Общая реформа общественно-политического строя России представлялась М.М. Сперанскому довольно длительным процессом. В записке «О постепенности усовершенствования общественного», датированной 1802 г., он писал: «Одно из главных правил лиц управляющих должно быть знать время… Теории редко полезны для практики. Они объемлют одну часть и не вычисляют трений всей системы, а после жалуются на род человеческий!». Обдумывая проекты общественных преобразований, он понимал, что «всякая перемена без нужды и без видимой пользы есть вредна, так как почти все легкие средства в делах государственных по большей части суть средства ненадежные», что «перемены на время могут быть блистательными, но со временем зло возрастет самим исправлением его».
Время работы М.М. Сперанского в Министерстве внутренних дел, приходящееся на 1802-1807 гг., - это относительно спокойный отрезок его жизни. Михаил Михайлович пребывал на вторых ролях, выступая по преимуществу исполнителем, хотя и наделенным даром и возможностью творчества. Так, большинство своих политических записок он сочинял, по собственной инициативе.
По возвращении из Эрфурта Александр I назначил Михаила Михайловича товарищем, т.е. заместителем, министра юстиции и одновременно советником императора в государственных делах. С этого времени Сперанский вплотную занялся подготовкой проектов реформ в России. Инициатива в этом деле принадлежала Александру I. Это подтверждает и сам Сперанский в письме на имя императора. «В конце 1808 г., - писал Михаил Михайлович, - после разных частных дел Ваше Величество начали занимать меня постояннее предметами высшего управления, теснее знакомить с образом Ваших мыслей, доставляя мне бумаги, прежде вошедшие к Вам, и нередко удостаивая провождать со мною целые вечера в чтении разных сочинений, к сему относящихся. Из всех сих упражнений, из стократных, может быть, разговоров и рассуждений Вашего Величества надлежало, наконец, составить одно целое. Отсюда произошел план всеобщего государственного преобразования».
В 1809 г. М.М. Сперанский подготовил записку «Введение к уложению государственных законов», в которой изложил программу широких преобразований.
Разрабатывая проекты реформ в России, М.М. Сперанский не мог не обращаться к политическому опыту европейских государств. По его мнению, этот опыт показывал, что для Европы характерен «переход от феодального правления к республиканскому». Он писал, что трудно противостоять этому процессу. «Тщетно власть державная силилась удержать его напряжение; сопротивление ее воспалило только страсти, произвело волнение, но не остановило перелома».
Анализируя обстановку в Российской империи, он писал: «Тот же самый ряд происшествий представляет нам история нашего Отечества». И далее:»… настоящая система правления не свойственна уже более состоянию общественного духа, и настало время переменить ее и основать новый вещей порядок». Россия шла, по его мнению, одним путем с Западной Европой.
В основу государственного устройства страны Сперанский предлагал положить принцип разделения властей, размежевав законодательные, исполнительные и судебные функции. На местах, по его мнению, следовало создать волостные, окружные и губернские думы, а в центре - Государственную думу. Избирательное право предполагалось предоставить всем дворянам и людям «среднего сословия», обладавшим определенным имущественным цензом. Судебные инстанции вплоть до губернского суда также должны были избираться, а состав высшей судебной инстанции - Сената - назначаться императором пожизненно из числа представителей, избранных губернскими думами. Законодательная власть должна была осуществляться совместно императором и Государственной думой, причем право инициативы создания законов принадлежало бы только монарху. Государственной думе предоставлялось право делать запросы о государственных нуждах. Исполнительная же власть должна была принадлежать правительству. Разделение властей планировалось проводить последовательно - от центральных учреждений до местных. Однако предложения, изложенные М.М. Сперанским, никогда в полном объеме осуществлены не были.
Понимая, что успехи планировавшихся преобразований в Российской империи во многом будут связаны с бюрократической машиной, Сперанский разработал проекты ее совершенствования. Ежедневно сталкиваясь с десятками, если не сотнями, деловых бумаг, он имел возможность определить уровень подготовки российских чиновников. Сам являясь одним из важнейших чиновников государства, он прекрасно понимал значение «чиновничьей армии» для будущих реформ и поэтому стремился сделать ее высокоорганизованной и работоспособной.
В начале августа 1809 г. был опубликован подготовленный Сперанским Указ о новых правилах производства в чины по гражданской службе. Можно лишь представить, сколько недоброжелателей появилось у Михаила Михайловича благодаря одному этому указу. Отныне чин коллежского асессора, который ранее можно было получить по выслуге лет, давался только тем чиновникам, которые имели на руках свидетельство об успешном окончании курса обучения в одном из российских университетов или выдержавшие экзамены по специальной программе. Данная программа предусматривала проверку знаний русского языка, одного из иностранных языков, естественного, римского, государственного и уголовного права, всеобщей и русской истории, государственной экономики, физики, географии и статистики России. Чин коллежского асессора соответствовал 8-му классу «Табели о рангах». Начиная с этого класса и выше чиновники имели большие привилегии и высокие оклады. Кроме того, 8-й ранг давал право потомственного дворянства. Несложно догадаться, что желающих получить чин коллежского асессора было много, а сдавать экзамены большинству претендентов, как правило немолодых, было просто не под силу. Ненависть к М.М. Сперанскому охватила часть российского чиновничества.
С весны этого же года недовольство преобразованиями Сперанского начала выражать определенная часть дворянства. Это было вызвано Указом от 3 апреля 1809 г., каким менялся порядок, введенный еще в правление Екатерины II, согласно которому дворяне, даже не состоявшие на государственной службе, получали звание камер-юнкера или камергера, а следовательно и определенные привилегии. Отныне эти звания надлежало рассматривать как простые отличия, не дающие никаких привилегий. Привилегии получали только те, кто нес государственную службу. Указ был подписан императором, но ни для кого не было секретом, кто являлся его действительным автором.
Вполне понятно, что эти преобразования Сперанского, направленные на укрепление государственной власти, были враждебно встречены частью дворянства и чиновничества. Эти настроения значительно усилились в связи с проведенной М.М. Сперанским финансовой реформой. Прекращался выпуск бумажных ассигнаций, который вел к обесцениванию рубля. С целью пополнения государственной казны были увеличены размеры податей и пошлин, установлены налоги для дворян.
Негативное отношение к Сперанскому усугублялось тем, что лишь немногие знали и представляли цели и задачи преобразований. В целом сознание общества не было подготовлено к этим нововведениям. Российское общественное сознание еще не отошло от испуга, вызванного Великой французской революцией, и в преобразованиях, которые проводил Сперанский, представители имущих классов и сословий увидели ее отдаленные последствия. Сознание господствовавшего класса, сформировавшегося во время правления Екатерины II и Павла I, воспринимало любые изменения, затрагивавшие интересы дворянства, как преддверие революции.