Исторически антидарвинизм возник как критическая реакция на публикацию «Происхождения видов» Ч. Дарвина. Наиболее последовательно и логично эти возражения в 1871 г. резюмировал Ст. Майварт в статье «Об образовании видов».
Возражения Ст. Майварта в статье «Об образовании видов» сводятся следующему:
1) поскольку отклонения от нормы обычно невелики, они не должны заметно влиять на приспособленность особей;
2) так как наследуемые отклонения возникают случайно, они должны взаимно компенсироваться в череде поколений;
3) накоплением и закреплением небольших отклонений трудно объяснить возникновение сложных, целостных структур, таких как глаз или внутреннее ухо.
Кроме того, согласно Дарвину, в природе должны быть широко представлены переходные формы, тогда как обычно между таксонами обнаруживаются более или менее чёткие разрывы (хиатусы), особенно заметные на палеонтологическом материале. На эти возражения обращал внимание и сам Дарвин в последующих изданиях своей работы, однако не смог аргументированно их объяснить. Из-за этого во второй половине 19 века возникли конкурирующие эволюционные учения, такие как неоламаркизм и неокатастрофизм. К началу 20 века многочисленные, часто популярные, работы механоламаркистов демонстрировали возможность «адекватной изменчивости и наследования приобретённых признаков». Первые работы генетиков (Х. де Фриз и У. Бэтсон) на практике доказывали скачкообразный, внезапный характер возникновения наследуемых изменений, а не постепенное накопление изменений под действием отбора (т.н. генетический антидарвинизм). Наконец, появилось немало работ, экспериментально доказывающих «неэффективность» естественного отбора. Так, в 1903 г. В. Иоганнсен проводил отбор в чистых линиях фасоли, разделяя семена по размеру на три группы: крупные, средние и мелкие. Он обнаружил, что в потомстве каждой группы воспроизводится полный спектр размеров семян, идентичный родительскому. С современных позиций этот результат очевиден -- наследуется не сам признак, а норма реакции. Однако в начале 20 века подобные работы воспринимались как опровержение принципа естественного отбора. Эти обстоятельство обусловили т.н. кризис дарвинизма, или «агностический период в развитии эволюционного учения», продолжавшийся до 30-х годов 20 века. Естественным выходом из кризиса стал синтез генетики и популяционного подхода, а также возникновение синтетической теории эволюции.
Согласно эволюционному сценарию Дарвина, неживые материи в результате некоторых случайных изменений и при воздействии атмосферных явлений соединились в единое целое и образовали первую живую клетку (!) - основу будущей жизни. Утверждение, лишенное каких-либо доказательств, было весьма странным. Однако дальнейший сценарий, изложенный Дарвином, был еще более нелепым: первая образовавшаяся живая клетка неизвестно каким образом начала делиться и множиться, так что через какое-то время опять-таки в процессе множественных случайностей сформировала некое протосущество, то есть первая живая клетка поэтапно «эволюционировала». Согласно дарвиновскому учению, весь процесс развития жизни от бактерий до человека, то есть бесчисленное многообразие форм жизни появилось на свете в результате этого мифического процесса эволюционирования, когда в результате колоссального множества случайностей жизнь якобы поэтапно развивалась и совершенствовалась. Конечно же, утверждения Дарвина не имели никакого научного обоснования ли фактического подтверждения. Однако, примитивный уровень развития научной мысли и отсутствие каких-либо технологий способствовали тому, что абсурдные идеи Дарвина, казавшиеся обществу весьма «прогрессивными», получили восторженный прием в околонаучных кругах и в обществе. Отправной точкой теории Дарвина была философия материализма, его учение было с энтузиазмом встречено материалистами 19-го века, ибо теория создавала своего рода научное обоснование для идеологии материализма. Материалисты от науки начали активно развивать «модное» учение Дарвина, стремясь найти фактические доказательства его правоты. Проводились бесконечные эксперименты и опыты, попытки воссоздания первобытной атмосферы Земли и синтезирования первой живой клетки. Но все эксперименты, проводившиеся сторонниками учения Дарвина, приводили к обратному результату, ни один эксперимент не смог обеспечить фактического доказательства правоты теории, более того, все факты свидетельствовали об обратном.