
Главным результатом опричнины стал новый механизм власти, с помощью которого стало возможным управлять огромной страной, не поощряя, а наоборот гася ростки демократии. На смену сословно-представительной монархии в результате опричного переворота пришло самодержавие как форма политической и государственной организации господствующего класса. Никаких реальных возможностей ограничения власти Ивана Грозного ни боярская Дума, ни изредка созываемые в этот период Земские соборы не имели. Крах опричнины В.Б. Кобрин связывает с крымским нашествием 1571 г., приведшим к сожжению Москвы, во время которого Ивану IV не удалось собрать против крымцев более одного полка опричников (вместо трех-пяти). Это произошло, по мнению Кобрина, из-за того, что во время новгородского похода опричники окончательно показали, что они - "банда грабителей и убийц", которые, отяжелев от добычи, не хотели рисковать жизнями, привыкнув "воевать" лишь с безоружным мирным населением. По мнению Д.Н. Альшица, произошедшее в 1572 г. формальное упразднение опричнины сохранило основные механизмы, введенные ею в государственный быт, сохранялись и развивались, постепенно создавая картину все более мощного самодержавного устройства власти.
Послеопричный период царствования Ивана IV трактуется в трудах отечественных историков также многогранно и неоднозначно. Описывая послеопричный период, Н. М. Карамзин позитивно оценивает репрессии, предпринятые Иваном IV против "неприятелей" митрополита Филиппа. Ослабление репрессий в это время объясняется Карамзиным "усталостью тиранства". "Слепую неограниченную преданность россиян монархии" Карамзин считает достоинством соотечественников. Убийство престолонаследника сына Ивана Иваном IV историк называет актом "правосудия Всевышнего мстителя". При этом Карамзин считает, что правление Ивана IV было неизбежным злом - страна должна была испытать кроме "бедствий" удельный системы и татаро-монгольского ига "грозу самодержца-мучителя". Светлую сторону этого периода историк видит в том, что русский народ своим долготерпением доказал, что он достоин иметь таких монархов, как Петр I, Екатерина II, Александр I.