Формирование второго направления в историографии «Шахтинского дела», связанного с изучением его последствий для советской интеллигенции, также началось весной 1928 года. В тот период в официальных документах и, в особенности, в публицистических материалах советской печати «вредительство» стало отождествляться с деятельностью «старой» интеллигенции; сами специалисты с дореволюционным стажем характеризовались как привилегированное в прошлом сословие, наделённое буржуазным сознанием и проникнутое «духом кастовой замкнутости» и «узкокорпоративными настроениями». При этом в публикациях 1920-х годов одновременно подчёркивалась как недопустимость «спецеедства», так и необходимость улучшения условий работы подобных специалистов. В дальнейшем советские историки, признавая наличие «враждебных» групп среди интеллигенции, напрямую увязывали «спецеедческие» настроения конца 1920-х и начала 1930-х годов с «Шахтинским» и рядом другими «вредительских» процессов: при этом «истинными» причины «спецеедства» в те годы в СССР считалась экономическая и культурная отсталость страны, а также — в «антагонизме пролетариата и интеллигенции» и в недостатках политики местных властей[126].
| Шахтинцы и промпартийцы были открыто чуждыми нам людьми… Никто из наших людей не сомневался в подлинности политического лица этих господ. И. Сталин «О недостатках партийной работы и мерах ликвидации троцкистских и иных двурушников» (3 марта 1937) | 
|
Исследовательский интерес к истории отечественной интеллигенции существенно возрос на рубеже 1980—1990-х годов, после чего «Шахтинское дело» стало рассматриваться с точки зрения взаимоотношений интеллигенции и власти — как переломный момент в истории репрессий в отношении интеллигенции. В частности, основываясь на материалах из российских региональных архивов, историки проанализировали влияние дела на положение провинциальной интеллигенции в СССР. В зарубежной историографии «Шахтинское дело» рассматривалось как один из публичных политических процессов 1920—1930-х годов, в которых институты юстиции использовались в политических интересах, а также как инструмент социальной мобилизации населения. При этом зарубежные историки до 2011 года, также как и их российские коллеги, были вынуждены опираться на источниковую базу, сформировавшуюся в советскую эпоху[127].
Реабилитация
27 декабря 2000 года Генеральная прокуратура Российской Федерации, после пересмотра «Шахтинского дела» и опротестования решения специального присутствия Верховного суда СССР от 6 июля 1928 года, вынесла заключение, из которого следовало, что в материалах «дела» не оказалось доказательств для признания обвиняемых виновными в инкриминировавшихся им преступлениях и осуждённые по делу подлежат реабилитации[128]. В заключении Генпрокуратуры опровергались два взаимосвязанных тезиса, положенные в основу обвинительного заключения 1928 года: тезис о «вредительстве» и тезис о «шпионаже». Кроме того, были оценены и методы работы советского следствия: было отмечено, что уже «на первых допросах следователи, искусно манипулируя сведениями о политическом прошлом арестованных, о фактах аварий, затоплений на шахтах, антисоветских высказываний отдельных инженеров, добились от некоторых специалистов признания о контрреволюционной вредительской организации»[129][117].