Однако существуют свидетельства о том, что качество транзисторов, используемых в советских ЭВМ, ниже мировых стандартов в этой сфере. Обеспеченность квалифицированной рабочей силой для производства компьютеров была постоянной проблемой и, скорее всего, останется таковой. Необходимость использования недостаточно квалифицированного труда снижает производительность советской компьютерной промышленности и качество выпускаемой продукции, требует от пользователей излишнего технического обслуживания.
Уже тогда возникла первая проблема, которая впоследствии только усугубилась. Связана она с тем, что микроэлектронная база, на которой строилась ЕС ЭВМ, создавалась параллельно с машинами. Поскольку цикл разработки ЭВМ составлял минимум три года, то к моменту первой поставки машины потребителю она устаревала по своей элементной базе. Также, химическая промышленность не смогла или не захотела выпускать для микросхем с корпусами пластмассу, обеспечивающую герметичность корпуса. В результате этого микросхемы имели крайне низкую надежность, особенно в условиях принудительной вентиляции шкафов ЭВМ. Так и не удалось наладить в нужных количествах выпуск качественных компонентов ферролака для накопителей на сменных магнитных дисках, прецизионных подшипников, качественного проката для подложек магнитных дисков, магнитной ленты для высокой плотности записи, высокоточных шаговых двигателей для внешних накопителей и устройств. Отрицательно сказалось также категорическое требование Министерства обороны, предъявленное ко всей технике ЕС ЭВМ, — выдерживать чрезмерную ударную нагрузку по трем осям. Выполнение этого требования привело к неоправданному утяжелению изделий и увеличению их стоимости.
Очень показательна история, связанная с ЭВМ серии ЕС-1.Среди этих машин резко выделяются по технико-экономическим характеристикам модели ЕС-1032. При единой архитектуре причиной великолепных для того времени показателей являлась только технологическая база. Процессор этой модели вместе с ОЗУ и каналами располагался в одном шкафу, тогда как отечественные модели ЕС-1022 и ЕС-1033 — в трех. Разработка ее велась на Вроцлавских заводах вне планов СГК ЕС ЭВМ. Когда она была закончена, встал вопрос о принятии ее в ЕС ЭВМ и присвоении ей соответствующего шифра. При изучении документации на машину выяснилось, что при ее создании нарушены основополагающие документы и стандарты ЕС ЭВМ. Главным нарушением было использование полной серии микросхем SN-74 компании Texas Instrument. Советский аналог этой серии — серия 155 (“Логика-2”) имела вдвое худшие временные характеристики и в ней отсутствовали схемы повышенной интеграции. Под давлением высших органов страны (в первую очередь ВПК и МО) документами ЕС ЭВМ использование иностранных комплектующих изделий, не имеющих отечественных аналогов, запрещалось категорически. Аналогичная ситуация была и с блоками питания. Нарушением руководящих материалов ЕС ЭВМ было использование сдвоенных ТЭЗов размером 280в150 мм. Аппаратная основа всех компьютеров — платы с микросхемами размером 140×150 мм (ТЭЗ — типовые элементы замены, или «радиоэлектронные модули 1-го уровня»). Конструктивно компьютеры представляли собой большие стойки («шкафы», или «радиоэлектронные модули 3-го уровня») примерно в рост человека (1200×750×1600 мм для ЕС-1030 и 1200×860×1600 мм для ЕС-1046) и соответствующие им по размерам периферийные устройства — принтеры, накопители на магнитных лентах, накопители на магнитных дисках. Все это, а также применение многослойной печатной платы ТЭЗа (в СССР еще не было серийного производства микросхем для ОЗУ) привело к многократному увеличению степени интеграции сменного элемента замены, а следовательно, уменьшению габаритов и снижению потребляемой мощности. В результате острых дебатов на высшем уровне машина 1032 была принята в систему ЕС ЭВМ, многие документы ЕС ЭВМ были откорректированы. Но отставание советской микроэлектронной базы от зарубежного уровня продолжало нарастать. К сожалению, урок был воспринят далеко не полностью и в СССР по-прежнему значительно больше и чаще обсуждались вопросы архитектуры ЭВМ, чем технологические проблемы микроэлектроники.
Другой любопытной историей являлось попытка обеспечения совместимости с IBM 370.Изучался вопрос о необходимости и возможности обеспечения совместимости с зарубежными машинами архитектуры IBM-370. По имевшимся зарубежным данным, эту архитектуру, находящуюся в постоянном развитии, использовали 85% пользователей ЭВМ общего назначения, а стоимость прикладных программ для нее составляла 200 млрд. долл. Было признано, что сохранение такой совместимости возможно и несмотря на дополнительные усилия и затраты — целесообразно. Сохранить совместимость с IBM-370 на уровне пользовательских программ, крупных пакетов прикладных программ (IMS,IDMS,CICS, ADABAS и т.д.), ОС можно было, только сохранив достигнутый в ЕС ЭВМ структурный и схемотехнический задел. Проблемную ориентацию при этом предлагалось осуществить с помощью специализированных обрабатывающих процессоров, подключаемых в отличие от матричных процессоров ЕС ЭВМ-2 к интерфейсу ввода-вывода и имеющих собственное оперативное ЗУ. Наиболее длительные дискуссии в СГК и в НИЦЭВТ велись по выбору больших интегральных схем. Против производства БИС матричного типа долгое время возражали предприятия электронной промышленности. В условиях существовавшего хозяйственного механизма им было крайне невыгодно осваивать несколько сотен типов БИС при относительно малой серийности каждого типа. Поэтому было принято вынужденное решение — разбить ЕС ЭВМ-3 на две очереди. Первую очередь отечественных ЭВМ — ЕС-1036, 1046 и 1066 — строить на самых новых микросхемах средней степени интеграции серии ИС-500, а вторую — ЕС-1037,1047 и 1067 — реализовать на матричных БИС, которые должны были появиться к моменту начала их проектирования. Конечно, этим закладывалось технологическое отставание от западных ЭВМ, что не могло не привести к отставанию в архитектуре, но другого выхода в 1977-1978 гг. не было.
К моменту окончания работ по машинам ЕС ЭВМ-3 БИС матричного типа в СССР не появились, хотя у руководства электронной промышленности мнение о нецелесообразности их разработки сменилось намерением начать-таки создание ограниченной номенклатуры базовых матричных кристаллов. В 1984 году на матричных БИС выпускались старшие машины компании IBM, машины фирм “Амдал”, “Фуджицу”, “Хитачи”. Реализовать эту архитектуру на микросхемах средней степени интеграции было совершенно не рационально с точки зрения габаритов, надежности, потребляемой мощности. Таким образом, для реализации второй очереди ЕС ЭВМ-3 — машин 1037, 1047, 1067 — не было микроэлектронной базы и эта программа осталась практически нереализованной. Отставание в развитии архитектуры ЕС ЭВМ от машин IBM стало нарастать. Руководство НИЦЭВТ в 1983 г. попыталось решить проблему разработки и изготовления БИС путем разделения труда: производить трассировку двух слоев чипа, определяющих его индивидуальность непосредственно в НИЦЭВТе, получая с завода “Микрон” базовый матричный кристалл. Для этой цели в НИЦЭВТе было организовано и оборудовано с помощью МРП специализированное комплексное отделение. К сожалению, в мае 1985 г., сразу после объявления М. С. Горбачевым курса на “ускорение и перестройку” министр радиопромышленности, опасаясь реорганизации системы министерств и перехода НИЦЭВТ в другое министерство, вывел это комплексное отделение из состава НИЦЭВТ на отдельный баланс. Это настолько осложнило отношения между разработчиками ЭВМ и БИС, что собрать первую машину на экспериментальных матричных БИС удалось только в 1988 г.