Реорганизация Сената и местных учреждений в 60-70 годы 18 века привела к ликвидации коллегий. Большое количество их документов передавались в Петербургский и Московский государственные архивы старых дел, учрежденные в1780 и 1782 гг. архивы получили свои штаты и самостоятельное вневедомственное положение, подчиняясь Сенату. Петербургский архив пользовался преимуществом по сравнению с Московским. Его штат насчитывал 22 человека, и на его содержание ежегодно отпускалось 5203 руб. В Московском архиве было 19 сотрудников и отпускалось ему 4343 руб., хотя количество дел было в шесть раз больше. Советник архива, асессоры и секретарь составляли «преимущество», на заседаниях которого решались наиболее важные вопросы.
Московский государственный архив старых дел также возглавляло присутствие, в состав которого входили советник и два асессора. Штат был меньше Петербургского, но зато он имел право принимать «приказных служителей сверх штата на свое содержание впредь до освобождения вакансии». Плохо обстояло дело с помещением. В основном они были подвальные, мало пригодные для хранения документов. Лишь в 1787 году «архив был помещен в новом кремлевском здании, где для него довольное число покоев и шкафов уже приготовлено».
После этого комплектование пошло быстрыми темпами. В Московский государственный архив старых дел поступило около 6 млн. дел из 40 учреждений (фонды коллегий – Ревизион, Камер, Юстиц, Мануфактур, Экономии; контор – Берг и Главной Соляной; приказов – судного, Сыскного, Каменного и др.). Это дела по внутренней истории России XVIII века.
Концентрация фондов в Петербургском и Московском государственных архивах старых дел не была прочной. В конце 18 века коллегии были восстановлены и некоторые из учреждений затребовали документы обратно. Возвратили дела Берг-конторе и Соляной конторе, а материалы Мануфактур-коллегии перевезли в Петербург.
Поместно-Вотчинный архив
Бедственное положение документов о помещичьем землевладении явилось основной причиной создания Поместно-Вотчинного архива, который возник в 1786 году по именному указу. Его основу составили комплексы документов центральных поместно-вотчинных учреждений 16-18вв. Он имел коллегиальное управление – присутствие. Его штаты значительно превосходили штаты других архивных учреждений. Архив комплектовался делами канцелярии Вотчинных дел, Вотчинной коллегии, Вотчинного департамента. Это указы Сената, протоколы и журналы заседаний, материалы о купле-продажи имений и крестьян. Большое место занимали дела по межеванию первой половины 18 века.
Деятельность Поместно-Вотчинного архива регламентировалась инструкциями. Предписывалось, чтобы сотрудники являлись на службу «в порядочной одежде, обуви, прическе волос, работали бы прилежно и с челобитными обходились вежливо».
Межевой архив
С 1765 г до середины 19 века проводилось Генеральное межевание, которое узаконило за помещиками огромное количество земель. Указом от 14 января 1768 года предписывалось каждой губернии после окончания межевания всю документацию сдать в создаваемый межевой архив при Московской межевой губернской канцелярии.
Кроме документов по межеванию в архив поступили отдельные источники по ряду губерний. К концу 18 века здесь находилось около 900,0 тыс. дел. Архивисты не успевали их разбирать. В декабре 1796 года архив разделился на два отделения: чертежное и канцелярское. Систематизация картографических материалов была хорошо разработана. Источники распределялись по губерниям уездам, на шкафах имелись названия городов и регионов. Особый интерес представляли экономические примечания, т.е. объяснительные записки к картографическим материалам. Картографическая документация (планы, карты, атласы) и текстовая (межевые книги, экономические примечания) были тесно связаны между собой, поясняя и дополняя друг друга. Составлению объяснительных записок к картографическим материалам уделялось большое внимание.
Материалы межевого архива освещали цели и задачи межеваний, захват дворянами крестьянских и государственных земель, национальную политику самодержавия, колонизацию Поволжья, борьбу крестьян за землю.
В межевом архиве интенсивно велась разработка справочников, причем основное внимание уделялось составлению алфавитов. Предписывалось разрабатывать к экономическим примечаниям два алфавита: первый – с наименованиями земельных участков, второй – с фамилиями владельцев. Это облегчало работу и способствовало улучшению сохранности материалов.
В самом конце 18 века началась концентрация важнейших военных документов. В 1797 году возникло собственное ее императорского величества депо карт, в которое передали более 20 тыс. карт, планов и атласов из упраздненного департамента Генерального штаба, некоторые картографические материалы из Эрмитажа, поступила текстовая документация из кабинета Екатерины II, канцелярии генерал-прокурора Лопухина.