В начале апреля 1856 года Чокан отправился почтовой дорогой на Семипалатинск. Все свои впечатления он заносил в дорожный журнал - путевой дневник. В этих первых записях виден приглядчивый, все подмечающий и свободно владеющий пером человек, но еще чувствуется в них ученичество, стремление выказать себя настоящим, классическим путешественником, сведущим в географии, геологии, гидрографии, ботанике, зоологии, этнографии, лингвистике... И можно проследить по первому, иссык-кульскому дневнику Валиханова, как он стремительно определялся в своей собственной, валихановской манере путевых заметок, как все увереннее уводил на второй план обязательные описания флоры и фауны, чтобы уделить главное внимание человеку, жизни народов Азии, их прошлому и настоящему, их надеждам на будущее.
В его дневниках (на русском, втором родном языке Валиханова) выразилась очень ярко личность путешественника - первого казаха, получившего европейское образование, воспринявшего передовые идеи своего времени. Он был лучше, чем многие другие - далекие от политики - русские и европейские путешественники по Азии, подготовлен для исследования народной жизни, политического устройства азиатских государств, социальных условий. Будучи уроженцем Азии, он свободно чувствовал себя там, куда русские и европейские путешественники вовсе не получили бы доступа. Знание многих восточных языков и полученное им до корпуса домашнее султанское образование делали для него близким и понятным духовный мир человека Азии. К тому же он был еще и художником. Рядом с чередой строк он пером или карандашом набрасывал рисунок, словно бы небрежный, наспех, однако очень точный. Его зарисовки как бы продолжали записи, а записи уточняли изображения. И всегда рядом с пейзажем, с портретом, с фигуркой животного у Валиханова вычерчен изученный им маршрут - вычерчен твердой рукой военного топографа: маршрут, план города, река со всеми ее притоками, схема перевалов, торговые пути. Величайшая ценность эти его топографические работы, из них потом сложились карты - теперь уже точные, а не предположительные, какими вынуждена была довольствоваться европейская наука в трудах по землеведению Азии.
По возвращении обратно в Семипалатинск у Валиханова произошла еще одна историческая встреча, с Петром Петровичем Семеновым. Семенов тогда стоял у начала своего великого дела. В русской науке он - фигура ломоносовского масштаба. Создатель первого коллектива ученых, знаменитой школы русских путешественников-исследователей Азии. Его трудами Русское географическое общество превратилось в феномен общественной жизни России, сыграло выдающуюся роль в истории нашей культуры и общественной мысли, оставило потомкам бесценное научное и литературное наследие. Первый в истории русской науки ученый-организатор смог совершить только единственное - блистательное по научным результатам! - путешествие в Азию. Это было путешествие 1856/57 года на Тянь-Шань, за него Семенов и получил - полвека спустя - почетную приставку к фамилии (Семенов-Тян-Шанский).
Именно во время той встречи Чокан предложил на суд свой заветный план: с караваном под именем купца отправиться в какой-нибудь крупный азиатский торговый город (Кашгар). В своих воспоминаниях Петр Петрович указал, что именно он дал совет Гасфорту послать поручика Валиханова в Кашгар.
К тому времени поручик Валиханов стал действительным членом Императорского Русского географического общества - принят на общем собрании 21 февраля 1857 года по рекомендации Семенова, написанной после встречи в Семипалатинске. Диплом с изображением земного полушария свидетельствует потомкам, что казах Валиханов был первым среди русских путешественников, кого благословил на подвиг Семенов-Тян-Шанский.
В ту зиму он работал над материалами, привезенными из экспедиции на Иссык-Куль, начал очерки о киргизах: об истории народа-брата, о его географическом положении, которым многое в истории определено, о делении на роды, о нравах и обычаях киргизов, о преданиях, легендах, песнях и сказках, передаваемых из поколения в поколение.
Рукопись, опубликованная впервые полностью в Собрании сочинений Ч. Валиханова как «Записки о киргизах», носит следы кропотливой многолетней работы, как и большинство других незаконченных трудов Чокана Валиханова. Сколько вставок, поправок, пометок на полях, сделанных в разное время чернилами и карандашом! И какая яркая самобытность мыслей, блистательная система доказательств, какая смелость выводов и гипотез! Ныне признано, что работы Валиханова по этногенезу казахов и киргизов опередили свое время. И при нынешнем чтении почти не ощущаешь их незавершенности. Недостает лишь окончательной шлифовки, которую автор производит, уже решившись выпустить свое творение в свет. И все вместе дошедшие до нас работы Валиханова дают основание предположить, что часть его бумаг бесследно пропала. Его научный поиск заставлял его вести колоссальную предварительную работу - делать выписки из архивных документов, из переводов восточных писателей, из трудов европейских ориенталистов, географов, историков, не говоря уже о глубоком изучении общественных теорий и международных отношений.