Систему таможенных учреждений середины XIX века можно представить по Таможенному уставу 1857 г., согласно которому таможни и таможенные заставы, учреждаемые по внешней сухопутной и морской границам Российской Империи подразделялись в зависимости от объема совершаемых ими операций на три класса. К первому классу были отнесены крупнейшие таможни (Санкт-Петербургская, Московская, Архангельская и др.), ко второму — средние (Варшавская, Виленская, Евпаторийская и др.) и к третьему классу — малые таможни (Николаевская, Мариупольская и др.). Некоторые таможни имели передовые филиалы. Так, у Санкт-Петербургской таким филиалом стала Кронштадтская таможня, через которую привозимые товары переправлялись в столицу для досмотра и оформления. Передовые посты других таможен назывались таможенными заставами. В дополнение к линии таможенных застав «для отвращения тайного привоза товаров» но западной границе была учреждена пограничная стража, на которую возлагался карантинный надзор.
Следует отметить также, что Устав 1857 г. предъявлял особые требования к таможенным служащим. Начальниками таможенных округов, управляющими и членами таможен могли назначаться только профессионалы, которые уже имели выслугу лет по таможенной части, соответствующий опыт, а также были в «верности испытаны и доверия достойны» (ст. 68).
Характерно и то, что в Уставе особо подчеркивалась самостоятельность таможенных учреждений. «Никакое начальство, ни гражданское, ни военное, — говорилось в нем, — не входит ни в какие непосредственные распоряжения по таможенной части» (ст. 226). В то же время местные начальники и чиновники были обязаны оказывать помощь таможенникам по первому их требованию. Указанное обстоятельство позволяет сделать вывод о принадлежности таможенных учреждений того времени к органам государственной власти. Таможенным чиновникам запрещалось требовать и принимать подарки в какой бы то ни было форме. За нарушение предусматривалась ответственность но Уложению о наказаниях как для самого таможенника, так и для лиц, спровоцировавших его на совершение должностного преступления.
Зачисление на службу в таможню санкционировалось градоначальником, а приказы о назначении на должность издавались Департаментом таможенных сборов, который был преобразован (в 1864 г.) в Департамент внешней торговли.
Департаменту таможенных сборов подчинялись, кроме таможен, Пограничная и Корчемная стражи. Корчемная стража, по словам министра финансов В.Н. Коковцова, была «...предназначена для предотвращения водворения из-за границы контрабандных предметов, подлежащих акцизу, в пределах 50 верст от границы».
К концу XIX в. в России сложилась единая система таможенных органов во главе с Департаментом таможенных сборов Министерства финансов, осуществлявшим непосредственное руководство таможенным делом в стране. При Департаменте состояли члены особого присутствия по применению тарифа к товарам (из чиновников торгово-промышленных учреждений и членов совета торговли и мануфактур) и таможенные ревизоры, которым поручались проверка деятельности таможенных учреждений на местах, расследование дел о контрабанде и т.д.
Кроме пограничных таможен (таможни первого класса находились в местах пересечения сухопутной границы железнодорожными путями, шоссейными дорогами и судоходными реками, а также в важнейших портах) существовала целая сеть внутренних таможен второго и третьего классов, осуществлявших досмотр и оформление товаров, прошедших в пограничных таможнях лишь внешний контроль и отправленных транзитом в глубь страны. В состав всех таможен входили подчиненные им таможенные заставы и пограничные переходные пункты.
Охрана государственной границы в этот период, как и ранее, осуществлялась пограничной стражей, имевшей военную организацию и комплектовавшейся из лиц, отбывавших воинскую повинность. На некоторых участках государственной границы (в Сибири и Средней Азии) эту службу несли вольнонаемные таможенные служащие. В 1893 г. пограничная стража была выведена из таможенного ведомства и преобразована в Отдельный корпус пограничной стражи, подчинявшийся министру финансов, который имел звание шефа пограничной стражи.
К началу 90-х годов в стране действовала система таможенных платежей, основу которой составляли ординарная пошлина с ввозимых и отпускных товаров, штрафные деньги, сборы с судоходства, канцелярские пошлины, хозяйственные и прочие доходы.