Договор о создании Союзного государства, подписанный еще в период президенства Ельцина, вступил в силу 26 января 2000. В январе 2000 года первым госсекретарём Союза был избран Павел Бородин.
Следующим этапом строительства Союзного государства можно выделить этап, связанный с приходом к власти В. Путина. Смена высшего политического руководства в России привела к сдерживанию процесса интеграции. Владимир Путин долго присматривался к своему партнёру, пока в 2002 году президент Беларуси не представил новую инициативу, согласно которой союзным государством президенты могут руководить по очереди. Путин сначала отверг эту идею напрочь (заявив, что возврата к СССР не будет), а в августе 2002 предложил свой собственный план действий — в мае 2003 года провести референдум по союзной конституции, а через полгода, одновременно с российскими парламентскими выборами, провести выборы союзного парламента и президента.
Путин предложил при формировании руководящих органов союзного государства учитывать экономический вес и численность населения участников. Александру Лукашенко фактически предлагался вариант вхождения Беларуси в состав России, а ему самому — должность полномочного представителя Президента Российской Федерации в Белорусском федеральном округе. В ответ на это Лукашенко обвинил Путина в попытках превратить Белоруссию в «90-й субъект Федерации» (а точнее — в 6-7 новых субъектов федерации (по количеству областей), которые потеряли бы единство): «Даже Ленин и Сталин не додумались до того, чтобы раздробить Белоруссию и включить в состав СССР».
Периодический обмен язвительными замечаниями между двумя руководителями продолжался длительное время. При этом реальные интеграционные процессы постоянно откладывались. Так в октябре 2003 Александр Лукашенко заявил, что введение единой валюты не имеет смысла. Это означало отмену перехода на единую для России и Белоруссии валюту — российский рубль, намечавшегося на 1 января 2005.
Тем временем, 17 октября 2004 года в Беларуси прошёл инициированный президентом Лукашенко республиканский референдум, который в конечном итоге, позволил Александру Лукашенко участвовать в президентских выборах неограниченное число раз (ранее конституция предусматривала только два президентских срока подряд). Этот референдум так и не был признан ЕС и США.[]
Несмотря на некоторые противоречия в вопросах строительства Союзного государства, страны были солидарны на внешнеполитической арене по многим позициям. Таким образом, в октябре 2004 Россия осудила введение американских экономических санкций против Беларуси, заявив следующее: «Мы не поддерживаем применения инструмента санкций в принципе. Санкции должны применяться адресно и не затрагивать интересы населения» (МИД РФ Сергей Лавров).
В 2005 А. Лукашенко чаще каких-либо других руководителей стран СНГ посещал Россию и встречался с Владимиром Путиным. Однако вопрос о подписании Конституционного акта Союзного государства России и Белоруссии так и не был решён. Переговоры о единой валюте зашли в тупик. Александр Лукашенко оценивает ежегодный прямой ущерб от введения единой валюты для Белоруссии в $1,8 млрд и желает, чтобы ей его компенсировали.
В октябре 2005 председатель Госдумы Борис Грызлов объявил о том, что 15 ноября 2005 проект Конституционного акта Союзного государства России и Белоруссии, несколько лет обсуждавшийся рабочими группами, будет представлен на рассмотрение Высшего совета Союзного государства (включающего президентов и премьер-министров обоих государств), после чего он будет вынесен на референдум. Этого не произошло.
Весной 2006 в Беларусисостоялись президентские выборы. На выборах действующий президент объявил программу развития страны на ближайшее будущее и также обозначил, что согласно программе, важнейшим стратегическим партнером Беларуси останется Россия.[91] В результате третьих президентских выборов Александр Лукашенко вновь был избран на свой пост.
В связи с этим, 7 марта в Минске прошло очередное заседание Совета Министров Союзного государства, на котором присутствовал премьер-министр России Михаил Фрадков. В ходе встречи он выразил уверенность, что выбор белорусского народа будет сориентирован на укрепление государства и повышение эффективности сотрудничества между Беларусью и Россией.[159]
Первый энергетический конфликт
В отношениях между людьми, а особенно между государствами случаются ссоры, потому что государство и есть те живые люди.
Итак, первый конфликт. Причина банальна. Каждое правительство пытается найти свою выгоду. В декабре 2006 года, когда «Газпром» объявил окончательный вариант цены на природный газ для Республики Беларусь в размере $105 за 1000 м³. Причём, 75 долларов подлежали оплате деньгами, а остальные 30 Беларусь имела бы право оплатить акциями «Белтрансгаза», который был оценён в 5 миллиардов долларов.
27 декабря председатель совета директоров «Газпрома» Алексей Миллер пригрозил в случае отсутствия контракта до конца 31 декабря 1 января в 10:00 по московскому времени отключить Беларусь от российского газа. В ответ Беларусь отказывалась подписать контракт на транзит газа в Европу по своей территории. Европейские потребители опасались, что произойдёт повторение российско-украинского газового конфликта, однако, после 3 дней переговоров 31 декабря, когда до наступления нового года оставалось 2 минуты, контракт на поставку и транзит газа на 2007 год был подписан.
На этом конфликт исчерпан не был. Данный конфликт подробно описан в газете «Лента.ру», разберем его хронологию.
Уже на следующий день правительство России ввело пошлину на экспорт нефти в Беларусь, так как Беларусь на протяжении 9 лет не платила России договорённую часть выручки от перепродажи дешёвой российской нефти.
3 января Беларусь ввела собственную пошлину на транзит нефти в размере 45 долларов за тонну. Россия назвала это действие «нарушением двусторонних договорённостей»[1], в том числе и потому, что подобная пошлина является уникальной в мировой практике, в которой транзитные грузы, не произведённые и не потребляемые в стране, пошлинами не облагаются. Вечером 6 января Россия потребовала от белорусских властей отменить «незаконно введённые» пошлины, обещав в случае отказа принять «адекватные» меры[2]. 7 января поступил официальный отказ из Минска[3].
Утром 8 января Польша заявила о том, что по нефтепроводу «Дружба» перестала поступать российская нефть[4]. Днём руководство компании «Транснефть» заявило, что подача была прекращена по их инициативе, так как по их словам имел место незаконный отбор нефти на территории Белоруссии. По словам генерального директора компании Семёна Вайнштока с 1 января Беларусь несанкционированным образом изъяла из экспортного трубопровода 79 тысяч тонн нефти.
Только после телефонного разговора, состоявшегося 10 апреля между главами государств, Беларусь отказалась от экспортных пошлин. Той же ночью по нефтепроводу «Дружба» был возобновлён транзит нефти в Европу. 11 января председатель правительства Беларуси Сергей Сидорский прибыл в Москву, где провёл переговоры с российским коллегой.
12 января Михаил Фрадков и Сергей Сидорский подписывают соглашение «о мерах по урегулированию торгово-экономического сотрудничества в области экспорта нефти и нефтепродуктов». Российская экспортная пошлина на нефть остаётся, но снижается с $180 до $53 за тонну нефти (в 2007 году, с плавным увеличением в последующие годы). По сути дела, установление этой пошлины и означает раздел между Россией и Белоруссией доходов от реэкспорта российской нефти.
Также,была достигнута договорённость о сохранении для России бесплатной аренды земли под газопроводом Ямал-Европа и нефтепродуктопроводом «Запад-Транснефтепродукт», а также о сохранении неизменными условий для российских военных объектов на территории Беларуси (станция дальней связи «Вилейка» и РЛС «Барановичи» российской системы предупреждения о ракетном нападении). Подписано соглашение об отмене экспортных ограничений для российских компаний.Таким образом, Союзный проект выдержал первый удар на прочность. Стороны, так или иначе, смогли прийти к консенсусу.
На рубеже 2007 и 2008 процесс интеграции усилился.. 24 марта 2007 года в ходе визита в Беларусь Председателя Правительства России Михаила Фрадкова на заседании правительство Союзного был подписан целый ряд важнейших документов, главным среди которых является торгово-экономическое соглашение между Беларусью и Россией.Немного позже президентами России и Беларуси рассмотрели подготовленные экспертами варианты Конституционного акта, делегирования союзных полномочий и формирования наднациональных органов Союза, а также избрания президента Союза, которым по предположению многих политиков должен стать В. В. Путин, чьи полномочия как президента России истекли в мае 2008.