Дальний Восток и Забайкалье образуют уникальную экологическую систему. В нее входят как сугубо северные экосистемы, включая Заполярье, так и южные, с реликтовыми растениями, лианами винограда и лимонника, и редкими животными, включая тигра и других животных Уссурийской тайги. А также - континентальные экосистемы в сочетании с приморскими и морскими.
Природные экосистемы Дальнего Востока и Забайкалья весьма динамичны и изначально обладают низкой степенью устойчивости по отношению к широкомасштабным и разноплановым антропогенным воздействиям. Слабая экономическая освоенность и населенность территории способствует сохранению относительно благоприятной экологической обстановки на большей части региона. В первую очередь - на Севере.
Природный ресурсный потенциал юга Дальнего Востока испытывает более существенную антропогенную нагрузку. Зоны хозяйственного воздействия на природную среду увеличиваются в размерах, а негативные последствия деятельности человека становятся все более интенсивными и часто повторяющимися.
Основные экологические проблемы региона связаны с деятельностью ресурсодобывающих отраслей, и прежде всего - лесной. Вырубки и сопровождающие их пожары уничтожают и обедняют таежные экосистемы, изменяют микроклимат и водный режим рек. Разработка месторождений полезных ископаемых вызывает деградацию нерестовых рек. Одной из важнейших проблем является деградация водной экосистемы Амура, охватывающей территории Забайкальского, Приморского и Хабаровского краев, Амурской области и Еврейской автономной области.
Бассейн Амура занимает чуть больше 2 млн. кв.км. Российская часть занимает 49% площади бассейна Амура, а три провинции КНР - 42 % бассейна, остальное приходится на Монголию. С учетом специфики водных ресурсов (природные границы) и проблем их использования (субъекты) целесообразно разделять бассейн Амура на следующие блоки, которые можно условно соотнести с административными границами: Верхний (Внутренняя Монголия и Забайкальский край), Средний (Хэйлунцзян, Цзилинь, Амурская область, ЕАО, Приморский край), Нижний Амур (Хабаровский край).
Из всех субъектов Российской Федерации, расположенных в бассейне реки Амур, в наибольшей степени подвержен вредному влиянию последствий неурегулированности вопросов экологической регламентации и трансграничного воздействия хозяйственной деятельности Хабаровский край.91,6 процента водосборной площади Нижнего Амура приходится на эту территорию, 8,4 процента - на КНР. Основная масса загрязняющих веществ поступает в Нижнеамурский бассейн со стоком рек Верхнего и Среднего Амура. При этом, сток р. Сунгари (КНР), наиболее крупного правобережного притока Амура, составляет до 40-50 процентов зимнего стока Амура у г. Хабаровска.
На кризисную ситуацию в бассейне Амура влияет, прежде всего, активное экономическое развитие Северо-Восточного Китая. На китайской стороне при высокоразвитой промышленности и интенсивном сельском хозяйстве неразвита сеть водоочистных сооружений, распахиваются земли и сведены леса по берегам рек, почвы загрязнены. Между тем между Россией и Китаем до сих пор не подписано трансграничное соглашение, позволившее бы урегулировать данные вопросы.
Происходящие в бассейне Амура процессы изменений в природных комплексах приводят к потере способности одной из крупнейших рек мира, к самоочищению и самовосстановлению, к снижению запасов рыбы и прежде всего - осетровых и лососевых, что в свою очередь негативно влияет на условия жизни коренных народов Приамурья.
В последнее время резко возрастает опасность загрязнения морских акваторий Японского моря и северного побережья острова Сахалин, связанные с активизацией хозяйственной жизни в данном регионе.
Особо охраняемые природные территории Дальнего Востока и Забайкалья:
| Республика Бурятия | Забайкальский национальный парк |
| Тункийский национальный парк |
|
| Байкальский государственный природный биосферный заповедник |
|
| Баргузинский государственный природный биосферный заповедник |
|
| Джергинский государственный природный заповедник |
| Республика Саха (Якутия) | Усть - Ленский государственный природный заповедник |
|
| Олекминский государственный природный заповедник |
| Забайкальский край | Алханай, национальный парк |
|
| Сохондинский государственный природный биосферный заповедник |
| Камчатский край | Кроноцкий государственный природный биосферный заповедник |
|
| Командорский государственный природный биосферный заповедник |
|
| Корякский государственный природный заповедник |
| Приморский край | Сихотэ - Алиньский государственный природный биосферный заповедник им.К.Г. Абрамова |
|
| Ханкайский государственный природный заповедник |
|
| Лазовский государственный природный заповедник им.Л.Г. Капланова |
|
| Уссурийский государственный природный заповедник |
|
| Кедровая Падь, государственный природный биосферный заповедник |
|
| Дальневосточный государственный морской заповедник |
| Хабаровский край | Джугджурский государственный природный заповедник |
|
| Буреинский государственный природный заповедник |
|
| Комсомольский государственный природный заповедник |
|
| Болоньский государственный природный заповедник |
|
| Ботчинский государственный природный заповедник |
|
| Большехехцирский государственный природный заповедник |
|
| Бастак, государственный природный заповедник |
| Амурская область | Норский государственный природный заповедник |
|
| Зейский государственный природный заповедник |
|
| Хинганский государственный природный заповедник |
| Магаданская область | Магаданский государственный природный заповедник |
| Сахалинская область | Поронайский государственный природный заповедник |
|
| Курильский государственный природный заповедник |
| Еврейская автономная область | Бастак, государственный природный заповедник |
| Чукотский автономный округ | Остров Врангеля, государственный природный заповедник |
В список объектов всемирного наследия (ЮНЕСКО) включены "Байкал", "Вулканы Камчатки", "Центральный Сихотэ-Алинь", Остров Врангеля.
Несмотря на слабую заселенность Дальнего Востока, и Забайкалья, здесь существует немало серьезных экологических проблем.
В 2003 году создан Координационный комитет по устойчивому развитию бассейна реки Амур.