Томский город строился летом 1604 года по просьбе князька Тояна на его землях по мысу Воскресенской горы над рекой Томью соединенным отрядом служилых людей под командованием Г. Писемского из Сургута, В. Тыркова из Тобольска и Д. Юрьева из Тюмени (см. Приложение). Однако первое русское ясачное зимовье здесь появляется уже в конце XVI – самом начале XVII веков. Строительство города было закончено 27 сентября 1604 года. Томская крепость была выполнена в технике «городней», поставленных четырехугольником, общей площадью в 0,2 га[3]. Общая длина городских стен достигала 98 саженей[4] с аршином[5]. Высота стен доходила до 6,5метров. По углам стояли 4 глухих башни. На северной и южной городовой стене находились проезжие башни, высота которых колебалась от 13 до 22 метров. В городе находились воеводский двор, съезжая изба, житницы[6], амбары и Троицкая церковь, срубленная в 1606 году.
В 1609 году к северной городовой стене был прирублен острог[7] «в трех стенах». Общая длина острожных стен составляла 604 сажени и 2 аршина. В двух углах передней, северной, стороны острога поставлены две глухие, а посередине между ними - проезжие башни. Общая площадь города и острога достигала около 4,1 га.
В 1634 году был построен новый острог по посаду по обе стороны реки Ушайки, где жила основная масса горожан, так называемый «Нижний острог». В 1639 и 1643 годах Томск сильно выгорел.
К 1652 году было закончено строительство новых городских укреплений, общий вид которых дошел до нас в реконструкции В.И. Кочедамова. По ней Томск также делился на город и острог, площадь которых была уже примерно одинаковой. Городовые стены также были выполнены в технике городней, по углам стояли глухие башни. Кроме того, проезжие башни находились на северной, южной и западной сторонах.
К концу XVII века город Томск представлял из себя деревянную крепость, обнесенную частоколом с 7 глухими и проезжими башнями. С северной стороны к городу примыкал Верхний острог с одной большой проезжей башней. Г.Ф. Миллер, прибыл в Томск в 1734 году, увидел крепость, построенную четырехугольником «из бревен, по образцу деревянных домов». Длина её равнялась 50 саженям, а ширина – 30. На четырех ее углах и над двумя воротами находились башни с артиллерией для стрельбы. Седьмой башней была колокольня Троицкой церкви, встроенная в крепостную стену. Кроме того, сразу же за крепостью находился маленький круглый острог из палисада, где в начале XVIII века жили плененные шведы.
В 1635 году в Томске всех служилых, посадских и крестьян насчитывалось около 720 человек, все население составляло около 2 тысяч человек. В 1723 году в Томске было 1050 дворов, в которых проживало 8,5 тысяч человек различных сословий. В 1790 году окружность территории города была равна 8,5 версты[8], а длина - 3, ширина – 1 версте и 100 саженям. Город делился на семь частей. Городские укрепления к тому времени уже не сохранились. В Томске насчитывалось 7 церквей, 1 монастырь, 3 торговых ряда с 237 лавками, 1436 городских обывательских домов и 7490 жителей.
Город сыграл выдающуюся роль не только в истории Западной, но и всей Сибири. Основанный вначале как небольшая деревянная крепость для защиты ешутинских татар князька Тояна, он вскоре стал основным центром, базой, откуда направлялись отряды казаков для проведывания «немирных землиц» от алтайских гор и верховьев Енисея до забайкальских степей и берегов тихого океана. Именно томскими служилыми людьми были проложены первые тропы в этой части Сибири. Томск принадлежал к числу пашенных городов и первой экономической основой для его развития послужило пашенное земледелие. Но очень скоро возникает развитое ремесленное производство. В 1625-1626 годах в Томске было около 20 ремесленников, в 1655 году их было уже около 70, а в 1721 – 384 ремесленника различных специальностей. Уже в середине XVII века в городе насчитывалось более 50 ремесленных специальностей, среди которых были занятия, требующие высокого профессионального мастерства, например, котельщики, бронники, серебренники, часовщики, иконники и др. Уже в первых десятилетиях XVII века в Томске организуется промышленное железоделательное производство, одно из самых первых в Сибири. Высоко искусства достигли плотницкое дело и обработка дерева. Томская архитектура и деревянное зодчество того времени обладали «строгим и вместе с тем живописным силуэтом, представительностью фасадов домов, добротностью стройки и прекрасным, мастерским декором…»[9]. Развитие томской промышленности стимулировалось не только потребностями местного рынка, но и нуждами местного рынка, но и нуждами обследования и изучения всей Сибири. Благодаря близкому тогда соседству с южными районами Сибири, Томск очень рано стал крупным торговым городом. Как писал Г.Ф. Миллер, уже в XVIII веке «город Томск более достоин купеческим городом называться, понеже в нем живут не токмо многие знатные русские купцы, но и богатые бухарцы и татары, составляющие купечество». Томск – один из важных центров торгово-транзитного движения населения Сибири, путей сообщения. К числу градообразующих функций города следует отнести и его административную значимость как областного, «разрядного» города.
Томск – один из центров массовых народных выступлений против царской администрации. Первые выступления томичей относятся уже к 1608 году. Наиболее крупными были волнения 1637 года и народное восстание 1648 года, в ходе которых народные массы противопоставили царской администрации свой орган общественного самоуправления – «казачий круг».
На томской городской печати 1635 года изображена «коруна», а около вырезано: «Печать государева Томского города». На городской печати изображен в желтом поле «человек в серой одежде, работающий в рудокопне». В городском гербе Томска, утвержденном 17 марта 1785 года, изображена «в зеленом поле серебренная лошадь, в знак того, что лошади сей округи почитаются лучшими и что у близь живущих татар находятся конские заводы».
 |  | ||
В 1804 Томск был назначен губернским городом для средней Сибири с новым гербом: «в щите, имеющем зеленое поле, изображена белая лошадь, бегущая в правую сторону».