Напуганное размахм национально-освободительного движения, не признавая правомерности требований восставших, а также избрания Кенесары ханом, правительство Николая I предприняло летом 1843 года крупномасштабные военные экспедиции с целью подавить восстание. Это походы отрядов войскового старшины Лебедева, численностью до 1900 человек, султанов А.Жанторина, Б.Айшуакова, подполковника Бизанова. Но они не дали результатов. Повстанцы хорошо знали местность, имели разветвленную сеть агентов. В июле 1844 года они разбили отряд султана А.Жанторина, а 14 августа атаковали Екатерининскую станицу, сожгли предместье, захватили пленных. Для подавления восстания было создано два отряда: Оренбургский во главе с полковником Дуниковским и Сибирский во главе с генералом Жемчужниковым, но Кенесары удалось уйти от преследования карательных отрядов.
После семи лет безуспешной борьбы с повстанцами в 1845 году из Оренбурга к ним прибыло посольство Долгова и Герна. Переговоры не дали результатов, так как повстанцы требовали возврата захваченных земель, а царское правительство не собиралось отказываться от дальнейшей колонизации края.
Стремясь вытеснить хана Кенесары из пределов Младшего и Среднего жузов, колониальные власти возвели укрепления Иргиз и Тургай. Это вынудило восставших откочевать в 1846 году в Семиречье, в пределы Старшего жуза. Предвидя такой ход событий, в Семиречье был направлен отряд с артиллерией под командованием председателя сибирского пограничного управления генерала Вишневского. Под давлением превосходящих сил Кенесары перешел на првый берег Или, перекочевал в предгорья Алатау и приблизился к землям киргизов.
Гибель Кенесары.
На протяжении 1846-1847 гг. Кенесары сумел объединить силы казахов всего старшего жуза, захватить крепость Мерке, начать строительство укрепления на реке Чу. Осенью 1846 года было заключено перемирие с кыргизами, однако вскоре по наущению кокандцев кыргызы убили казахского батыра Саурыка, и война возобновилась. Зимиой 1846 года отряды кенесаринцев появились в кочевьях Старшего жуза на реке Или и в окрестностях Алатау. Кенесары обратился к кыргызским манапам, призывая их к совместной борьбе против России и Коканда. Однако кыргызы, возглавляемые манапом Ормоном, отвергли его предложение и начали набеги на силы, подвластные Кенесары. Началась тяжелая война на три фронта – против кокандских войск, кыргызов и русских отрядов.
В апреле 1847 году Кенесары с 10 тысячным войском вторгся в кыргызские земли и разгромил и ограбил аулы кыргызов. В этой борьбе Кенесары преследовал основную цель - борьбу с господством Коканда, как врага казахов и алатауских киргиз, и против киргизских манапов, они были верными союзниками кокандских беков. Но при этом он допустил крупнейшую ошибку, какую? В Киргизии Кенесары применял типичные методы борьбы. Его репрессии обрушились не сколько на манапов, сколько на киргизский народ. Кенесары сжигал целые аулы, он не щадил ни женщин, ни детей. Поэтому Кенесары пришлось иметь дело в Киргизии не с феодальными дружинами манапов, а с сопротивлением народа, и это погубило его.
Последнее сражение Кенесары произошло в горах Кеклы, недалеко от Бишкека. Казахи были окружены кокандскими и кыргызскими отрядами, в бою погиб брат хана – батыр наурызбай, сам Кенесары попал в плен и с 32 султанами погиб.
Это восстание потерпело поражение.
Причины поражения:
1. Внутриродовая разобщенность казахов;
2. Отутствие поддержки рядом феодальных групп. Султаны, бии, получившие многие льготы от правителей Российской империи, не были заинтересованы в создании централизованного феодального государства;
3. Раздробленные по жузам казахские роды поддерживали восстание в основном в своих пределах;
4. Самоуправства Кенесары и жесткая расправа с не поддержавшими его аулами были не в традициях казахов;
5. Кенесары не смог объединить воедино борьбу против царской России, Бухарой и кокандскими феодалами.
Однако в истории национально-освободительной войне казахского народа занимает исключительно почетное место. Это восстание было самым крупным восстанием казахов в XIX веке, поднявшем на борьбу с царизмом большинство населения всех трех жузов. Оно охватило почти весь Казахстан, и было одним из наиболее длительных восстаний казахов.
Восстание Кенесары носившее антиколониальный характер, сыграло прогрессивную роль в истории казахского народа. Оно явилось школой политического воспитания масс. Восстание показало огромные силы сопративления казахского народа. На базе этого восстания позже развивались восстания 50-60-х годов XIX в.
В оценке этого движения в прошлом допускалось серьезное искажение исторической правды (реакционно-монархическое движение, разбойник, бунтовщик и т. д.).