Война, походы за добычей, «за зипунами» язлялись одним из видов хозяйственной деятельности казаков. Казаки успешно воевали верхом на конях, не уступая татарской коннице. У татар и ногайцев казаки угоняли табуны коней и гурты скота. Кроме того, казаки ходили в походы на стругах, гребных судах. На стругах они ходили в походы по маршрутам, разведанным еще древними руссами, в Персию, Закавказье, Малую Азию.
Казаки сохраняли полную самостоятельность своей республики и действовали в направлении московских интересов только в том случае, если они совпадали с их собственными. Зачастую казаки нападали на окружавшие их этносы даже тогда, когда московское правительство пыталось сохранить с ними мир.Так, в 1594 году царь Борис Годунов потребовал от казаков прекращения набегов на турок Азова. Тем не менее казаки продолжили войну, и царь наложил на казаков опалу. В низовьях Дона была построена крепость Царев-Борисов, которую казаки разорили.В первой половине XVII века казаки категорически отказались приносить присягу московским царям.Казаки сопровождали русских, турецких и татарских послов через свои земли, что расценивалось русским правительством как род службы Московскому государству. Однако необходимо помнить, что пройти без вооруженной охраны и проводников через разбойный Дон было просто невозможно. Кроме того, немало послов, как русских, так и турецких, сложили свои головы по приговору Войскового круга, если они в чем-то не угодили казакам.
Казаки как энергичная пассионарная сила активно участвовали в противоречивых событиях XVI—XVII веков. Они активно поддержали Лжедмитрия I в его притязаниях на русский престол. Казаки не забыли о своем происхождении и враждебно относились к царскому правительству. Помимо того, войну в пределах России они рассматривали как источник дохода. Казаки активно участвовали в движении Ивана Болотникова. На помощь Болотникову с Дона в 1607 году прибыл отряд под руководством самозванца «царевича Петра».Казаки приняли непосредственное участие в борьбе с войсками Василия Шуйского на стороне Лжедмитрия II. Отряды казаков превратились в шайки бандитов. Они грабили русское население, — крестьян и горожан. Бесчинства казаков напомнили о временах монголо-татарского ига. Они привели к восстанию городов центральной России и формированию партизанских отрядов для борьбы с казаками-разбойниками.
Вторжение в Россию польских войск в 1609 г. вызвало неодназначную реакцию казаков. Часть казаков во главе с И.Заруцким поддержала поляков. После убийства Лжедмитрия II казаки Ивана Заруцкого начали борьбу с поляками в составе первого ополчения.В время второго ополчения в 1612 году казаки разбили под Москвой свой лагерь и грабили окрестности столицы. Атаман Иван Заруцкий вступил в тайные переговоры с поляками, захватившими Москву. Во время атаки поляков на войска К. Минина только обещание Троицко-Сергиева монастыря заплатить казакам заставило их поддержать русских ополченцев.Казаки вели себя в России как иноземные захватчики. Это было связано прежде всего с тем, что казаки являлись иным этносом, рассматриваюшим «москалей» как источник добычи. Способ существования казачьего этноса базировался на разбойных войнах. В этом плане казаки не особенно считались с общностью происхождения великороссов и казаков.
Участие казаков в событиях Смутного времени являлось не самым достойным эпизодом их истории. Однако в первой половине XVII века казаки участвовали в событиях, принесшим им немеркнувшую славу.После потерь Смуты на Дону проживало около 5 тысяч человек(хотя в поддержку Лжедмитрию I было направленно 10 тысяч человек). Во время захвата казаками Азова в 1638 году их численность выросла до 10 тысяч. Во второй половине XVII века численность казаков достигла 14 тысяч человек.
В 1623 году казаки разграбили окрестности Стамбула. В 1625 году захватили и разграбили Трапезунд и Синоп.Азов и его окрестности казаки грабили регулярно. Дело дошло даже до того, что жители Азова выплачивали казакам дань, дабы спастись от казачьих разбойничьих набегов.
Захваченную добычу делили, «дуванили» после возвращения из походов. Пленных христиан, захваченных на Востоке, как правило, отпускали на волю, остальных пленников продавали работорговцам или выменивали на пленных христиан.
Основным центром агрессии против России являлась Турция. Крымские татары являлись вассалами турок. В XV—XVII веках нападения татар и ногайцев на русские земли были постоянными. Форпостом турецкой агрессии был город Азов. В XVII веке турки превратили Азов в первоклассную крепость. Крепость Азов была окружена валами, потрясающими воображение. На валах находились мощные крепостные сооружения, включавшие, помимо стен, 11 башен. В крепости постоянно находился гарнизон из 4 тысяч янычар. Русский царь Петр I не сумел в конце XVII века взять Азов с первого раза. Он был вынужден построить флот и только с его помощью, во время второго похода, принудить Азов к сдаче.
9 апреля 1637 года на Монастырском острове собрался Войсковой круг, на котором было принято решение о захвате Азова. Казаки зарубили турецкого посла, направлявшегося в то время через их земли в Москву, и 21 апреля начали военные действия вокруг крепости. Донцов поддержали запорожцы. Казаки приступили к планомерной осаде, прорыли подкоп и 18 июня взорвали стены крепости.Турецкий гарнизон оыл уничтожен. Казаки перенесли вАзов свою столицу. В городе собралось 10 тысяч донцев и много запорожцев. Царское правительство поспешило заявить турецкому султану о самовольном захвате города казаками, указывая при этом на самостоятельность донской республики.Военные действия в Европе помешали туркам бросить все силы на отвоевание Азова. Только в июне 1641 года 200 тысячная турецкая армия подошла к Азову. За четыре года, прошедшие с момента захвата крепости, казаки восстановили ее укрепления и, более того. значительно их усилили. Однако туркам противостояло около 6 тысяч казаков. Турки предприняли пять штурмов крепости, сопровождавшиеся бешеной артиллерийской подготовкой. Турки построили вал, превосходивший валы Азова, и с него вели стрельбу. Одновременно турки прорыли 17 подкопов под крепость. Казаки прорыли свои контрподкопы и взорвали турецкие подкопы. Они постоянно тревожили турок своими вылазками. Казаки потеряли половину своего гарнизона и 25 сентября 1641 года пошли на прорыв. Каково же было их удивление, когда они обнаружили, что противник оставил свой лагерь.
После страшной битвы казаки понимали, что не смогут удержать Азов своими силами. Они предложили московскому правительству принять Азов в русское подданство. В 1642 году в Москве был собран Земский собор для решения вопроса о судьбе Азова. Россия была очень сильно ослаблена после Смуты и не могла в то время выдержать тяготы новой большой войны. Вхождение Азова в состав России неминуемо означало большую войну с Турцией. Поэтому Москва решила Азов не занимать и предложила казакам оставить город. Казаки покинули Азов в конце мая 1642 года.
«Азовское сидение» показало, что казаки превратились в грозную военную силу. В то же время оно ясно показало, что бывшие разбойники и беглецы всех мастей сплотились в этнос, способный решать самые сложные задачи и отстаивать свое существование в борьбе с самыми могущественными врагами.
Весь XVII век казаки активно воевали с Турцией, крымскими татарами и ногайцами. После захвата Азова турки значительно укрепили крепость и построили новые укрепления на Дону, мешавшие казакам совершать морские походы. Однако казаки нашли способ обходить турецкие укрепления в низовьях Дона и нападать на коренные турецкие земли и Крым.
Вскоре донцы напомнили о себе как о серьезной силе и во внутрироссийских социально-экономических и политических процессах.