Хребет Заповедный делит охраняемую территорию на две части: прибрежную и отделённую от взморья горным барьером. Средняя высота горных гряд 500 – 1000 метров над уровнем моря. Отдельные вершины (Нагеевская, Чёрная) поднимаются до 1200 – 1400 метров. Водораздельные отроги, как правило, узкие, скалистые. Вершины имеют остроугольную, конусообразную форму. Крутизна склонов в среднем 200 – 300. Имеются обширные поля крупнокаменистых россыпей и развалов. СкопСкоплением высоких скальных гряд и отдельных живописных утесов, достигающих высоты 100м и более выделяется верхняя часть бассейна реки Перекатной.
По особенностям рельефа заповедную территорию можно разделить на четыре участка. Первый из них – побережье Японского моря с красивыми бухтами, широкими песчанными или узкими галечниково – валунными пляжами и береговыми скалистыми уступами. Высота обрывов колеблется от 30 – 50 до 100 – 150 метров. Южнее бухты «Валентин» расположена гора Туманная. Её высота всего 200 метров, но она производит величественное впечатление. Плотными коренными породами сложены и небольшие острова, входящие в состав заповедника: Петрова и Бельцова. Расположенные недалеко от берега, судя по разрушенным веками каменистым перемычкам, когда – то примыкали к побережью. Есть археологические подтверждения тому, что ещё в ХI – XII веках кусочек суши, называемый сейчас островом Петрова был соединён с материком узкой низкой косой.
Второй участок охватывает предгорья и долины рек Киевки, Черной и их притоков, характеризуется пологими горными склонами.
В пределы третьего участка входит среднегорный (от 400 до 900 метров) рельеф хребта Заповедного, где преобладают пологие и средней крутизны склоны. Часты выходы легкоразрушающихся коренных пород продуктами выветривания которых образованы делювиальные и элювиальные отложения, иногда достигающие мощности более десятка метров.
Четвертый участок приурочен к высоте более 900 метров над уровнем моря. Он включает природоразделительную и водоразделительную части хребта Заповедного. Здесь много выходов плотных коренных пород. Крутизна склонов иногда превышает 400 , хорошо выражены альпийские формы рельефа. В удаленной от моря северной части заповедника, например в бассейне верхнего течения Киевки зима сравнительно суровая и многоснежная. Средняя температура января –190 - -200, абсолютный минимум температуры воздуха на поверхности почвы достигает -450. В конце октября – начале ноября в горах ложится устойчивый снежный покров, мощность которого к концу февраля достигает 50 – 60 см., а в горных котлованах и других закрытых ответра местах превышает 1 метр. Весна наступает во второй половине марта. Благодаря большому количеству солнечных дней (за март – май в среднем 20-25) и быстрому нарастанию положительных температур воздуха снег сходит быстро. Лишь в верхнем поясе хребта Заповедного, где заморозки могут наблюдаться во второй половине мая, в узких тенистых распадках до середины мая встречаются остатки нерастаявших наледей. Лето тёплое, среднемесячная температура в июле и августе 190 – 200. Со второй половины сентября возможны осенние заморозки, а уже с первой половины октября вершины гор белеют от раннего снега. Среднегодовая температура воздуха «континентальной» части заповедника 2.40 – 2.70 . Средняя продолжительность безморозного периода составляет 105 – 125 дней, вегетационного 150 – 160 дней. В год выпадает 700 – 800 мм осадков.
В приморской полосе зима более мягкая, малоснежная. Средняя температура января –110 - -120 , абсолютный минимум -300. Хотя весна здесь наступает значительно раньше чем в горах, нарастание температуры воздуха происходит значительно медленнее. Из – за частых туманов и влияния охлажденного за зиму моря количество дней с солнечным сиянием в 2-3 раза меньше, чем на участках, лежащих за хребтом Заповедным.
Фенофазы развития растительного мира на побережье по сравнению с глубинными районами запаздывают на 1,5-2 недели. Бывает, что в конце мая – начале июня, когда на побережье туманно, прохладно и сыро и еще не развернулись полностью листья у бархата амурского, ореха маньчжурского, клёнов и ясеней, на континентальных склонах хребта Заповедного светит яркое солнце, буйно цветет растительность и созревает земляника. Лето в прибрежной части заповедника так же более прохладное, пасмурное, влажное чем в глубинной зоне. Температура самого теплого месяца – августа на побережье на 2 – 2,50 ниже чем в верхнем течении Киевки.
На низких водоразделах (до 250-300 метров над уровнем моря) встречаются особые перегнойные почвы. По северному склону эти почвы занимают полосу 100 – 150 метров от водораздельной линии, а по южному 30 – 50 метров. Для хвойно–широколиственных лесов центральной части заповедника характерны сырые горно- лесные почвы имеющие слабокислую или кислую реакцию среды. На пологих склонах где водоснабжение затруднено, а дренаж ослаблен, развиваются горно – лесные оподзоленные почвы. Эти почвы приурочены к горным хвойно – широколиственным лесам на высоте 500-600 метров над уровнем моря. Для них отмечены накопления кремнезёма в верхних горизонтах. На подпочвенных террасах в среднем течении рек под хвойно-широколиственными и широколиственными лесами развиты бурые лесные почвы на аллювиальных отложениях. Эти почвы хорошо дренированы, имеют слабокислую реакцию и высокую степень начинённости основаниями, в результате чего производительность растущих на них лесов характеризуется высокими показателями.
Задернованные иловато – гелевые почвы приурочены к пониженным слабодренированным участкам высокой поймы. Эти почвы обладают большим потенциальным плодородием, так как богаты азотом и для них характерна слабокислая реакция.
На узких скалистых водоразделах и крутых склонах на высоте 800 метров над уровнем моря и более, где часты выходы коренных плотных пород, развиты лишь примитивные фрагментарные почвы. Водный режим неустойчив. К данным участкам обычно приурочены заросли подгальцевых кустарников и низкопроизводительные, высокогорные леса.