Конституционное признание за республиками в составе РФ, краями, областями и т.д. единого статуса – субъекта Федерации и особое закрепление принципа равноправия субъектов РФ дало правовые основания отказа от ранжирования видов бюджетов в рамках регионального уровня бюджетной системы РФ, так как в настоящее время сохранение статуса «край», «область» является формальным проецированием исторически сложившегося состава Российской Федерации, ибо ранг субъекта РФ несет принципиально иное значение, нежели это предусмотрено статусом образования административно-территориальной децентрализации. Асимметричность положения республик, краев, областей и т.д. может затрагивать только атрибутивные характеристики в организации их деятельности. В частности, в отличие от иных субъектов РФ, республики обладают правом на собственную конституцию, республиканское гражданство, государственный язык, все виды государственной символики и т.д.
Между тем, учитывая, что Россия – государство с конституционно-договорной формой федеративных отношений, структура бюджетной системы РФ требует поправок исходя из реального положения субъектов РФ в своих взаимоотношениях с федеральным центром и между собой. Практика подписания индивидуальных соглашений о разграничении предметов ведения и полномочий между отдельными субъектами РФ и федеральным центром не была лишена примеров предоставления особых, индивидуальных режимов зачисления федеральных налогов и сборов в бюджеты субъектов РФ. Так, три республики – Татарстан, Башкортостан и Якутия – ввели фактически особый статус еще в 1991-1992 гг. В отличие от других регионов они фактически не перечисляли налоговые поступления в федеральный бюджет. Заключенные в составе договоров о разграничении полномочий и предметов ведения соглашения по бюджетным и налоговым вопросам лишь легализовали индивидуальные отношения трех названных республик с Федерацией (первый договор был подписан в феврале 1994 г. с Татарстаном, в том же году договоры были подписаны также с Кабардино-Балкарией и Башкортостаном, в 1995 г. – с Северной Осетией, Якутией, Бурятией, Удмуртией).
Соглашение «О бюджетных взаимоотношениях между Российской Федерацией и Республикой Татарстан» было подписано 15 февраля 1994 г. 15 февраля 1999 г. истекал 5-летний срок действия соглашения с Татарстаном. Между российским и республиканским руководством велись сложные переговоры по поводу подписания нового документа. В итоге 18 марта 1999 года соглашение все же было заключено. В соответствии с названным документом для реализации делегированных Российской Федерацией полномочий и осуществления совместных программ Татарстан зачислял в федеральный бюджет 1% подоходного налога, а доля зачисляемого НДС должна была определяться в ежегодно заключаемых соглашениях между министерствами финансов Российской Федерации и Татарстана.
Соглашение между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Башкортостан «О бюджетных взаимоотношениях в 1994-1995 годах» было подписано 3 августа 1994 г. По этому соглашению для реализации экологических программ и принятых ранее решений по охране окружающей среды в республиканский бюджет должны были, как и в Татарстане, зачисляться акцизы на спирт, водку и ликеро-водочные изделия, нефть и газ, плата за землю и специальный налог.
С Якутией межправительственное соглашение в области бюджетных отношений было подписано 28 июня 1995 г. В соответствии с этим документом для ускорения расчетов между бюджетами, сокращения встречных финансовых потоков была разрешена передача республике расходов по финансированию отдельных федеральных программ с перечислением в республиканский бюджет налогов и сборов, необходимых для финансирования этих расходов (объемы передаваемых доходов должны были ежегодно согласовываться). Таким образом, Татарстан получил наибольшие преференции, Якутия – наименьшие.
Заключение договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и субъектов РФ и в их составе межправительственных соглашений в тот период позволило отчасти разрешить политический конфликт между федеральными и республиканскими властями. Начиная с 1994 г. с территории Татарстана и Башкортостана началось перечисление налогов в федеральный бюджет, хотя их доля в собранных в республиках налогах вплоть до последнего времени оставалась гораздо ниже среднероссийской (особенно в Татарстане). С территории Якутии средства в федеральный бюджет не перечислялись вплоть до 1996 г., однако в последующие годы распределение налогов между федеральным и республиканским бюджетами в наибольшей степени (среди трех республик) приближалось к среднероссийскому. Несмотря на легализацию особого статуса, часть льгот, которыми пользовались республики, существовала фактически, но не юридически (например, Татарстан и Башкортостан не перечисляли средства в Федеральный дорожный фонд).
До 2000 г. федеральные власти не предпринимали сколько-либо действенных усилий по ликвидации особого бюджетного статуса Татарстана и Башкортостана. В 2000 г. ситуация заметно изменилась. В результате принятых федеральными властями мер разграничение и распределение налогов между федеральным бюджетом и бюджетами двух названных республик в 2001 г. все же происходило в соответствии с российским законодательством.
Однако говорить о том, что вопрос об особом статусе Татарстана и Башкортостана решен, пока преждевременно. В Федеральном законе от 27.12.2000 г. № 150-ФЗ «О федеральном бюджете на 2001 год» появилась статья, в соответствии с которой Правительству РФ было разрешено «в целях урегулирования межбюджетных отношений» оказывать Татарстану и Башкортостану финансовую помощь, в том числе на «финансирование мероприятий и расходов организаций, находящихся в ведении федеральных органов исполнительной власти на их территориях, а также федеральных целевых программ социально-экономического развития». В результате оставление на территории республик дополнительных средств от федеральных налогов фактически было заменено предоставлением республиканским бюджетам финансовой помощи (конкретные объемы в законе о федеральном бюджете утверждены не были). В 2005 году ситуация не изменилась, поэтому проблему особого статуса Башкортостана и Татарстана еще предстоит решить до конца. Это, в свою очередь, ставит вопрос о корректировке статуса данного образования (ибо неравных субъектов федеративных отношений быть не может, исходя из принципов федерализма) и, как следствие, – корректировке среднего уровня бюджетной системы РФ.