В области организации военных сил Кенесары, по сравнению с предшествующей эпохой, не внес ничего существенного нового.
Все же некоторые новшества были: Кенесары создал армию, состоявшую из двадцати тысяч джигитов. Основным костяком армии были дружины во главе с батырами и тюленгуты: в момент опасности к Кенесары собирались джигиты ополченцы. Во главе войск Кенесары стоял он сам, его братья и ближайшие друзья, образовали нечто вроде военного совета. В военный совет входили его преданные сподвижники – брат Наурызбай, сайдак-Кожа Оспанов, Кенже, Таймас Бектасов, Джеке батыр, Агибай батыр, Жоламан Тленчиев и другие. На военном совете разрабатывались планы военного похода и принимались ответственные решения перед большим наступлением. Всем делопроизводством ведал долго живший в Бухаре узбек Сайдак-Кожа.
Его воины всегда были обеспечены походной палаткой и продовольствием. По пути следования войск находились заранее подготовленные стоянки, где его отряды могли остановиться на отдых, заменить негодных лошадей и запастись продовольствием.
Войска Кенесары делились на сотни и тысячи. Кроме них были мерген-баши -начальники особых отрядов отличных стрелков, куда входили джигиты в совершенстве владевшие своим оружием и метко стрелявшие по целям. Надо сказать, что такой порядок управления войсками существовал во всех среднеазиатских государствах еще со времен Чингис-хана. Живучесть такой системы управления, по всей вероятности объясняется характером степной войны, с ее своеобразными методами ведения боевых действий.
Кенесары впервые ввел регулярное обучение военному делу. Часть его воинов постоянно обучалась военному искусству. Как заявил в своем показании, данном Оренбургской Пограничной комиссии, бай Чукмар Бахтыбаев: «200 человек обучается управлять оружием и пехотному положению!» Военному делу повстанцев обучали присоединившиеся к восстанию беглые русские солдаты и башкиры (стрелять из пушек, строю и солдатским маневрам).
В войсках Кенесары была строжайшая дисциплина. Всякое нарушение жестоко наказывалось. За измену Кенесары карал смертной казнью. Барон Уинкер попавшей в плен и побывавший в ставке Кенесары, по поводу одной казни писал: «Киргиз этот был караульным, которого Кенесары, возвращаясь в аул, нашел спящим, и приказал казнить его в пример другим».
Против нарушителей его приказаний Кенесары ввел особый вид наказания, так называемый «чик». Смысл в том, что виновному наносили на голове саблей или кинжалом рану, и это называется «чик» и получивший ее считается до тех пор бесчестным и не имеющим права вмешиваться в какие-либо дела, пока не получит прощение от Кенесары.
Кенесары впервые ввел знаки воинского отличия. Его воины носили на груди и на плечах нашивки из красного и синего материала, а сам Кенесары носил русские полковничьи эполеты.
Основным видом вооружения повстанцев было, холодное оружие, но имелось и огнестрельное. Так в войне с киргизами в 1846 году 5- тысячный конный отряд Кенесары был вооружен саблями, пиками, айбалтами, секирами, фитильным оружием, и имелось несколько пушек.
Воины Кенесары были известны некоторые виды строевой подготовки.
В армии Кенесары сравнительно неплохо была поставлена военно-полевая разведка. Он специально выделял из проведенных людей разведчиков, которые доставляли ему необходимые сведения о противнике.
Во всех казахских родах и аулах Кенесары имел своих есаулов- агентов, которые наряду с выполнением административных функций имели и разведывательные задания. Они своевременно доставляли сведения о настроениях казахов, об отношениях к властям и о замыслах враждебно настроенных к нему султанов и биев.
В армии Кенесары строго соблюдалась военная тайна. Например, опытный лазутчик царской службы Ханкожа Якбуршин из кипчакского рода, побывавший в ставке Кенесары со специальным заданием разведать планы предстоящего похода Кенесары не мог ничего узнать о походе.
Кенесары широко использовал так же метод дезориентации противника. Создавал у противника ложное представление о своем движении, он направлял его по ложному маршруту.
Конечно, было бы неправильно думать, что у Кенесары настолько хорошо была поставлена агентурная разведка, что никто из царских агентов не проникал к нему, но завербованные правительством султаны и бии под видом преподношения подарков Кенесары или под видом обиженных проникали в его ставку и получали необходимые сведения.
Кенесары, как талантливый полководец применял в бою разные виды военной тактики. Джигиты Кенесары, как искусные наездники, хорошо зная местность, нередко ускользали от преследования. Они часто совершали обходные движения и, внезапно появляясь, нападали на противника с тыла. И поэтому царские отряды больше всего боялись внезапной атаки казахов.
Во время штурма отдельных укреплений и крепостей отряды Кенесары прибегали к атаке рассыпным строем, который затем смыкался, и наступающие со всех сторон окружали крепость. Эта тактика обычно производила ошеломляющее впечатление на противника и заставляла его рассредотачивать силы. Такую тактику Кенесары широко использовал еще в 1838году во время нападения на Акмолинский приказ и на Актаускую крепость.
Особая тактика применялась Кенесары и при отступлении. Чтобы затруднить и замедлить передвижение войск противника, он, отступая, приказывал выжигать степь, и разрушать колодцы, что в условиях степной войны создавало для врагов дополнительные трудности, оставляя их без воды и оружия.
Кенесары также ввел своеобразную тактику ведения степной войны. В открытом поле, когда противник оборанялся в каких-либо укрытиях, воины Кенесары наступали на него с помощью пуленепроницаемых средств.
В военной тактике Кенесары также особое место занимала посылка парламентеров в лагерь противника, которые не только вели переговоры о прекращении военных действий, но и одновременно проводили разлагательную агитацию в лагере противника, особенно среди казахов.
Наряду с этими новшествами в армии Кенесары применялись отсталые средневековые методы борьбы. Во время столкновения с киргизскими манапами бой начинался с единоборства батыров. Кроме того, по отношению к трупам своих противников применяли скальпирование и т. д. Итак, создав дисциплинарную армию, Кенесары стремился обучить ее доступным формам военного искусства того времени. И этим была вызвана его попытка ввести некоторые новшества в организацию военных сил.